Articulo de referencia

Petrobactina

4-[4-[3-[(3,4-dihydroxybenzoyl)amino]propylamino]butylamino]-2-[2-[4-[3-[(3,4-dihydroxybenzoyl)amino]propylamino]butylamino]-2-oxoethyl]-2-hydroxy-4-oxobutanoic acid "},"OtherNa...

La petrobactina es un producto natural quelante de metales utilizado para la adquisición de hierro por Bacillus anthracis , el patógeno que causa el ántrax , así como en otras especies bacterianas como Marinobacter hydrocarbonoclasticus y Alteromonas macleodii . Pertenece a la clase de sideróforos bis- catecol (3,4-dihidroxibenzoilo) . [ 2 ] Al igual que otros compuestos de esta clase, la petrobactina actúa como un ligando de transporte de hierro(III) altamente específico y contribuye a la captación microbiana marina de hierro ambiental . [ 2 ] [ 3 ]

El complejo de petrobactina quelado con hierro experimenta fácilmente una descarboxilación no catalizada y mediada por la luz —una fotooxidación— de su grupo ácido carboxílico secundario asociado al metal , lo que resulta en la reducción concomitante de hierro(III) a hierro(II) biológicamente útil . [ 4 ]

Estructura 3D del complejo petrobactina-hierro generada con el campo de fuerza OPLS-AA en MOE .

Estructuras químicas

Función biológica

Al igual que otros sideróforos, la petrobactina es secretada por bacterias patógenas que infectan a los animales. En el caso de B. anthracis , la petrobactina se utiliza para obtener hierro de su huésped.

El operón yclNOPQ es necesario para la utilización de la petrobactina. [ 5 ]

Es probable que los ortólogos de este operón contribuyan a la patogenicidad de las especies de Bacilli . [ 5 ]

Mecanismo de acción

Las fracciones 3,4-catecolato de la petrobactina de Bacillus , terminales en el ligando, no mejoran la afinidad por el hierro(III) (en relación con otros sideróforos con fracciones hidroxamato ); más bien, aumentan la velocidad a la que se extrae el hierro férrico de la transferrina humana . [ 6 ]

Biosíntesis

En B. anthracis , la petrobactina se produce mediante una vía de sintetasa de sideróforos independiente de la sintetasa de péptidos no ribosomales (NIS), [ 7 ] en una vía denominada "Asb" por "biosíntesis de sideróforos del ántrax", basada en el organismo de su caracterización original. [ 2 ]

Biosíntesis de petrobactina en Bacillus anthracis . Reconstrucción de la figura 1C en Nusca, Tyler D. (2012). [ 8 ] Abreviaturas utilizadas: ATP , AMP , PP i .

Como se indica en la figura, la biosíntesis en B. anthracis procede con la formación de amida dependiente de ATP y mediada por AsbA entre un carboxilato primario del ácido cítrico y la amina primaria terminal de la porción butano-1,4-diamina de la espermidina , [ 8 ] mediante una reacción de desplazamiento de un intermedio acilfosfato por el grupo amino primario . [ 9 ] Por separado, el ácido 3,4-dihidroxibenzoico es producido por AsbF a partir del ácido 3-deshidroshikímico , y este ácido benzoico se utiliza para producir un intermedio tioéster con un residuo de cisteína de AsbD, una reacción adicional dependiente de ATP catalizada por AsbC. [ 8 ] [ 10 ]

A partir del intermedio biosintético de citroil- espermidina (producto de reacción de AsbA), el proceso puede proceder de dos maneras, ya sea con (i) la instalación mediada por AsbB de una segunda fracción de espermidina en el carboxilato primario libre restante del producto AsbA para dar un bis-espermidil-citrato simétrico, seguido de instalaciones secuenciales catalizadas por AsbE, a partir de tioésteres de AsbD, de dos fracciones de 3,4-dihidroxibenzoilo, como amidas, en las dos aminas primarias libres del producto AsbB; [ 8 ] o, (ii) alterando este orden de reacciones en primero catalizando la unión de una fracción 3,4-dihidroxibenzoílo derivada de AsbD-tioéster por AsbE, luego realizando la unión catalizada por AsbB de la segunda fracción de espermidina por su porción butano-1,4-diamina, seguida (nuevamente) por la adición catalizada por AsbE de la segunda fracción 3,4-dihidroxibenzoílo derivada de AsbD-tioéster. [ 8 ] En ambas secuencias de reacción variantes, las reacciones de formación de amida mediadas por AsbB son dependientes de ATP, y las reacciones de benzoilación mediadas por AsbE regeneran la forma cisteinil-tiol libre de AsbD. [ 8 ] [ 9 ] De ambas secuencias de reacción, el producto es petrobactina , un derivado simétrico del ácido cítrico con fragmentos de 3,4-dihidroxibenzoil-espermidina unidos a cada uno de sus ácidos carboxílicos primarios. [ 8 ]

Genómica bacteriana comparativa

El grupo de genes que codifica las proteínas Asb en B. anthracis presenta los genes individuales en orden alfabético, AsbA a AsbF, un orden idéntico al observado en la biosíntesis de petrobactina de M. hydrocarbonclasticus . [ 8 ] En A. macleodii, solo los tres primeros genes, que codifican las proteínas AsbA a AsbC, son idénticos a los de B. anthracis ; sus versiones de los genes que codifican AsbD y AsbF no son idénticas y son más largas, y el grupo termina con su gen que codifica AsbE, entre el cual se encuentran secuencias que codifican un dominio PepSY y secuencias para dos dominios proteicos hipotéticos. [ 2 ]

Referencias

  1. Personal de la base de datos KNApSAcK (30-06-2026). "palabra de entrada = C00043809" (resultado de la consulta de búsqueda en la base de datos) . Información sobre metabolitos KNApSAcK (KNApSAcKfamily.com) . Consultado el 30-06-2026 .Tenga en cuenta que la fecha de la cita se establece como la fecha de acceso en que se visualizó esta página; no se puede determinar la fecha real de los datos en la entrada de la base de datos.
  2. 1 2 3 4 Manck, Lauren E.; Park, Jiwoon; Tully, Benjamin J.; Poire, Alfonso M.; Bundy, Randelle M.; Dupont, Christopher L.; Barbeau, Katherine A. (2021-08-02). "Petrobactin, A Sideróforo Producido por Alteromonas, Mediates Community Iron Acquisition in the Global Ocean" . The ISME Journal . 16 (2). Springer Science and Business Media LLC: 358– 369. doi : 10.1038/s41396-021-01065-y . ISSN 1751-7362 . PMC 8776838 . PMID 34341506 .   
  3. Rue, Eden L.; Bruland, Kenneth W. (1995). "Complejación de hierro(III) por ligandos orgánicos naturales en el Pacífico Norte central determinada mediante un nuevo método voltamétrico de equilibración de ligando competitivo/desorción catódica adsortiva". Química marina . 50 ( 1– 4). Elsevier BV: 117– 138. Bibcode : 1995MarCh..50..117R . doi : 10.1016/0304-4203(95)00031-l . ISSN 0304-4203 . 
  4. Barbeau, Katherine; Zhang, Guangping; Live, David H.; Butler, Alison (27-12-2001). "Petrobactina, un sideróforo fotorreactivo producido por la bacteria marina degradadora de petróleo Marinobacter hydrocarbonoclasticus". Journal of the American Chemical Society . 124 (3). American Chemical Society (ACS): 378– 379. doi : 10.1021/ja0119088 . ISSN 0002-7863 . PMID 11792199 .  
  5. 1 2 Zawadzka, Anna M.; Kim, Youngchang; Maltseva, Natalia; Nichiporuk, Rita; Fan, Yao; Joachimiak, Andrzej; Raymond, Kenneth N. (2009-12-22). "Caracterización de un transportador de Bacillus subtilis para la petrobactina, un sideróforo sigiloso del ántrax" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 106 (51): 21854– 21859. Bibcode : 2009PNAS..10621854Z . doi : 10.1073/pnas.0904793106 . ISSN 0027-8424 . PMC 2799803. PMID 19955416 .   
  6. Abergel, Rebecca J.; Zawadzka, Anna M.; Raymond, Kenneth N. (2008-01-26). "Transporte de hierro mediado por petrobactina en bacterias patógenas: química de coordinación de un sideróforo inusual de 3,4-catecolato/citrato". Journal of the American Chemical Society . 130 (7). American Chemical Society (ACS): 2124– 2125. Bibcode : 2008JAChS.130.2124A . doi : 10.1021/ja077202g . ISSN 0002-7863 . PMID 18220393 .  
  7. Carroll, Cassandra S.; Moore, Margo M. (2018-06-04). "Ironing Out Siderophore Biosynthesis: A Review of Non-Ribosomal Peptide Synthetase (NRPS)-Independent Siderophore Synthetases". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology . 53 (4): 356– 381. doi : 10.1080/10409238.2018.1476449 . ISSN 1040-9238 . PMID 29863423 . S2CID 44093348 .   
  8. 1 2 3 4 5 6 7 8 Nusca, Tyler D.; Kim, Youngchang; Maltseva, Natalia; Lee, Jung Yeop; Eschenfeldt, William; Stols, Lucy; Schofield, Michael M.; Scaglione, Jamie B.; Dixon, Shandee D.; Oves-Costales, Daniel; Challis, Gregory L.; Hanna, Philip C.; Pfleger, Brian F. ; Joachimiak, Andrzej; Sherman, David H. (2012). "Análisis funcional y estructural de la sideróforo sintetasa AsbB mediante la reconstitución de la vía biosintética de la petrobactina de Bacillus anthracis" . Journal of Biological Chemistry . 287 (19). Elsevier BV: 16058–16072 . doi : 10.1074 / jbc.m112.359349 . ISSN 0021-9258 . PMC 3346087. PMID 22408253 .   
  9. 1 2 Se sugiere que las reacciones de formación de amida proceden a través de una reacción de desplazamiento de un intermedio acilfosfato del ácido cítrico, por el nucleófilo de amina primaria de la espermidina; para estos detalles, y una serie sugerida deprotonaciones y desprotonaciones de nitrógeno de tiol y amida , véase Petchey, Mark R.; Grogan, Gideon (2019-08-08). "Síntesis catalizada por enzimas de amidas secundarias y terciarias" . Advanced Synthesis & Catalysis . 361 (17). Wiley: 3895– 3914. doi : 10.1002/adsc.201900694 . ISSN 1615-4150 . S2CID 199076147 .  Cabe señalar que esta fuente no presenta ninguna evidencia relevante sobre la biosíntesis de la petrobactina.
  10. Se ha sugerido que la deshidratación del ácido 3-deshidroshikímico para formar ácido 3,4-dihidroxibenzoico procede a través de un reordenamiento de dienolbenceno seguido de una reducción para aromatizar el anillo.Véase Gentles, Margaret Jevnik; Moss, Jane B.; Herzog, Hershel L.; Hershberg, EB (1958). "The Dienol-Benzene Rearrangement.1 Some Chemistry of 1,4-Androstadiene-3,17-dione". Journal of the American Chemical Society . 80 (14). American Chemical Society (ACS): 3702– 3705. Bibcode : 1958JAChS..80.3702G . doi : 10.1021/ja01547a058 . ISSN 0002-7863 . Cabe señalar que esta fuente no trata sobre la deshidratación del ácido dehidroshikímico.