Fitobacteria

Phytobacter es un género de bacterias Gram negativas que surge de la agrupación de aislamientos previamente asignados a varios géneros de la familia Enterobacteriaceae . Este género se estableció por primera vez a partir de aislamientos fijadores de nitrógeno de arroz silvestre en China, ^{[ 1 ]} pero también incluye varios aislamientos obtenidos durante un brote de sepsis multiestatal en Brasil en 2013 ^{[ 2 ] [ 3 ]} y, retrospectivamente, varias cepas clínicas aisladas en la década de 1970 en los Estados Unidos que todavía están disponibles en colecciones de cultivos, que originalmente se agruparon en el Biotipo XII de Brenner del Complejo Erwinia herbicola - Enterobacter agglomerans (EEC). ^{[ 4 ] [ 5 ]} Los paneles de evaluación bioquímica estándar carecen de Phytobacter spp. en su base de datos, lo que a menudo conduce a identificaciones erróneas con otras especies de Enterobacterales , especialmente Pantoea agglomerans . ^{[ 2 ]} Los aislados clínicos de la especie se han identificado como una fuente importante de genes de resistencia a betalactamasas de espectro extendido y carbapenémicos , que generalmente están mediados por elementos genéticos móviles. También se ha informado de una fuerte protección de bacterias sensibles coinfectantes. ^{[ 6 ]} Las bacterias pertenecientes a este género no están pigmentadas, son quimioorganótrofas y capaces de fijar nitrógeno. Sonfermentadoras de lactosa , citocromo oxidasa negativas y catalasa positivas. La glucosa se fermenta con producción de gas. Las colonias que crecen en agar MacConkey (MAC) son circulares, convexas y lisas con márgenes no enteros y un centro generalmente elevado. Cinco especies están actualmente válidamente incluidas en el género Phytobacter, ^{[ 2 ] [ 7 ]} que todavía está incluido dentro del clado Kosakonia en la familia de Enterobacteriaceae revisada recientemente. ^{[ 8 ]} Se ha propuestola incorporación de Phytobacter massiliensis mediante la unificación de los géneros Metakosakonia y Phytobacter . ^{[ 9 ]} Más recientemente, una quinta especie, Phytobacter cepae , aislada de cebolla ( Allium cepa) y caracterizada por análisis filogenómicos basados ​​en la secuenciación del genoma completo, la identidad nucleotídica promedio y la hibridación ADN-ADN in silico, se ha propuesto. ^{[ 10 ]}

Descrito por primera vez como Bacillus agglomerans en 1888 por MW Beijerinck ^{[ 11 ]} y posteriormente reclasificado por Ewing y Fife como Enterobacter agglomerans , ^{[ 12 ]} el EEC tiene una historia de muchos cambios de nombres y actualizaciones taxonómicas que siguen la evolución de las herramientas taxonómicas. En 1984, Brenner y colaboradores, utilizando la prueba de hibridación ADN-ADN, dividieron el EEC en trece grupos de relación de ADN (Biotipos), numerados del I al XIII. ^{[ 13 ]} En 1989, Françoise Gavini y colaboradores propusieron renombrar Enterobacter agglomerans (previamente incluido en los Biotipos I y XIII) como Pantoea agglomerans, ^{[ 12 ]} mientras que el género Phytobacter surgió de la caracterización del Biotipo XII. ^{[ 2 ]}

Las secuencias genómicas mal etiquetadas en bases de datos públicas también han contribuido a la confusión taxonómica dentro del género. Por ejemplo, se ha demostrado mediante análisis filogenómicos que los genomas depositados bajo los nombres " Citrobacter bitternis " y " Kluyvera intestini " pertenecen a Phytobacter diazotrophicus y se han propuesto como sinónimos heterotípicos de esa especie. ^{[ 14 ]}

• Phytobacter diazotrophicus es la especie de Phytobacter más comúnque se recupera del medio ambiente y de los humanos, y es un patógeno oportunista asociado con catéteres contaminados o el uso de nutrición parenteral total . ^{[ 2 ] [ 4 ]}
• Phytobacter ursingii se puede diferenciar bioquímicamente de Phytobacter diazotrophicus por su capacidad para metabolizar d-serina y l-sorbosa . A pesar de que la presencia de genes de fijación de nitrógeno sugiere un origen ambiental, hasta el momento solo se han reportado aislamientos clínicos de la especie. ^{[ 2 ]}
• Phytobacter palmae es una especie con alta capacidad de fijación de nitrógeno que se identificó por primera vez en Singapur en los tejidos de las hojas de la palma aceitera ( Elaeis guineensis ). ^{[ 7 ]}
• Phytobacter cepae , que fue aislada de bulbos de cebolla en los Estados Unidos junto con otras Enterobacteriaceae y no posee genes de fijación de nitrógeno ( nif ). ^{[ 10 ]}
• Phytobacter massiliensis , cuya cepa tipo JC163 ^T fue aislada de la flora fecal de un paciente senegalés sano. Esta especie tampoco parece albergar el operón nif . ^{[ 9 ] [ 15 ]}

El documental de 2025, A saga do Phytobacter , disponible en YouTube, narra la historia del descubrimiento del género Phytobacter y su creciente relevancia como patógeno humano oportunista.