Alfapitovirus

Alphapithovirus es un género de virus gigantes conocido por dos especies, Alphapithovirus siberiense , que infecta amebas , ^{[ 2 ] [ 3 ]} y Alphapithovirus massiliense . ^{[ 4 ]} Es de base ADN y es miembro del clado de virus de ADN grandes nucleocitoplasmáticos . Fue descubierto en 2014, cuando se encontró un espécimen viable en un núcleo de hielo de 30 000 años de antigüedadextraído del permafrost en Siberia , Rusia. Es el tercer virus gigante más grande conocido, solo detrás de Megaklothovirus horridgei y Klothovirus casanovai .

El nombre del género Alphapithovirus , en referencia a los grandes recipientes de almacenamiento de la antigua Grecia conocidos como pithoi , fue elegido para describir la nueva especie. Un espécimen de Alphapithovirus mide aproximadamente 1,5 μm (1500 nm ) de longitud y 0,5 μm (500 nm) de diámetro, lo que lo convierte en uno de los virus más grandes encontrados hasta la fecha, solo superado en tamaño por Megaklothovirus y Klothovirus . En el momento de su descubrimiento en 2014, el Pithovirus era el virus más grande conocido por su diámetro. Es un 50 % más grande que los Pandoraviridae , los virus más grandes conocidos hasta entonces, ^{[ 5 ]} y es más grande que Ostreococcus , la célula eucariota más pequeña, aunque Pandoravirus tiene el genoma viral más grande, que contiene de 1,9 a 2,5 megabases de ADN . ^{[ 6 ]}   

Alphapithovirus tiene una pared gruesa y ovalada, con una abertura en un extremo. Internamente, su estructura se asemeja a un panal de abejas . ^{[ 2 ]}

El genoma de Alphapithovirus contiene 467 genes distintos , más que un virus típico, pero mucho menos que las 2556 secuencias putativas codificantes de proteínas encontradas en Pandoravirus . ^{[ 5 ]} Por lo tanto, su genoma está mucho menos densamente empaquetado que cualquier otro virus conocido. Dos tercios de sus proteínas son diferentes a las de otros virus. A pesar de la similitud física con Pandoravirus , la secuencia del genoma de Alphapithovirus revela que está apenas relacionado con ese virus, pero se asemeja más a miembros de Marseilleviridae , Megaviridae e Iridoviridae . ^{[ 7 ]} Todas estas familias contienen grandes virus icosaédricos con genomas de ADN. El genoma de Alphapithovirus tiene un 36% de contenido de GC , similar al de Megaviridae , en contraste con más del 61% para los pandoravirus. ^{[ 8 ]} La familia Orpheoviridae y el género Alphaorpheovirus , la familia Pithoviridae y el género Alphapithovirus , y la familia Cedratviridae y el género Alphacedratvirus, han sido ratificados por el ICTV. ^{[ 9 ]}

El Alphapithovirus sibericum fue descubierto en una muestra de permafrost siberiano de 30.000 años de antigüedad por Chantal Abergel y Jean-Michel Claverie de la Universidad de Aix-Marsella . ^{[ 2 ] [ 13 ]} El virus fue descubierto enterrado a 30 m (100 pies) bajo la superficie de un sedimento del Pleistoceno tardío . ^{[ 3 ] [ 7 ]} Llamado Pithovirus sibericum , pertenece a una clase de virus gigantes que fueron descubiertos hace 10 años. ^{[ 14 ]} Fue encontrado cuando muestras de ribera de río recolectadas en 2000 fueron expuestas a amebas . ^{[ 15 ]} Las amebas comenzaron a morir y, al examinarlas, se encontró que contenían especímenes de virus gigantes. Los autores dijeron que tuvieron la idea de analizar muestras de permafrost en busca de nuevos virus después de leer sobre un experimento que revivió una semilla de Silene stenophylla de edad similar dos años antes. ^{[ 2 ]} Los hallazgos sobre Alphapithovirus se publicaron en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias en marzo de 2014. ^{[ 5 ] [ 8 ]}  

Aunque el virus es inofensivo para los humanos, su viabilidad tras haber permanecido congelado durante milenios ha generado preocupación ante la posibilidad de que el cambio climático global y las operaciones de perforación en la tundra puedan propiciar el descubrimiento de virus potencialmente patógenos hasta ahora desconocidos. ^{[ 5 ]} Sin embargo, otros científicos cuestionan que este escenario represente una amenaza real. ^{[ 2 ]}

Una especie moderna del género Alphapithovirus massiliense fue aislada en 2016. Las características principales, como el orden de los ORF y los genes huérfanos (ORFans), están bien conservadas entre las dos especies conocidas. ^{[ 4 ]}

Se ha estimado que la tasa de mutación del genoma es de 2,23 × 10⁻⁶ ^{sustituciones} /sitio/año. ^{[ 16 ]} Los autores han sugerido que los dos Alphapithovirus conocidos divergieron hace unos doscientos mil años. Los alfavirus de peces recientemente identificados, el virus de la enfermedad del páncreas del salmón y el virus de la enfermedad del sueño, parecen ser variantes o subtipos de una nueva especie de alfavirus. ^{[ 9 ]}

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• Viralzone : Pithovirus
• " Pithovirus sibericum " . Navegador de taxonomía NCBI . 1450746.