12 ricos en prolina

Proline-rich 12 (PRR12) es una proteína de función desconocida codificada por el gen PRR12 .

El gen PRR12 del Homo sapiens tiene 34.785 pares de bases de longitud, contiene 14 exones y está ubicado en el cromosoma 19 en 19q13.33. ^[5] Los alias conocidos para PRR12 incluyen "proline rich 12" y KIAA1205. ^[6] Dentro de su vecindario genético, PRR12 está flanqueado por PRRG2 y SCAF1 en la cadena sentido y RRAS y NOSIP en la cadena antisentido. ^[5] La proteína que interactúa con la sintasa de óxido nítrico, NOSIP, regula la actividad y localización de la sintasa de óxido nítrico (endotelial y neuronal), controlando la producción de óxido nítrico . ^[7] La ​​Gla rica en prolina, PRRG2, tiene un dominio Gla que se une al hialuronano y está asociada con proteínas presentes en la matriz extracelular involucradas en la adhesión celular y la migración celular. ^{[8] [9]} La proteína relacionada con Ras, RRAS, pertenece a la familia Ras y está involucrada en la organización de los filamentos de actina dentro del citoesqueleto. Se cree que el factor 1 asociado a CTD relacionado con SR, SCAF1, está involucrado en el empalme del ARNm precursor . [ ^{10 ]}

Promotor

La región promotora de PRR12 se predijo utilizando ElDorado en Genomatix. ^[12] La región comienza en la posición 50094408 y termina en 50095013 del cromosoma 19. Este conjunto de promotores se conserva en el macaco, el ratón, la rata, el caballo, la vaca, el cerdo, el perro y el pez cebra. No se encontró ninguna caja TATA reconocible, elemento de reconocimiento B (BRE) o caja CAAT aguas arriba de la región de inicio de la transcripción predicha. Debido a que no se encontró ninguna caja TATA clara, es posible que PRR12 esté regulado por un promotor sin TATA que contenga un elemento promotor aguas abajo (DPE). Sin embargo, el DPE predicho está solo 15 pb aguas abajo de la región de inicio de la transcripción en lugar de los típicos +25 a +32 pares de bases. Se requerirá más investigación para expandir el 5' UTR de la transcripción de PRR12 para confirmar dónde se encuentra la región promotora correcta.

secuencia de ARNm

La transcripción del ARNm PRR12 tiene una longitud de 6960 pares de bases y contiene varias repeticiones de secuencias cortas. El PRR12 del Homo sapiens tiene tres isoformas , y la isoforma 3 contiene aproximadamente mil residuos de aminoácidos más que las otras isoformas. ^[13] En los registros del NCBI no se proporciona ninguna UTR 5' para la transcripción del PRR12 del Homo sapiens . Sin embargo, se han determinado 7 pares de bases de la UTR 5' en el ortólogo de Papio anubis . La UTR 3' tiene una longitud de 852 pares de bases. ^[14]

El gen se expresa moderadamente en niveles uniformes en una amplia variedad de tipos de tejidos. ^[6]

La transcripción PRR12 codifica una proteína que tiene 2036 residuos de longitud. Tiene un peso molecular de 211,1 kdal y un punto isoeléctrico alrededor de 7,728. ^{[15] [ verificación fallida ]} Varias bases de datos bioinformáticas también han predicho que PRR12 es una proteína soluble sin dominios transmembrana . ^{[15] [16] [17]} Jianping Chen enumera a PRR12 como una "proteína extremadamente vulnerable". ^[18] Estas proteínas tienen regiones ricas en aminoácidos que son "protectores pobres" de los enlaces de hidrógeno a lo largo de la estructura principal de la proteína, inhibiendo la capacidad de estas proteínas para plegarse correctamente y permitiendo la posibilidad de agregación de proteínas. Los residuos como G, A, S, Y y P se enumeran como protectores pobres y PRR12 es rico tanto en prolina como en glicina. ^{[15] [18]} Muchos de los residuos de prolina se colocan consecutivamente en regiones de baja complejidad. Estas regiones pueden dar a esta proteína una estructura secundaria interesante ya que un grupo de prolina puede formar una hélice de poliprolina . ^[19] PRR12 contiene una posible señal de importación nuclear que comienza en P1794. Una secuencia de localización nuclear típica tendría los siguientes residuos: PPKKKRKV. ^[20] PRR12 contiene un dominio DUF4211 que comienza en V1836 que muestra homología con el dominio pfam13926. ^[21] Este dominio está bien conservado en los ortólogos de PRR12 . PRR12 también contiene regiones de unión de gancho AT bien conservadas en P1168 y G1202. Estas regiones permiten que las proteínas se unan al ADN, lo que respalda aún más la localización de PRR12 en el núcleo.

La proteína 1 rica en glutamina y serina ( QSER1 ) es el único parálogo estrechamente relacionado con PRR12 (número de acceso NCBI: EAW68214). QSER1 no tiene una función conocida y, al igual que PRR12, contiene DUF4211 y una señal de localización nuclear. QSER1 no contiene las regiones de unión AT ni el antígeno del virus de Epstein-Barr que se encuentra en PRR12.

El pariente más lejano encontrado a través de BLAST con una similitud significativa con PRR12 es el pez Danio rerio . Se encontraron ortólogos en peces, anfibios, reptiles y otros mamíferos. Si bien no se encontraron ortólogos de PRR12 en aves, las aves sí tenían ortólogos de QSER1, que es un parálogo cercano de PRR12 humano. ^[13]

Un estudio sobre el virus de Epstein-Barr encontró una homología cercana entre una región rica en prolina en PRR12 y una región de 65 aminoácidos de largo en el extremo terminal de EBNA-2 (un antígeno nuclear del virus). ^[22] Este antígeno del virus de Epstein-Barr está asociado con enfermedades sistémicas autoinmunes del tejido conectivo (ETC), incluyendo lupus eritematoso sistémico (LES), síndrome de Sjögren primario (SS), artritis reumatoide (AR), esclerosis sistémica (SSc) y SS secundaria. ^[22] PRR12 no solo es rico en prolina, sino que también es rico en glicina, lo que sugiere que podría haber una relación con el colágeno que también es rico en prolina y glicina. Una relación entre los dos podría ser una explicación para la aparición de ETC autoinmunes después de la infección por VEB. Sin embargo, los residuos de glicina y prolina en el colágeno generalmente siguen un motivo GPX o GX-HydroxyP, que no ocurre significativamente en PRR12.

La haploinsuficiencia de PRR12 puede provocar anoftalmia , entre otras anomalías ^{[23] [24]}