Articulo de referencia

Gen reportero

Diagrama que muestra cómo se utiliza un gen reportero para estudiar una secuencia reguladora. Los genes reporteros son herramientas moleculares ampliamente utilizadas en biologí...

Diagrama que muestra cómo se utiliza un gen reportero para estudiar una secuencia reguladora.

Los genes reporteros son herramientas moleculares ampliamente utilizadas en biología molecular , genética y biotecnología para estudiar la función génica, los patrones de expresión y los mecanismos reguladores. Estos genes codifican proteínas que producen señales fácilmente detectables, como fluorescencia , luminiscencia o actividad enzimática, lo que permite a los investigadores monitorizar procesos celulares en tiempo real. Los genes reporteros suelen fusionarse a secuencias reguladoras de genes de interés, lo que permite a los científicos analizar la actividad del promotor, la regulación transcripcional y las vías de transducción de señales . Los sistemas de genes reporteros comunes incluyen la proteína verde fluorescente (GFP), la β-galactosidasa (lacZ), la luciferasa y la cloranfenicol acetiltransferasa (CAT), cada uno con ventajas distintas según la aplicación experimental. [ 1 ] Su versatilidad hace que los genes reporteros sean invaluables en campos como el descubrimiento de fármacos, la terapia génica y la biología sintética . [ 1 ]

reporteros comunes

Para introducir un gen reportero en un organismo, los científicos colocan el gen reportero y el gen de interés en la misma estructura de ADN que se insertará en la célula u organismo. En el caso de bacterias o células procariotas en cultivo, esto suele hacerse mediante una molécula de ADN circular llamada plásmido . En el caso de los virus , se conoce como vector viral . Es importante utilizar un gen reportero que no se exprese de forma natural en la célula u organismo en estudio, ya que la expresión del gen reportero se utiliza como marcador de la correcta incorporación del gen de interés. [ 1 ]

Los genes reporteros comúnmente utilizados que inducen características visualmente identificables suelen involucrar proteínas fluorescentes y luminiscentes . Algunos ejemplos incluyen el gen que codifica la proteína verde fluorescente (GFP) de la medusa, que hace que las células que la expresan brillen en verde bajo luz azul o ultravioleta, la enzima luciferasa , que cataliza una reacción con la luciferina para producir luz, [ 2 ] y la proteína roja fluorescente del gen dsRed . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] El gen GUS se ha utilizado comúnmente en plantas, pero la luciferasa y la GFP se están volviendo más comunes. [ 8 ] [ 9 ]

Un marcador común en bacterias es el gen lacZ de E. coli , que codifica la proteína beta-galactosidasa . [ 1 ] Esta enzima hace que las bacterias que expresan el gen se vean azules cuando se cultivan en un medio que contiene el análogo del sustrato X-gal . Un ejemplo de marcador seleccionable, que también es un marcador en bacterias, es el gen de la cloranfenicol acetiltransferasa (CAT), que confiere resistencia al antibiótico cloranfenicol . [ 10 ]

Dado que los genes reporteros como lacZ , GFP y luciferasa se utilizan ampliamente en construcciones de plásmidos estandarizadas para estudios de expresión génica, los vectores reporteros bien caracterizados se conservan como materiales de referencia en centros públicos de recursos biológicos y repositorios sin fines de lucro como BCCM/GeneCorner y Addgene, lo que respalda la reproducibilidad en la investigación de biología molecular.

Historia

Reporteros por año de descubrimiento

Ensayos de transformación y transfección

Muchos métodos de transfección y transformación —dos formas de expresar un gen extraño o modificado en un organismo— solo son efectivos en un pequeño porcentaje de la población sometida a estas técnicas. Por lo tanto, es necesario un método para identificar esos pocos casos de incorporación génica exitosa. Los genes reporteros utilizados de esta manera se expresan normalmente bajo su propio promotor (regiones de ADN que inician la transcripción génica), independientemente del del gen de interés introducido; el gen reportero puede expresarse de forma constitutiva ("siempre activo") o inducible . Esta independencia resulta ventajosa cuando el gen de interés se expresa en condiciones específicas o de difícil acceso. [ 1 ]

Los genes reporteros emplean diversos mecanismos para visualizar o cuantificar la actividad genética:

  • Los reporteros enzimáticos (por ejemplo, LacZ ) codifican enzimas que catalizan reacciones que producen un producto visible. Por ejemplo, la β-galactosidasa (codificada por LacZ ) escinde X-gal para producir un color azul, lo que permite identificar fácilmente la interrupción exitosa del gen (colonias blancas) frente a los genes intactos (colonias azules). [ 7 ]
  • Los reporteros bioluminiscentes (por ejemplo, la luciferasa) producen luz mediante reacciones químicas, lo que permite la obtención de imágenes de células vivas y estudios de promotores sin fuentes de luz externas. [ 8 ]
  • Los reporteros colorimétricos (por ejemplo, CAT ) generan cambios de color detectables cuando las enzimas reaccionan con sustratos, medibles mediante espectrofotometría o TLC. [ 9 ]
  • Los marcadores seleccionables (p. ej., Neo ) confieren resistencia a los antibióticos (p. ej., a G418), asegurando que solo las células transformadas sobrevivan en medios selectivos. [ 11 ] [ 15 ]

En el caso de los reporteros de marcadores seleccionables como CAT , la población transfectada puede cultivarse en un sustrato que contenga cloranfenicol. Solo sobreviven las células con el gen CAT , lo que confirma la transformación exitosa. [ 10 ]

ensayos de expresión génica

Los genes reporteros pueden utilizarse para analizar la expresión de un gen de interés que normalmente es difícil de cuantificar. [ 1 ] Los genes reporteros pueden producir una proteína que tiene poco efecto obvio o inmediato sobre el cultivo celular o el organismo. Idealmente, no están presentes en el genoma nativo para poder aislar la expresión del gen reportero como resultado de la expresión del gen de interés. [ 1 ] [ 16 ]

Para activar los genes reporteros, estos pueden expresarse constitutivamente , donde se unen directamente al gen de interés para crear una fusión génica . [ 17 ] Este método es un ejemplo del uso de elementos cis -activos , donde los dos genes están bajo los mismos promotores y se transcriben en una sola molécula de ARN mensajero . El ARNm se traduce luego en proteína. Es importante que ambas proteínas puedan plegarse correctamente en sus conformaciones activas e interactuar con sus sustratos a pesar de estar fusionadas. Al construir el constructo de ADN, generalmente se incluye un segmento de ADN que codifica una región de enlace polipeptídico flexible para que el gen reportero y el producto génico interfieran mínimamente entre sí. [ 18 ] [ 19 ] Los genes reporteros también pueden expresarse por inducción durante el crecimiento. En estos casos, se utilizan elementos trans -activos , como factores de transcripción, para expresar el gen reportero. [ 20 ] [ 21 ]

Los ensayos con genes reporteros se han utilizado cada vez más en el cribado de alto rendimiento (HTS) para identificar inhibidores y activadores de moléculas pequeñas de proteínas diana y vías metabólicas para el descubrimiento de fármacos y la biología química . Dado que las propias enzimas reporteras (por ejemplo, la luciferasa de luciérnaga ) pueden ser dianas directas de moléculas pequeñas y dificultar la interpretación de los datos de HTS, se han desarrollado nuevos diseños de reporteros de coincidencia que incorporan la supresión de artefactos. [ 22 ] [ 23 ]

ensayos de promotores

Los genes reporteros pueden utilizarse para evaluar la actividad de un promotor específico en una célula u organismo. [ 24 ] En este caso, no existe un "gen de interés" independiente; el gen reportero simplemente se coloca bajo el control del promotor diana y se mide cuantitativamente la actividad de su producto. Los resultados se suelen expresar en relación con la actividad bajo un promotor "consenso" conocido por inducir una fuerte expresión génica. [ 25 ]

Limitaciones y avances

Aunque la tecnología de genes reporteros se ha convertido en un componente esencial de la biología molecular, su aplicación aún presenta limitaciones. Una preocupación principal es la influencia del contexto genómico en la expresión del gen reportero. Los genes reporteros integrados en el genoma pueden estar sujetos a la variación del efecto de posición , donde la estructura de la cromatina circundante influye en la actividad transcripcional. Esto puede provocar una expresión inconsistente y complicar la interpretación de los resultados, especialmente en líneas celulares estables y organismos transgénicos. [ 26 ] Además, la expresión del gen reportero puede no reflejar siempre con precisión la actividad del gen endógeno de interés debido a diferencias en la regulación postranscripcional , la estabilidad del ARNm o la eficiencia de la traducción . [ 27 ]

Otra limitación común es la carga celular que puede imponer la expresión del gen reportero. Los altos niveles de producción de proteínas reporteras, como las proteínas fluorescentes o las luciferasas, pueden desviar recursos celulares, afectando potencialmente el metabolismo o la fisiología normales. Esto es particularmente problemático en sistemas sensibles como las células madre o los cultivos celulares primarios , donde incluso cambios sutiles en el metabolismo pueden influir en el comportamiento celular. [ 28 ] Además, algunos sistemas reporteros, como los ensayos de luciferasa, requieren la adición de sustratos exógenos (por ejemplo, luciferina), lo que añade complejidad y puede reducir la reproducibilidad, especialmente en modelos animales vivos donde la disponibilidad del sustrato puede variar. [ 28 ]

Para abordar estos desafíos, varias innovaciones han mejorado la fiabilidad y flexibilidad de las tecnologías de genes reporteros. Un avance implica el uso del péptido 2A , que permite la coexpresión de múltiples proteínas a partir de un único transcrito sin necesidad de una fusión directa. Este enfoque permite la expresión simultánea de un gen de interés y un reportero, preservando la función de ambos. [ 29 ] Además, los sistemas de reporteros divididos, que producen una señal funcional solo cuando interactúan dos proteínas de interés, se han generalizado en estudios de interacciones proteína-proteína debido a su baja actividad de fondo y alta especificidad. [ 30 ]

Aplicaciones

Médico

El seguimiento de la expresión ha permitido múltiples investigaciones sobre la progresión de las células enfermas . [ 31 ] Los genes reporteros han demostrado proporcionar información crucial sobre los genes sobreexpresados ​​en las vías reguladoras del cáncer, así como la identificación de oncogenes y genes supresores de tumores . Estos se han utilizado para una mayor investigación en el desarrollo de terapias para detener la progresión de la enfermedad y la metástasis. [ 31 ] La terapia génica también se ha rastreado mediante el uso de genes reporteros. Esto permite monitorear los vectores de terapia génica para ver si están logrando los resultados previstos, así como monitorear la seguridad del paciente a corto y largo plazo. [ 32 ] Las terapias desarrolladas se han beneficiado del uso de genes reporteros, como un sistema de doble reportero desarrollado para modelos CRISPR/Cas9 para monitorear la progresión y el éxito y los beneficios de ser herramientas de edición genética. [ 33 ]

Investigación

La aplicación más común de los genes reporteros ha sido la identificación de elementos cis y trans. Mediante la fusión a la región promotora de posibles elementos trans-cis, se mide el cambio en la fluorescencia, lo que permite rastrear la actividad transcripcional . [ 34 ] Esto proporciona información útil para comprender las vías en las que participan estos elementos y sus funciones reguladoras en el desarrollo y crecimiento celular . [ 34 ] Las respuestas inmunitarias también son una aplicación común de los genes reporteros, que se han beneficiado enormemente de su uso. Han permitido una mayor comprensión de la proliferación y diferenciación celular en linfocitos B y T durante las respuestas inmunitarias, y han contribuido a la comprensión de la activación mediante el seguimiento de las vías de señalización de citocinas. [ 35 ]

El desarrollo de líneas celulares reporteras también ha surgido con el descubrimiento y uso de genes reporteros. [ 34 ] Las líneas celulares se marcan con genes reporteros para permitir la detección por fluorescencia y facilitar la identificación de proteínas utilizadas en vías celulares y su localización . [ 30 ] Esto ha permitido un método sencillo para estudiar la progresión de proteínas, sin necesidad de experimentación adicional para la introducción y fusión de un gen reportero, ya que este ya está presente en la línea celular.

Un uso más complejo de los genes reporteros a gran escala se encuentra en el cribado de doble híbrido , que busca identificar proteínas que interactúan de forma natural entre sí in vivo . El sistema de doble híbrido de levadura (Y2H) , desarrollado a finales de la década de 1980 y principios de la de 1990, representó un avance inmenso en el uso de genes reporteros para estudiar las interacciones proteína-proteína in vivo . [ 36 ]   Esta técnica aprovecha la naturaleza modular de los factores de transcripción, que a menudo consta de dominios separados de unión al ADN y de activación . Al fusionar genéticamente dos proteínas de interés a estos dominios, los investigadores pueden detectar interacciones físicas entre ellas mediante la activación de un gen reportero posterior. Debido a la naturaleza genética simple del sistema Y2H, esta técnica aumentó significativamente la accesibilidad de los estudios de interacción proteína-proteína sin necesidad de purificación de proteínas ni ensayos bioquímicos complejos. Los datos experimentales de Y2H han desempeñado un papel fundamental en la construcción de interactomas humanos sintéticos a gran escala y en el análisis de mecanismos en enfermedades humanas. [ 37 ] [ 38 ]

Sin embargo, aún existen algunas limitaciones. El método Y2H a veces detecta interacciones que no ocurren de forma natural o no detecta interacciones débiles o transitorias. Debido a su configuración artificial, estos fallos podrían deberse a la ausencia de factores clave como las modificaciones postraduccionales o la compartimentalización . Por ejemplo, se ha demostrado que el método Y2H genera falsos positivos debido a interacciones indirectas mediadas por proteínas del huésped, como se demostró en estudios de interacciones de PipX en cianobacterias, donde se encontró que la autointeracción de PipX dependía de homólogos de PII del organismo huésped en lugar de una interacción directa. [ 39 ]

Los ensayos de reportero masivamente paralelos (MPRA) y el aprendizaje automático son métodos más recientes para estudiar la regulación génica con genes reporteros. Una de sus principales aplicaciones se encuentra en la biología sintética y la terapia génica, donde los investigadores pueden diseñar mejores elementos reguladores para controlar la expresión génica. [ 40 ] Por ejemplo, se han utilizado modelos de aprendizaje profundo entrenados con datos de MPRA para optimizar las regiones 5' no traducidas (UTR) para la traducción del ARNm, lo que permite diseños personalizados que mejoran la eficiencia de la edición genética en el contexto terapéutico. Esto podría hacer que los tratamientos basados ​​en ARNm sean más efectivos, ya que los MPRA también ayudan a identificar cómo las variantes genéticas afectan la expresión génica, lo cual se utiliza en la medicina de precisión y el desarrollo de tratamientos personalizados. [ 40 ]

Los modelos de aprendizaje automático entrenados con datos de MPRA pueden predecir cómo diferentes secuencias impactan la actividad génica, facilitando el diseño de genes reporteros que responden de maneras específicas. La combinación de MPRA con secuenciación de próxima generación también hace que los experimentos con genes reporteros sean más rápidos y escalables. Estos avances podrían incluso mejorar las vacunas y terapias basadas en ARNm al optimizar las regiones no traducidas (UTR) para aumentar la estabilidad y la traducción. Por ejemplo, los MPRA modulares han descubierto secuencias reguladoras específicas del contexto vinculadas a la diabetes tipo 2, revelando interacciones potenciador-promotor dependientes de factores de transcripción específicos de la célula como HNF1. [ 41 ] De manera similar, los análisis de MPRA de variantes potenciadoras cardíacas han identificado secuencias no codificantes funcionales que influyen en la variabilidad del intervalo QT, vinculando directamente la variación genética con la desregulación génica asociada a la enfermedad. [ 42 ]

Véase también

Referencias

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  • Aspectos destacados de la investigación e información actualizada sobre genes reporteros.
  • Tinción de embriones completos de ratón para detectar la actividad de la β-galactosidasa (lacZ).