SHIFTCOR

SHIFTCOR (Shift Correction) es un servidor web de libre acceso, así como un programa informático independiente para la re-referenciación de desplazamientos químicos de proteínas . ^{[ 1 ]} La referenciación de desplazamientos químicos es un problema particularmente extendido en la RMN biomolecular , con hasta un 25 % de las asignaciones de desplazamientos químicos de RMN existentes referenciadas incorrectamente. ^[¹^] Algunos de estos problemas de referenciación pueden generar errores sistemáticos de entre 1,0 y 2,5 ppm (especialmente en los desplazamientos químicos de 13C y 15N). Errores de esta magnitud pueden causar estragos en cualquier intento de comparar asignaciones entre proteínas o de interpretar estructuralmente los desplazamientos químicos . Identificar qué proteínas están mal asignadas o referenciadas incorrectamente puede ser un desafío, al igual que corregir los errores una vez encontrados. El programa SHIFTCOR fue diseñado para ayudar a identificar y corregir estos problemas de referenciación de desplazamientos químicos . Específicamente, compara, identifica, corrige y re-referencia los desplazamientos químicos de la cadena principal de 1H, 13C y 15N de péptidos y proteínas comparando los desplazamientos químicos observados con los desplazamientos químicos predichos derivados de la estructura 3D (usando coordenadas PDB ) de la(s) proteína(s) de interés ^[¹^] [1]. Los desplazamientos químicos predichos se calculan usando el programa ShiftX . ^[²^] El programa SHIFTCOR se usó originalmente para construir una base de datos de asignaciones de desplazamientos químicos de proteínas correctamente re-referenciadas llamada RefDB. ^[¹^] RefDB es una base de datos accesible en la web de más de 2000 asignaciones de desplazamientos químicos de proteínas correctamente referenciadas. Si bien originalmente solo estaba disponible como un programa independiente, SHIFTCOR se ha lanzado desde entonces para uso general como servidor web.

Véase también

Referencias

1 2 3 4 5 Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003). "RefDB: Una base de datos de desplazamientos químicos de proteínas con referencia uniforme". J. Biomol. NMR . 25 (3): 173– 195. doi : 10.1023/A:1022836027055 . PMID 12652131 . S2CID 12786364 .
↑ Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, DS (2003). "Cálculo rápido y preciso de los desplazamientos químicos de 1H, 13C y 15N de proteínas". J. Biomol. NMR . 26 (3): 215– 240. doi : 10.1023/A:1023812930288 . PMID 12766419 . S2CID 29425090 .

Enlaces externos

ShiftX
Base de datos de referencia

[pmid12652131-1] 1 2 3 4 5 Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003). "RefDB: Una base de datos de desplazamientos químicos de proteínas con referencia uniforme". J. Biomol. NMR . 25 (3): 173– 195. doi : 10.1023/A:1022836027055 . PMID 12652131 . S2CID 12786364 .

[pmid12766419-2] Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, DS (2003). "Cálculo rápido y preciso de los desplazamientos químicos de 1H, 13C y 15N de proteínas". J. Biomol. NMR . 26 (3): 215– 240. doi : 10.1023/A:1023812930288 . PMID 12766419 . S2CID 29425090 .

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