Tipo de variante de característica de secuencia

El Tipo de Variante de Característica de Secuencia (SFVT, por sus siglas en inglés) se refiere a la variación de secuencia definida (mutación) de una característica de secuencia dada en una proteína . Consideremos una proteína: su secuencia de aminoácidos determina su estructura y función. Algunas regiones de la secuencia están relacionadas principalmente con el plegamiento de la proteína , y por lo tanto con su estructura, mientras que otras regiones están relacionadas con la función de la proteína , como un sitio catalítico enzimático. En muchas especies relacionadas , las regiones de una proteína correspondiente se conservan de una especie a otra, mientras que el aminoácido exacto en cada posición puede cambiar, y a menudo lo hace. Para ilustrar claramente tanto la naturaleza conservada de las regiones funcionales como el cambio preciso en el aminoácido real, se define el Tipo de Variante de Característica de Secuencia.

Una secuencia característica es básicamente un conjunto de aminoácidos dentro de una proteína, que puede ser un rango continuo o un conjunto de residuos discretos. La mayoría de las secuencias características se obtienen a partir de resultados experimentales, pero también existen algunas que se derivan de análisis computacionales.

Para cada característica de la secuencia, existen variaciones entre muchas proteínas de diferentes especies relacionadas. Los tipos de variantes definen el aminoácido exacto en cada posición para una característica. Cuanto mayor sea la mutación en cada posición para una característica, mayor será el número de tipos de variantes. Para una proteína dada, una vez que se determina su secuencia de aminoácidos, se determina el tipo de variante de su característica de secuencia.

Las SFVT pueden utilizarse para estudiar las funciones de las proteínas en diversas especies relacionadas. Dichos estudios se han llevado a cabo en varios patógenos humanos.

Las SFVT también están disponibles en la Base de Datos de Investigación de la Influenza para las proteínas de la gripe y en la Base de Datos de Patógenos Virus y Recursos de Análisis para el virus del dengue.

• Investigación sobre virus patógenos
• Base de datos de investigación sobre la influenza