
El ARN de interferencia pequeño ( siRNA ), también conocido como ARN de interferencia corto o ARN silenciador , es una clase de moléculas de ARN no codificante de doble cadena , típicamente de 20 a 24 pares de bases de longitud, similar al microARN (miRNA), y opera dentro de la vía de interferencia de ARN (ARNi). Interfiere con la expresión de genes específicos con secuencias de nucleótidos complementarias al degradar el ARN mensajero (ARNm) después de la transcripción , impidiendo la traducción . [ 1 ] [ 2 ] Fue descubierto en 1998 por Andrew Fire en la Institución Carnegie para la Ciencia en Washington, DC y Craig Mello en la Universidad de Massachusetts en Worcester.
Estructura

Los siRNAs naturales tienen una estructura bien definida: un ARN bicatenario (dsRNA) corto (generalmente de 20 a 24 pares de bases ) con extremos 5' fosforilados y extremos 3' hidroxilados , con dos nucleótidos sobresalientes. En 2001, se sugirió que una enzima denominada Dicer catalizaba "el paso de iniciación de la interferencia de ARN" (producción de siRNAs a partir de dsRNAs largos y pequeños ARN en horquilla ). [ 3 ]
Los siRNA también pueden introducirse en las células mediante transfección . Dado que, en principio, cualquier gen puede ser silenciado por un siRNA sintético con una secuencia complementaria, los siRNA constituyen una herramienta importante para validar la función génica y la selección de fármacos en la "era postgenómica" .
Historia
En 1998, Andrew Fire en la Institución Carnegie para la Ciencia en Washington DC y Craig Mello en la Universidad de Massachusetts en Worcester descubrieron el mecanismo de ARN de interferencia ( ARNi ) mientras trabajaban en la expresión génica en el nematodo Caenorhabditis elegans . [ 4 ] Los dos ganaron el Premio Nobel por su investigación con ARNi en 2006. [ 5 ] El ARNi y su papel en el silenciamiento génico postranscripcional (PTGS) fue descubierto en plantas por el grupo de David Baulcombe en el Laboratorio Sainsbury en Norwich, Inglaterra , un descubrimiento publicado en Science en 1999. [ 6 ] Thomas Tuschl y sus colegas pronto informaron en Nature que los ARNi sintéticos podían inducir ARNi en células de mamíferos. [ 7 ] Estos descubrimientos llevaron a un aumento en el interés por aprovechar el ARNi para la investigación biomédica y el desarrollo de fármacos .
En 2017, las aplicaciones humanas del ARNip se habían enfrentado a importantes obstáculos para su éxito, uno de ellos el "efecto fuera de objetivo". [ 2 ] Al finalizar esa década, se había debatido la posibilidad de que estas terapias pudieran activar la inmunidad innata . [ 4 ]Hasta 2019, los modelos animales no habían logrado representar con precisión el alcance de esta respuesta en humanos; [ 4 ]Por lo tanto, estudiar los efectos de las terapias con ARNip ha sido un desafío.
A partir de 2020, las terapias con ARNip habían sido aprobadas (por ejemplo, por la FDA en EE. UU.), y se habían establecido nuevos métodos para superar los desafíos; estos incluyen terapias aprobadas y disponibles comercialmente, varias más en desarrollo que buscan aprobación, y otras en etapas más tempranas de desarrollo. [ 8 ][ 9 ]
Mecanismo
El mecanismo por el cual el ARNip natural provoca el silenciamiento génico mediante la represión de la traducción se produce de la siguiente manera:

- El ARN bicatenario largo (que puede provenir de ARN en horquilla, ARN complementarios y ARN polimerasas dependientes de ARN) es escindido por una endorribonucleasa llamada Dicer . Dicer corta el ARN bicatenario largo para formar ARN de interferencia corto o siRNA; esto es lo que permite que las moléculas formen el complejo silenciador inducido por ARN (RISC).
- Una vez que el siRNA entra en la célula, se incorpora a otras proteínas para formar el complejo RISC .
- Una vez que el ARNip forma parte del complejo RISC, se desenrolla para formar ARNip monocatenario.
- La hebra que es termodinámicamente menos estable debido a su apareamiento de bases en el extremo 5' es la que se elige para que siga formando parte del complejo RISC.
- El ARNip monocatenario, que forma parte del complejo RISC, ahora puede escanear y encontrar un ARNm complementario.
- Una vez que el ARNip monocatenario (que forma parte del complejo RISC) se une a su ARNm objetivo, induce la escisión del ARNm .
- El ARNm es cortado y reconocido como anormal por la célula. Esto provoca la degradación del ARNm y, a su vez, impide su traducción a aminoácidos y posteriormente a proteínas, silenciando así el gen que codifica dicho ARNm.
El siRNA también es similar al miRNA ; sin embargo, los miRNA se derivan de productos de ARN con estructura de horquilla más cortos. Los miRNA suelen silenciar genes mediante la represión de la traducción y tienen una especificidad de acción más amplia, mientras que los siRNA suelen actuar con mayor especificidad al escindir el ARNm antes de la traducción, con una complementariedad del 100 %. [ 10 ] [ 11 ]
Inducción de ARN de interferencia mediante ARNip o sus precursores biosintéticos.

La supresión génica mediante transfección de siRNA exógeno es solo transitoria, especialmente en células de rápida división. Esto puede superarse creando un vector de expresión para el siRNA. La secuencia de siRNA se modifica para introducir un bucle corto entre las dos hebras. El transcrito resultante es un ARN de horquilla corta (shRNA), que puede ser procesado en un siRNA funcional por Dicer de su manera habitual. [ 12 ] Los casetes de transcripción típicos utilizan un promotor de ARN polimerasa III (p. ej., U6 o H1) para dirigir la transcripción de ARN nucleares pequeños (snRNA, donde U6 está involucrado en el empalme de ARN ; H1 es el componente RNasa de la RNasa P humana). Se teoriza que el transcrito de siRNA resultante es luego procesado por Dicer .
La eficiencia de la supresión génica también puede mejorarse mediante la compresión celular . [ 13 ]
La actividad de los siRNA en la interferencia de ARN (ARNi) depende en gran medida de su capacidad de unión al complejo silenciador inducido por ARN (RISC). La unión del siRNA dúplex al RISC va seguida del desenrollamiento y la escisión de la cadena codificante mediante endonucleasas. El complejo RISC resultante, formado por la cadena no codificante, puede entonces unirse a los ARNm diana para iniciar el silenciamiento transcripcional. [ 14 ]
activación del ARN
Además de su función en la interferencia de ARN (ARNi), los ARN pequeños de interferencia (ARNi) también pueden activar la expresión génica, un fenómeno denominado " activación de ARN " o ARNa. Esto se observó por primera vez cuando se descubrió que los ARNi sintéticos, denominados "ARN pequeños activadores" (saRNA), dirigidos a los promotores de genes, inducían una potente activación transcripcional de los genes diana. [ 15 ] Se ha demostrado que la ARNa es un mecanismo conservado, observado en diversas especies, desde insectos, C. elegans y plantas, hasta mamíferos (incluidos los humanos). [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]
El mecanismo de RNAa implica la focalización de regiones promotoras por saRNAs, lo que conduce al reclutamiento de maquinaria transcripcional y cambios epigenéticos que promueven la expresión génica. Este proceso a menudo involucra el complejo de activación transcripcional inducida por ARN (RITA), que incluye proteínas Argonaute (en particular Ago2), ARN helicasa A (RHA) y CTR9. [ 20 ] [ 21 ] Los miRNAs endógenos también pueden mediar en RNAa, ampliando las funciones reguladoras de estos pequeños ARN más allá del silenciamiento génico.
Actualmente, varios fármacos basados en saRNA se encuentran en desarrollo clínico. MTL-CEBPA, desarrollado por MiNA Therapeutics, actúa sobre el gen CEBPA y se encuentra en ensayos de fase II para el cáncer de hígado. [ 22 ] RAG-01, desarrollado por Ractigen Therapeutics, actúa sobre el gen p21 y se encuentra en ensayos de fase I para el cáncer de vejiga no músculo-invasivo (NMIBC). [ 23 ] Estos ensayos clínicos representan un paso significativo hacia la aplicación del fenómeno del ARN antisentido (RNAa) en nuevas estrategias terapéuticas.
Silenciamiento génico postranscripcional
Richard Carthew et al. afirman en su estudio de 2004 sobre las vías de silenciamiento de siRNA/miRNA en Drosophila que el silenciamiento génico postranscripcional inducido por siRNA se inicia mediante el ensamblaje del complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC). El RISC silencia la expresión de ciertos genes mediante la escisión de las moléculas de ARNm que codifican dichos genes. [ 24 ] Para iniciar el proceso en ese sistema, afirman que una de las dos hebras de siRNA, la hebra guía antisentido , se carga en el RISC mientras que la otra hebra, la hebra pasajera sentido , se degrada; además, indican que ciertas enzimas Dicer de Drosophila podrían ser responsables de cargar la hebra guía en el RISC. [ 24 ] Posteriormente, en una perspectiva de 2009, se propone que "el siRNA busca y dirige al RISC" hacia una secuencia perfectamente complementaria en las moléculas de ARNm. [ 25 ]
Se cree que la escisión de las moléculas de ARNm está catalizada por el dominio Piwi de las proteínas Argonaute del RISC; la molécula de ARNm se corta entonces con precisión escindiendo el enlace fosfodiéster entre los nucleótidos diana que están emparejados con los residuos 10 y 11 del siRNA, contando desde el extremo 5'. [ 26 ] Como señalan Orban e Izaurralde con respecto a un estudio posterior en células de Drosophila , "[s]iguiendo esta escisión endonucleolítica inicial, el ARNm se degrada [más]" por exonucleasas celulares ; muestran que en este sistema, los fragmentos 5' "se degradan rápidamente desde sus extremos 3' por los exosomas , mientras que los fragmentos 3' se degradan desde sus extremos 5' por XRN1 ", una exorribonucleasa 5'-3'. [ 27 ] La disociación de la cadena de ARNm objetivo del RISC después de la escisión permite que se silencie más ARNm; es probable que este proceso de disociación sea promovido por factores extrínsecos impulsados por la hidrólisis de ATP . [ 26 ]
En ocasiones, no se produce la escisión de la molécula de ARNm diana. En algunos casos, la escisión endonucleolítica del esqueleto fosfodiéster puede verse suprimida por desajustes entre el siRNA y el ARNm diana cerca del sitio de escisión. Otras veces, las proteínas Argonaute del RISC carecen de actividad endonucleasa incluso cuando el ARNm diana y el siRNA están perfectamente emparejados. [ 26 ] En tales casos, la expresión génica se silenciará mediante un mecanismo inducido por miRNA. [ 2 ] [ 25 ]

Los ARN que interactúan con Piwi (piRNA) son una clase de ARN pequeños no codificantes (ncRNA) descubierta recientemente, con una longitud de 21 a 35 nucleótidos. Desempeñan un papel en la regulación de la expresión génica, el silenciamiento de transposones y la inhibición de infecciones virales. Como afirman Monga y Banerjee en el resumen de su informe principal: «Considerados en su momento como "materia oscura" de los ncRNA, los piRNA emergieron como actores importantes en múltiples funciones celulares en diferentes organismos». [ 28 ] En particular, a partir de 2019 se caracterizaron como no siRNA y como responsables del silenciamiento de transposones. [ 29 ]
Silenciamiento génico transcripcional
Muchos organismos modelo, como plantas ( Arabidopsis thaliana ), levaduras ( Saccharomyces cerevisiae ), moscas ( Drosophila melanogaster ) y gusanos ( C. elegans ), se han utilizado para estudiar el silenciamiento génico transcripcional dirigido por ARN pequeños no codificantes. En células humanas, el silenciamiento génico transcripcional dirigido por ARN se observó hace una década cuando los siARN exógenos silenciaron un promotor transgénico del factor de elongación 1α que impulsaba un gen reportero de proteína fluorescente verde (GFP). [ 30 ] Los principales mecanismos del silenciamiento génico transcripcional (TGS) que involucran la maquinaria de ARN de interferencia (ARNi) incluyen la metilación del ADN, las modificaciones postraduccionales de las histonas y la posterior remodelación de la cromatina alrededor del gen diana en un estado heterocromático. [ 30 ]
complejos RITS
Los siRNA pueden incorporarse a un complejo de silenciamiento transcripcional inducido por ARN (RITS). Un complejo RITS activo desencadena la formación de heterocromatina alrededor del ADN que coincide con el siRNA, silenciando así los genes en esa región del ADN.
Aplicaciones
Una de las aplicaciones más potentes de los siRNA es su capacidad para distinguir la secuencia diana de la no diana mediante una diferencia de un solo nucleótido. Este enfoque se ha considerado crucial desde el punto de vista terapéutico para silenciar trastornos dominantes de ganancia de función (GOF), en los que el alelo mutante causante de la enfermedad difiere del alelo de tipo silvestre por un solo nucleótido (nt). Este tipo de siRNA, capaces de distinguir una diferencia de un solo nucleótido, se denominan siRNA alelo-específicos. [ 2 ]
ASP-RNAi es una categoría innovadora de RNAi con el objetivo de suprimir el alelo mutante dominante mientras se preserva la expresión del alelo normal correspondiente con la especificidad de diferencias de un solo nucleótido entre los dos. [ 2 ] Los ASP-siRNA son potencialmente una alternativa de remediación novedosa y mejor para el tratamiento de trastornos genéticos autosómicos dominantes, especialmente en casos donde la expresión del alelo de tipo salvaje es crucial para la supervivencia del organismo, como la enfermedad de Huntington (EH), la distonía DYT1 (Gonzalez-Alegre et al. 2003, 2005), la enfermedad de Alzheimer (Sierant et al. 2011), la enfermedad de Parkinson (EP) (Takahashi et al. 2015), la esclerosis lateral amiotrófica (ELA) (Schwarz et al. 2006) y la enfermedad de Machado-Joseph (Alves et al. 2008). También se ha evaluado su potencial terapéutico para diversos trastornos cutáneos como la epidermólisis bullosa simple (Atkinson et al. 2011), la queratodermia palmoplantar epidermolítica (EPPK) (Lyu et al. 2016) y la distrofia corneal reticular tipo I (LCDI) (Courtney et al. 2014). [ 2 ]
Desafíos
La RNAi se cruza con varias otras vías; en 2010, no era sorprendente que, en ocasiones, la introducción experimental de un siRNA desencadenara efectos inespecíficos. [ 31 ] [ 32 ] Cuando una célula de mamífero encuentra un ARN de doble cadena como un siRNA, puede confundirlo con un subproducto viral y generar una respuesta inmune. Además, debido a que los microARN estructuralmente relacionados modulan la expresión génica principalmente a través de interacciones de pares de bases de complementariedad incompleta con un ARNm diana , la introducción de un siRNA puede causar efectos fuera de objetivo no deseados. Las modificaciones químicas del siRNA pueden alterar las propiedades termodinámicas, lo que también resulta en una pérdida de especificidad de un solo nucleótido. [ 33 ]
Inmunidad innata
La introducción de demasiados siRNAs puede dar lugar a eventos inespecíficos debido a la activación de las respuestas inmunitarias innatas. [ 34 ] La mayoría de la evidencia hasta la fecha sugiere que esto probablemente se deba a la activación del sensor de dsRNA PKR, aunque el gen inducible por ácido retinoico I (RIG-I) también puede estar involucrado. [ 35 ] También se ha descrito la inducción de citocinas a través del receptor tipo Toll 7 (TLR7). La modificación química del siRNA se emplea para reducir la activación de la respuesta inmunitaria innata para la función génica y aplicaciones terapéuticas. Un método prometedor para reducir los efectos inespecíficos es convertir el siRNA en un microRNA. [ 36 ] Los microRNAs se producen de forma natural, y al aprovechar esta vía endógena debería ser posible lograr una supresión génica similar a concentraciones relativamente bajas de los siRNAs resultantes, para minimizar los efectos inespecíficos.
Desviación del objetivo
La acción fuera de objetivo es otro desafío para el uso de siRNAs como herramienta de silenciamiento génico. [ 32 ] En este caso, los genes con complementariedad incompleta se regulan negativamente de forma inadvertida por el siRNA (en efecto, el siRNA actúa como un miRNA), lo que genera problemas en la interpretación de datos y toxicidad potencial. Sin embargo, esto puede abordarse parcialmente diseñando experimentos de control apropiados, y actualmente se están desarrollando algoritmos de diseño de siRNA para producir siRNAs libres de acción fuera de objetivo. El análisis de expresión a nivel genómico, por ejemplo, mediante tecnología de microarrays, puede utilizarse para verificar esto y refinar aún más los algoritmos. Un artículo de 2006 del laboratorio de Anastasia Khvorova implica tramos de 6 o 7 pares de bases desde la posición 2 en adelante en el siRNA que coinciden con regiones 3'UTR en genes fuera de objetivo. [ 37 ] La herramienta de predicción de efectos fuera de objetivo del siRNA está disponible en http://crdd.osdd.net/servers/aspsirna/asptar.php y publicada como recurso ASPsiRNA. [ 2 ]
Respuestas inmunitarias adaptativas
Los ARN simples pueden ser inmunógenos débiles, pero se pueden crear fácilmente anticuerpos contra complejos de ARN-proteína. Este tipo de anticuerpos se observa en muchas enfermedades autoinmunes. Aún no se han reportado anticuerpos contra siRNA unidos a proteínas. Algunos métodos para la administración de siRNA incorporan polietilenglicol (PEG) al oligonucleótido, lo que reduce la excreción y mejora la vida media circulante. Sin embargo, Regado Biosciences tuvo que interrumpir un ensayo clínico de fase III a gran escala con un aptámero de ARN pegilado contra el factor IX debido a una reacción anafiláctica grave a la parte de PEG del ARN. Esta reacción provocó la muerte en algunos casos y genera importantes preocupaciones sobre la administración de siRNA cuando se utilizan oligonucleótidos pegilados. [ 38 ]
Saturación de la maquinaria de ARN de interferencia
La transfección de siRNAs en células generalmente reduce la expresión de muchos genes; sin embargo, también se observa la sobreexpresión de genes. Esta sobreexpresión génica puede explicarse parcialmente por los genes diana predichos de los miRNAs endógenos. Los análisis computacionales de más de 150 experimentos de transfección de siRNAs respaldan un modelo en el que los siRNAs exógenos pueden saturar la maquinaria de ARN de interferencia endógena, lo que resulta en la desrepresión de genes regulados por miRNAs endógenos. [ 39 ] Por lo tanto, si bien los siRNAs pueden producir efectos no deseados fuera de la diana, es decir, una regulación negativa no intencionada de los ARNm a través de una coincidencia parcial de secuencia entre el siRNA y la diana, la saturación de la maquinaria de ARN de interferencia es otro efecto inespecífico distinto, que implica la desrepresión de genes regulados por miRNAs y produce problemas similares en la interpretación de datos y una posible toxicidad. [ 40 ]
Modificación química

Los siRNA se han modificado químicamente para mejorar sus propiedades terapéuticas. El ARN de interferencia corto (siRNA) debe administrarse al sitio de acción en las células de los tejidos diana para que la RNAi cumpla su promesa terapéutica. Una base de datos detallada de todas estas modificaciones químicas se recopila manualmente como siRNAmod en la literatura científica. [ 41 ] La modificación química del siRNA también puede resultar inadvertidamente en la pérdida de la especificidad de un solo nucleótido. [ 42 ]
Aplicaciones terapéuticas
Dada la capacidad de silenciar, en esencia, cualquier gen de interés, el ARN de interferencia (ARNi) mediante ARNi ha generado un gran interés tanto en la biología básica [ 43 ] como en la aplicada. [ 44 ]
Uno de los mayores desafíos para las terapias basadas en siRNA y RNAi es la administración intracelular. [ 45 ] El siRNA también tiene una estabilidad y un comportamiento farmacocinético débiles . [ 46 ] La administración de siRNA a través de nanopartículas ha mostrado resultados prometedores. [ 45 ] Los oligos de siRNA in vivo son vulnerables a la degradación por endonucleasas y exonucleasas plasmáticas y tisulares [ 47 ] y han mostrado solo una eficacia leve en sitios de administración localizados, como el ojo humano. [ 48 ] La administración de ADN puro a organismos objetivo es un desafío porque su gran tamaño y estructura impiden que se difunda fácilmente a través de las membranas . [ 45 ] Los oligos de siRNA evitan este problema debido a su pequeño tamaño de 21 a 23 nucleótidos. [ 49 ] Esto permite la administración a través de vehículos de administración a nanoescala llamados nanovectores. [ 48 ]
Un buen nanovector para la administración de siRNA debe proteger el siRNA de la degradación, enriquecerlo en el órgano diana y facilitar su captación celular. [ 47 ] Los tres grupos principales de nanovectores de siRNA son: basados en lípidos, orgánicos no lipídicos e inorgánicos. [ 47 ] Los nanovectores basados en lípidos son excelentes para administrar siRNA a tumores sólidos, [ 47 ] pero otros tipos de cáncer pueden requerir diferentes nanovectores orgánicos no lipídicos, como nanopartículas basadas en ciclodextrinas . [ 47 ] [ 50 ]
Se ha demostrado que los siRNA administrados mediante nanopartículas lipídicas tienen potencial terapéutico para los trastornos del sistema nervioso central ( SNC) . [ 51 ] Los trastornos del sistema nervioso central no son infrecuentes, pero la barrera hematoencefálica (BHE) a menudo bloquea el acceso de posibles terapias al cerebro . [ 51 ] Se ha demostrado que los siRNA que se dirigen a las proteínas de eflujo en la superficie de la BHE y las silencian provocan un aumento en la permeabilidad de la BHE. [ 51 ] El siRNA administrado mediante nanopartículas lipídicas puede atravesar la BHE por completo. [ 51 ]
Una gran dificultad en la administración de siRNA es el problema de la acción fuera de objetivo. [ 45 ] [ 48 ] Dado que los genes se leen en ambas direcciones, existe la posibilidad de que, incluso si la cadena de siRNA antisentido prevista se lee y desactiva el ARNm objetivo, la cadena de siRNA sentido pueda dirigirse a otra proteína involucrada en otra función. [ 52 ]
Los resultados de la fase I de los dos primeros ensayos terapéuticos de ARN de interferencia (indicados para la degeneración macular relacionada con la edad , también conocida como DMAE) informaron a finales de 2005 que los ARNi son bien tolerados y tienen propiedades farmacocinéticas adecuadas. [ 53 ]
En un ensayo clínico de fase 1, se administró ARN de interferencia (ARNi) mediante nanopartículas lipídicas a 41 pacientes con cáncer avanzado metastásico en el hígado . El ARNi se dirigió a dos genes que codifican proteínas clave en el crecimiento de las células cancerosas: el factor de crecimiento endotelial vascular ( VEGF ) y la proteína del huso mitótico kinesina ( KSP ). Los resultados mostraron beneficios clínicos, con estabilización del cáncer tras seis meses o regresión de la metástasis en algunos pacientes. El análisis farmacodinámico de muestras de biopsia de los pacientes reveló la presencia de los constructos de ARNi en las muestras, lo que demuestra que las moléculas alcanzaron el objetivo previsto. [ 54 ] [ 55 ]
Los ensayos de prueba de concepto han indicado que los siRNA dirigidos al Ébola pueden ser eficaces como profilaxis posterior a la exposición en humanos, con un 100 % de primates no humanos que sobrevivieron a una dosis letal del virus del Ébola de Zaire, la cepa más letal. [ 56 ]
Categorización jurídica y cuestiones legales en un futuro próximo.
Actualmente, los siRNA se sintetizan químicamente y, por lo tanto, en la UE y EE. UU. se clasifican legalmente como medicamentos simples. Sin embargo, dado que los siRNA bioingenierizados (BERA) están en desarrollo, se clasificarían como medicamentos biológicos, al menos en la UE. El desarrollo de la tecnología BERA plantea la cuestión de la clasificación de fármacos con el mismo mecanismo de acción, pero producidos química o biológicamente. Esta falta de coherencia debe abordarse. [ 57 ]
Administración intracelular
Existe un gran potencial para que la interferencia de ARN (ARNi) se utilice terapéuticamente para silenciar reversiblemente cualquier gen. Para que la ARNi alcance su potencial terapéutico, el ARN de interferencia pequeño (siRNA) debe administrarse al sitio de acción en las células de los tejidos diana. Pero encontrar mecanismos de administración seguros y eficientes es un obstáculo importante para lograr todo el potencial de las terapias basadas en siRNA. El siRNA no modificado es inestable en el torrente sanguíneo, tiene el potencial de causar inmunogenicidad y tiene dificultades para navegar fácilmente a través de las membranas celulares. [ 58 ] Como resultado, se necesitan alteraciones químicas y/o herramientas de administración para transferir de forma segura el siRNA a su sitio de acción. [ 58 ] Hay tres técnicas principales de administración para el siRNA que difieren en eficiencia y toxicidad.
Transfección
En esta técnica, primero se debe diseñar el siRNA contra el gen diana. Una vez configurado el siRNA contra el gen, debe administrarse eficazmente mediante un protocolo de transfección. La administración se realiza generalmente mediante liposomas catiónicos , nanopartículas poliméricas y conjugación lipídica. [ 59 ] Este método es ventajoso porque puede administrar siRNA a la mayoría de los tipos de células, tiene alta eficiencia y reproducibilidad, y se ofrece comercialmente. Los reactivos comerciales más comunes para la transfección de siRNA son Lipofectamine y Neon Transfection. Sin embargo, no es compatible con todos los tipos de células y tiene baja eficiencia in vivo. [ 60 ] [ 61 ]
Electroporación
Los pulsos eléctricos también se utilizan para introducir siRNA intracelularmente en las células. La membrana celular está compuesta de fosfolípidos, lo que la hace susceptible a un campo eléctrico. Al generar pulsos eléctricos rápidos pero potentes, las moléculas lipídicas se reorientan, experimentando transiciones de fase térmicas debido al calentamiento. Esto da lugar a poros hidrofílicos y perturbaciones localizadas en la bicapa lipídica de la membrana celular, así como a una pérdida temporal de semipermeabilidad . Esto permite la salida de sustancias intracelulares (iones, metabolitos, etc.), así como la captación de fármacos, sondas moleculares y ácidos nucleicos.
Para células difíciles de transfectar , la electroporación resulta ventajosa; sin embargo, con esta técnica es más probable que se produzca la muerte celular. El método se ha utilizado para administrar siRNA dirigido contra VEGF en tumores xenoinjertados en ratones desnudos, lo que resultó en una supresión significativa del crecimiento tumoral. [ 62 ]
Entrega mediada por virus
Los efectos de silenciamiento génico del siRNA diseñado y transfectado son generalmente transitorios, pero esta dificultad puede superarse mediante un enfoque de ARN de interferencia (ARNi). La administración de este siRNA a partir de plantillas de ADN puede realizarse mediante varios vectores virales recombinantes basados en retrovirus, virus adenoasociados, adenovirus y lentivirus . [ 63 ] En el trabajo de investigación primaria de 2006, este último virus era el más eficiente para la administración estable de siRNA a las células diana, ya que podía utilizarse para transducir células que no se dividen, así como para dirigirse directamente al núcleo. [ 64 ] Estos vectores virales específicos se han sintetizado para facilitar eficazmente el siRNA que no es viable para la transfección en células.
En algunos casos, los vectores virales sintéticos pueden integrar siRNA en el genoma celular, lo que permite la expresión estable de siRNA y la supresión génica a largo plazo. Esta técnica es ventajosa porque es un método in vivo y puede ser eficaz para células difíciles de transfectar. Sin embargo, surgen problemas porque puede desencadenar respuestas antivirales en algunos tipos celulares, lo que conlleva efectos mutagénicos e inmunogénicos.
Se ha demostrado que este método tiene potencial para su uso en el silenciamiento génico de los genes del sistema nervioso central, por ejemplo, en el tratamiento de la enfermedad de Huntington . [ 65 ]
Terapias
Una década después del descubrimiento del mecanismo de ARN de interferencia (ARNi) en 1998, el sector farmacéutico invirtió fuertemente en la investigación y el desarrollo de la terapia con ARNi. Esta terapia presenta varias ventajas sobre las moléculas pequeñas y los anticuerpos. Puede administrarse trimestralmente o cada seis meses. Otra ventaja es que, a diferencia de las moléculas pequeñas y los anticuerpos monoclonales que necesitan reconocer una conformación proteica específica, el ARNi funciona mediante el apareamiento de bases de Watson-Crick con el ARNm. Por lo tanto, cualquier molécula diana que necesite ser tratada con alta afinidad y especificidad puede seleccionarse si se dispone de la secuencia de nucleótidos correcta. [ 46 ] Uno de los mayores desafíos que los investigadores tuvieron que superar fue la identificación y el establecimiento de un sistema de administración a través del cual las terapias ingresaran al cuerpo. Otro desafío fue que el sistema inmunitario a menudo confunde las terapias de ARNi con restos de agentes infecciosos, lo que puede desencadenar una respuesta inmunitaria. [ 4 ] Los modelos animales no representaban con precisión el grado de respuesta inmunitaria observado en humanos y, a pesar de la promesa del tratamiento, los inversores se desvincularon del ARNi. [ 4 ]
Sin embargo, algunas compañías continuaron con el desarrollo de la terapia de ARN de interferencia (ARNi) para humanos. Alnylam Pharmaceuticals , Sirna Therapeutics y Dicerna Pharmaceuticals son algunas de las compañías que aún trabajan para llevar las terapias de ARNi al mercado. Se descubrió que casi todas las terapias de ARNi administradas en el torrente sanguíneo se acumulaban en el hígado. Por eso, la mayoría de los primeros objetivos farmacológicos eran enfermedades que afectaban al hígado. El trabajo de desarrollo repetido también arrojó luz sobre la mejora de la composición química de la molécula de ARN para reducir la respuesta inmune, causando posteriormente pocos o ningún efecto secundario. [ 66 ] A continuación se enumeran algunas de las terapias aprobadas o en desarrollo.
Productos farmacéuticos Alnylam
En 2018, Alnylam Pharmaceuticals se convirtió en la primera empresa en obtener la aprobación de la FDA para una terapia con ARNip . Onpattro (patisiran) fue aprobado para el tratamiento de la polineuropatía asociada a la amiloidosis hereditaria por transtiretina (hATTR) en adultos. La hATTR es una enfermedad rara y progresivamente debilitante. Durante la amiloidosis hATTR, la proteína transtiretina (TTR) mal plegada se deposita en el espacio extracelular. En condiciones normales de plegamiento, los tetrámeros de TTR están formados por cuatro monómeros. La amiloidosis hereditaria por ATTR se debe a una mutación en el gen de la transtiretina (TTR), que es hereditario. Un solo aminoácido altera las proteínas tetraméricas de transtiretina, dando lugar a una proteína tetramérica inestable que se agrega en monómeros y forma depósitos amiloides extracelulares insolubles. La acumulación de amiloide en diversos sistemas orgánicos causa cardiomiopatía, polineuropatía y disfunción gastrointestinal. Afecta a 50 000 personas en todo el mundo. Para administrar el fármaco directamente al hígado, el siRNA se encapsula en una nanopartícula lipídica. La molécula de siRNA detiene la producción de proteínas amiloides al interferir con la producción de ARN de las proteínas TTR anormales. Esto previene la acumulación de estas proteínas en diferentes órganos del cuerpo y ayuda a los pacientes a controlar esta enfermedad. [ 67 ] [ 68 ]
Tradicionalmente, el trasplante de hígado ha sido el tratamiento estándar para la amiloidosis hereditaria por transtiretina; sin embargo, su eficacia puede verse limitada por la deposición persistente de amiloide de transtiretina de tipo salvaje después del trasplante. También existen medicamentos de molécula pequeña que proporcionan un alivio temporal. Antes del lanzamiento de Onpattro, las opciones de tratamiento para la hATTR eran limitadas. Tras la aprobación de Onpattro, la FDA otorgó a Alnylam la designación de Terapia Innovadora, que se concede a fármacos destinados a tratar una afección grave y que representan una mejora sustancial con respecto a cualquier terapia disponible. También recibió la designación de Medicamento Huérfano, otorgada a aquellos tratamientos destinados a tratar de forma segura afecciones que afectan a menos de 200 000 personas. [ 69 ]
Junto con Onpattro, también se ha desarrollado otro fármaco terapéutico de interferencia de ARN, patisiran, que tiene la propiedad de inhibir la síntesis hepática de transtiretina. Como resultado, el ARN mensajero (ARNm) diana es escindido por pequeños ARN de interferencia acoplados al complejo de silenciamiento inducido por ARN . Patisiran, un fármaco terapéutico de ARNi, utiliza este proceso para disminuir la producción de transtiretina mutante y de tipo silvestre mediante la escisión de la región 3' no traducida del ARNm de transtiretina. [ 70 ]
En 2019, la FDA aprobó la segunda terapia de ARN de interferencia (ARNi), Givlaari (givosiran), utilizada para tratar la porfiria hepática aguda (PHA). Esta enfermedad se produce por la acumulación de moléculas tóxicas de porfobilinógeno (PBG), que se forman durante la producción de hemo. Dichas moléculas se acumulan en diferentes órganos, lo que puede provocar los síntomas o brotes de la PHA.
Givlaari es un fármaco de ARNip que reduce la expresión de la aminolevulinato sintasa 1 (ALAS1), una enzima hepática implicada en una etapa temprana de la producción de hemo. La reducción de la expresión de ALAS1 disminuye los niveles de intermediarios neurotóxicos que causan los síntomas de la AHP. [ 46 ]
Años de investigación han permitido comprender mejor las terapias con ARNip, más allá de las que afectan al hígado. En 2019, Alnylam Pharmaceuticals participaba en terapias que podrían tratar la amiloidosis y trastornos del SNC como la enfermedad de Huntington y la enfermedad de Alzheimer . [ 4 ] También se han asociado con Regeneron Pharmaceuticals para desarrollar terapias para enfermedades del SNC, oculares y hepáticas.
En 2020, Onpattro y Givlaari estaban disponibles para su comercialización, y dos siRNAs, lumasiran (ALN-GO1) e inclisiran , se presentaron ante la FDA para su aprobación como nuevos fármacos. Varios siRNAs se encuentran en fase 3 de ensayos clínicos, y otros candidatos están en las primeras etapas de desarrollo. [ 46 ] En 2020, Alnylam y Vir Pharmaceuticals anunciaron una colaboración y comenzaron a trabajar en una terapia de ARN de interferencia (ARNi) para tratar casos graves de COVID-19. [ 71 ]
Otras compañías que han tenido éxito en el desarrollo de una cartera de terapias de ARNip incluyen Dicerna Pharmaceuticals, asociada con Eli Lilly and Company , y Arrowhead Pharmaceuticals , asociada con Johnson & Johnson . Varias otras grandes compañías farmacéuticas, como Amgen y AstraZeneca , también han invertido fuertemente en terapias de ARNip, viendo un éxito potencial en este campo de los fármacos biológicos. [ 72 ]
Lecturas adicionales
Las siguientes fuentes son, en su mayoría, fuentes secundarias recientes, que se ofrecen como contenido adicional fiable para respaldar este artículo.
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Véase también
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Enlaces externos
- ARN
- ARN de interferencia pequeño
- Biología molecular
- ARN no codificante