Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Perfil de metilación espacial del ADN

Ilustración que demuestra la heterogeneidad celular en los tejidos debido a diferencias en la metilación del ADN que impactan la expresión génica, el estado celular y el fenotip...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita
Ilustración que demuestra la heterogeneidad celular en los tejidos debido a diferencias en la metilación del ADN que impactan la expresión génica, el estado celular y el fenotipo, para demostrar la importancia de capturar el contexto espacial de la metilación del ADN. La sección de tejido de la izquierda se representa como grupos de perfiles de metilación a la derecha, que capturan el contexto espacial de las diferencias de metilación del ADN para genes seleccionados. [ 1 ] Cada perfil de metilación corresponde a un fenotipo celular particular, donde los grupos rosas exhiben hipometilación, lo que conduce a una transcripción altamente activa de genes específicos para promover la proliferación; los grupos beige representan niveles moderados de metilación, lo que conduce a la diferenciación celular ; y los grupos púrpura representan un estado celular senescente causado por la hipermetilación de regiones específicas que conduce a la represión transcripcional. [ 2 ] El impacto de la metilación en el fenotipo celular es específico del contexto en todo el genoma, lo que conduce a patrones únicos en la expresión génica general que influyen en la función celular. [ 2 ] Creado en https://BioRender.com

El perfilado espacial de metilación del ADN se refiere a tecnologías que combinan mediciones de metilación del ADN con información espacial de las células . Estas tecnologías experimentales se utilizan para comprender mejor estos patrones distintivos y cómo pueden influir en la regulación génica en células individuales, desde la visualización del patrón general de marcas de metilación específicas dentro de los tejidos hasta la identificación de la ubicación de estas marcas tanto en el genoma como dentro de un tejido. La metilación del ADN es uno de los principales factores epigenéticos que influyen en la expresión genética . Los ensayos tradicionales de metilación en masa y los más recientes ensayos de metilación de células individuales miden los niveles de metilación, pero pierden información importante sobre la ubicación de las células, lo que limita el análisis de las influencias externas sobre ellas.

Al incorporar información espacial, los investigadores pueden utilizar el perfilado espacial de metilación del ADN para investigar la influencia de la regulación epigenética en diversos entornos tisulares y cómo varía entre ellos. Los métodos clave incluyen enfoques basados ​​en imágenes, como la tinción con anticuerpos de las marcas de metilación seguida de la visualización mediante microscopía , y métodos basados ​​en secuenciación, como la asignación de códigos de barras únicos al ADN o la disección de tejidos seguida de enfoques tradicionales de secuenciación de metilación. [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ]

Estas tecnologías aún están en desarrollo y en fase de prueba, y aunque estos métodos varían en resolución, interpretación y rendimiento, prometen permitir una comprensión más completa de la biología de los tejidos y su influencia en el desarrollo y las enfermedades .

Fondo

metilación del ADN

La metilación del ADN es una modificación química directa de la molécula de ADN que influye en mecanismos como la diferenciación celular y la regulación génica . [ 5 ] La cantidad de metilación del ADN dentro del genoma varía para mediar procesos específicos de las células, lo que significa que la expresión génica difiere dentro y entre tejidos, a pesar de tener la misma secuencia de ADN . [ 5 ] La metilación del ADN es catalizada por una familia de proteínas llamadas ADN metiltransferasas , que funcionan transfiriendo un grupo metilo de una S-adenilmetionina al quinto carbono de una citosina para formar una 5-metilcitosina (5mC). [ 5 ] La metilación del ADN representa solo ~1% de los ácidos nucleicos en el genoma humano , y la mayoría ocurre en citosinas que preceden a una guanina, creando un sitio CpG . [ 6 ] La metilación se encuentra más en regiones intergénicas para silenciar elementos transponibles y virales que se han insertado en el genoma humano con el tiempo. [ 6 ] Las islas CpG están asociadas con promotores y factores de transcripción , donde la metilación puede causar un silenciamiento estable de la expresión génica. [ 6 ] La metilación del ADN del cuerpo del gen actúa de manera diferente, estando asociada con la transcripción activa, no con el silenciamiento. [ 7 ] Funcionalmente, la metilación del ADN juega un papel en: [ 6 ]

Ensayos tempranos de metilación del ADN

La metilación del ADN se descubrió en mamíferos casi tan pronto como se identificó el ADN, cuando Rolin Hotchkiss descubrió la citosina modificada o 5-metilcitosina (5mC). [ 5 ] Pero, Johnson y Coghill informaron sobre la 5mC en bacterias en 1925. [ 8 ] Se demostró que la 5mC se encontraba en una variedad de especies y tipos de células en la década de 1970, y estudios posteriores mostraron que se retrasaba con respecto a la replicación del ADN en 1971. [ 9 ] [ 10 ] Los ensayos iniciales utilizaron enzimas de restricción para ver dónde ocurría la metilación del ADN y si ocurría algún cambio. [ 8 ] Los primeros ensayos de metilación del ADN no mostraron con qué estaba asociada la metilación, pero entendieron que estaba asociada con un cambio en la identidad celular. [ 8 ] Una vez que se entendió que tenía una función en las bacterias , se utilizaron otros tipos de ensayos para explorar el contenido de metilación utilizando espectrometría de masas . [ 11 ] La culminación de estos ensayos y estudios sobre la metilación del ADN concluyó que la 5mC desempeña un papel en la expresión génica. En la década de 1990, se inventó la secuenciación con bisulfito , que permitió detectar bases en los ácidos nucleicos , lo que llevó a la creación de microarrays en la década de 2000 para realizar estudios a gran escala y de alto rendimiento de sitios CpG específicos. [ 12 ]

Secuenciación masiva de metilación de ADN

La secuenciación masiva de metilación del ADN es similar a la secuenciación masiva de células individuales , ya que toma un promedio de las mediciones. En este caso, las mediciones corresponden al nivel de 5mC en una población de células, mostrando promedios de metilación para comprender la regulación epigenética actual y la expresión génica en un tejido específico. Por lo general, el análisis masivo de metilación del ADN utiliza tecnologías de conversión con bisulfito o secuenciación de nanoporos para medir la metilación. [ 13 ] Algunos de estos análisis se han utilizado para identificar patrones de metilación anormales asociados con el cáncer . [ 13 ]

Secuenciación de metilación de células individuales

En los últimos años, muchos campos han comenzado a utilizar tecnologías de célula única, desde la secuenciación de célula única hasta ATAC-seq de célula única . Tras este auge tecnológico, se han producido estudios de metilación de célula única; algunos de ellos son Q-RRBS, snmC-seq y scMspJI. [ 14 ] Estos kits y ensayos no son tan potentes (es decir, rápidos, rentables y simultáneos) como la metilación de ADN masiva u otros análisis de metilación estándar; sin embargo, han comenzado a utilizarse para analizar y perfilar células raras y estados patológicos, para capturar las diferencias subyacentes en tipos de células más raras que se pierden en los análisis masivos que promedian la metilación en una población de células. [ 14 ] [ 15 ]

Principios científicos

Preservación de la información espacial en los análisis

Los tejidos se organizan en microambientes estructurados dentro del cuerpo. Estos se componen de diversos tipos de células , componentes extracelulares y gradientes de señalización. Ciertos elementos de información espacial influyen en la metilación del ADN, como el linaje celular , la exposición ambiental , las interacciones célula-célula y los microambientes de la enfermedad . [ 1 ] Los ensayos convencionales no pueden determinar cómo las diferencias epigenéticas se ven influenciadas por la ubicación física, que se ha relacionado con diferencias en la gravedad de la enfermedad. [ 16 ] Preservar la información espacial permite un mejor análisis de los estados de metilación y permite vincular los estados físicos con los estados de metilación. [ 17 ]

Relevancia de la metilación espacial del ADN

La identificación de diferencias espaciales en la metilación del ADN captura la biología subyacente y la diversidad de patrones de metilación observados en el genoma. Por ejemplo, los tumores exhiben patrones diferentes en comparación con las células sanas, como islas CpG que exhiben hipermetilación , con diferencias entre tumores también identificadas a nivel del genoma y dentro del mismo origen. [ 2 ] [ 18 ] Además, las células senescentes tienen una metilación desorganizada en comparación con las células normales, los factores ambientales causan cambios en la metilación del ADN, y los diferentes tipos de células exhiben patrones de metilación complejos. [ 2 ] [ 19 ] La heterogeneidad de la metilación del ADN celular ocurre para regular la expresión génica para la conservación de fenotipos y morfología específicos de la célula . [ 5 ] La hipermetilación y la hipometilación causan supresión y activación génica, respectivamente. [ 5 ] Esto puede descubrir patrones celulares únicos que los datos genéticos por sí solos no pueden proporcionar, como en el sarcoma de Ewing , donde los pacientes exhiben mutaciones similares en su genoma, pero las diferencias de metilación influyeron en la expresión génica en células específicas e influyeron en la gravedad de la enfermedad. [ 20 ]

Avances tecnológicos para preservar la información espacial

Han surgido tecnologías de secuenciación que buscan capturar la biología subyacente de la célula y su interacción con su entorno. Por ejemplo, la secuenciación masiva captura propiedades a nivel tisular y las tecnologías de secuenciación de células individuales mejoran la resolución, abordando la principal limitación de la secuenciación masiva, que promedia los datos a su tejido de origen. [ 21 ] Si bien las tecnologías de células individuales pueden mejorar la comprensión científica de los tipos celulares y los tejidos, no se puede inferir el contexto espacial en el que residen estas células, lo que llevó al desarrollo de tecnologías espaciales que incorporan imágenes de tejidos, códigos de barras de ADN y secuenciación. [ 21 ]

La transcriptómica espacial , la epigenómica espacial y la proteómica espacial son ejemplos destacados de tecnologías espaciales que han proporcionado información novedosa sobre la expresión, la epigenética y las diferencias proteicas dentro de los tejidos, respectivamente. [ 21 ] Estas funcionan mediante la codificación de la molécula de interés que se va a secuenciar para poder identificar su ubicación original en el tejido, o mediante la obtención de imágenes de los tejidos con sondas unidas a moléculas específicas. [ 22 ] [ 23 ]

Métodos

Métodos basados ​​en secuenciación

Flujo de trabajo de química de DMT espacial: Creado en https://www.biorender.com/ . DMT espacial es una técnica para mapear marcas de metilación de ADN a secciones espaciales. Aquí, diagramamos el flujo de trabajo químico de la técnica como se describe en Lee et al. 2025. (1) Las muestras de tejido se fijan y permeabilizan para un mejor acceso al ADN y para el mapeo espacial. Las muestras de tejido se tratan con HCl para eliminar las histonas para una mejor accesibilidad de la cromatina por Tn5. (2) Tn5, una transposasa, integrará adaptadores de secuenciación en el ADN genómico o en el ADNc que ha sido retrotranscrito por transcripción inversa in situ. (3) Las muestras de ADNg o ADNc se ligan a lo largo de la secuencia para codificar sus coordenadas espaciales en un sistema microfluídico. (4) Las muestras de cDNA y gDNA se separan mediante perlas de estreptavidina y se procesan mediante cambio de plantilla (cDNA) o conversión NEBNext EM-seq (gDNA) para preparar la construcción de la biblioteca y la detección de 5mC. (5) Las bibliotecas se envían para su secuenciación y se analizan los datos.

Perfilado espacial conjunto del metiloma y el transcriptoma del ADN.

El perfilado espacial conjunto del metiloma y el transcriptoma del ADN , o DMT espacial, es un protocolo desarrollado recientemente por el laboratorio Deng de la Universidad de Pensilvania para secuenciar simultáneamente la metilación y la expresión del ADN en tejidos . [ 1 ] Este es el primero en capturar la metilación espacial del ADN con alta resolución, similar a otras tecnologías de secuenciación espacial. [ 1 ] La motivación para este protocolo surgió de la falta de tecnologías de secuenciación que midan específicamente los patrones de metilación espacial del ADN. [ 1 ] Además, se utiliza para investigar la transcripción y la metilación conjuntamente para comprender la relación entre ellas que no puede capturarse con precisión con otras tecnologías. [ 1 ]

En resumen, el protocolo comienza con la fijación del tejido y la ligación del adaptador al ADN genómico (ADNg) mediante el transposoma Tn5, así como la generación simultánea de una biblioteca de ADNc a partir de ARNm. [ 1 ] A continuación, se añaden códigos de barras espaciales al ADNc y al ADNg para capturar la ubicación de estas moléculas mediante codificación de barras in situ microfluídica; posteriormente, los dos tipos de ADN se separan para secuenciar individualmente el metiloma y el transcriptoma. [ 1 ]

Para el perfilado del metiloma, eligieron la secuenciación enzimática de metilación (metil-seq) , que implica un paso de preparación que utiliza la enzima metilcitosina dioxigenasa 2 de translocación diez-once (TET2) para preservar las citosinas metiladas. [ 1 ] [ 24 ] Posteriormente, añaden un adaptador de PCR a estos fragmentos de ADN genómico para crear el producto final para la secuenciación. [ 1 ] Este fragmento contiene la información que se puede secuenciar y analizar para descubrir diferencias de metilación específicas de tejido junto con los niveles de expresión de ARN en las mismas coordenadas. [ 1 ]

Este protocolo se ha utilizado para la investigación de patrones de metilación espacial del ADN en todo el genoma, junto con el transcriptoma, con éxito y alta resolución. [ 1 ] Sin embargo, no puede utilizarse para identificar diferentes tipos de marcas de metilación, lo que pone de manifiesto la necesidad de avanzar en esta tecnología para mejorar su especificidad. [ 1 ]

Microdisección por captura láser y perfilado de metilación del ADN

La microdisección por captura láser (LCM) seguida del perfilado de metilación del ADN se ha utilizado en diversos contextos. [ 3 ] Esto implica la selección de una región de interés dentro del tejido, la extracción de ADN, la conversión de citosinas no metiladas a uracilo mediante conversión con bisulfito y la investigación de una región específica mediante amplificación por PCR o secuenciación de nueva generación . [ 3 ]

La microdisección por captura láser con secuenciación de bisulfito de representación reducida (LCM-RRBS) es un ejemplo de un método para capturar patrones espaciales de metilación del ADN, desarrollado por el laboratorio Mitra en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington . [ 25 ] Esta técnica implica la extracción de tejido de regiones específicas dentro de una muestra de tejido fijada mediante LCM. [ 25 ] A continuación, se añaden adaptadores al ADN tras la extracción y preparación, y los fragmentos de ADN se someten a conversión con bisulfito para capturar los patrones de metilación. [ 25 ] Por último, se añaden códigos de barras a la muestra para rastrear la región de donde se obtuvo. [ 25 ] Aunque este método proporciona cierto contexto espacial para resolver diferencias entre tejidos, la resolución es baja, ya que los patrones adquiridos están limitados al tamaño de la muestra obtenida mediante LCM. [ 25 ]

Métodos basados ​​en imágenes

Inmunotinción de marcas de metilación

La unión de anticuerpos a 5mC fue uno de los primeros ensayos de marcadores de metilación del ADN que se pudo utilizar para detectar diferencias de metilación del ADN entre células y tejidos. [ 26 ] Este método implica inmunotinción utilizando el anticuerpo para dirigirse a las marcas de 5mC en una sección de tejido, imágenes de fluorescencia y medición de la intensidad de la señal para determinar la localización de 5mC. [ 27 ] Otros trabajos también han utilizado anticuerpos dirigidos a otras marcas de metilación del ADN, como 5-formilcitosina y 5-carboxilcitosina, para identificar diferencias de metilación a nivel de tejido y célula. [ 28 ] Este enfoque proporciona una representación visual de la abundancia de metilación del ADN para los marcadores de interés; sin embargo, no es completamente cuantitativo y no se puede utilizar para identificar la secuencia de ADN de la que provienen las marcas de metilación. [ 29 ]

Hibridación in situ con fluorescencia específica para metilación

La hibridación in situ con fluorescencia específica para metilación (MeFISH) es una técnica que también se dirige a marcas de metilación como 5mC y 5-hidroximetilcitosina (5hmC), pero en este caso se utiliza para detectar la metilación en repeticiones de ADN satélite . [ 4 ] Se unen marcadores fluorescentes a sondas de complejos intercatenarios formados por osmio y ácidos nucleicos ("ICON") que se unen a las marcas de metilación 5mC o 5hmC mediante hibridación in situ , y se visualizan mediante microscopía para identificar estos sitios en los tejidos. [ 4 ] [ 30 ] Esto es similar a la inmunotinción de marcas de metilación en que utiliza fluorescencia para detectar marcas de metilación; sin embargo, también puede proporcionar información sobre la secuencia en sí, ya que se dirige específicamente a repeticiones de ADN satélite. [ 4 ] MeFISH no se puede utilizar para detectar otros sitios, se basa únicamente en la fluorescencia y su accesibilidad puede ser limitada. [ 4 ]

Perfilado epigenómico espacial

El perfilado espacial de metilación del ADN aún está en sus inicios, y las técnicas descritas anteriormente ofrecen una visión del comienzo de un nuevo campo para comprender la regulación génica. [ 1 ] Sin embargo, existen otras tecnologías para abordar numerosas otras marcas epigenéticas de interés. Por ejemplo, CUT&Tag espacial y MERFISH epigenómico son técnicas utilizadas para perfilar las modificaciones de histonas capturando el contexto espacial y celular en el que se encuentran dichas modificaciones. [ 31 ] [ 32 ] ATAC-seq espacial se utiliza para determinar la accesibilidad de la cromatina en el genoma preservando el contexto espacial. [ 23 ]

Características y propiedades

Resolución

En este contexto, la resolución se refiere a la capacidad de distinguir los patrones de metilación del ADN y su contexto espacial. Los métodos basados ​​en imágenes son de baja resolución, ya que el marcaje fluorescente de las marcas de metilación puede ayudar a identificar patrones generales de metilación, pero no puede proporcionar resolución a nivel de pares de bases . [ 4 ] [ 29 ] Los métodos basados ​​en secuenciación se aproximan a este nivel de resolución, proporcionando información sobre la distribución de estas marcas de metilación a nivel de base individual y también pueden alcanzar el nivel de célula individual. [ 1 ] [ 3 ] [ 29 ]

Contexto espacial

Las técnicas de perfilado espacial de metilación del ADN proporcionan la preservación del contexto espacial de diferentes maneras. Algunas técnicas identifican la ubicación mediante códigos de barras que asignan coordenadas o etiquetas a las moléculas de ADN para mapear la ubicación hasta el tejido original, mientras que otras permiten a los investigadores visualizar directamente el contexto espacial exacto. [ 1 ] [ 4 ] [ 25 ]

Tipo de marcas de metilación detectadas

El perfil de metilación espacial del ADN se centra principalmente en identificar 5mC y 5hmC en el genoma; sin embargo, la capacidad de diferenciarlos depende de los métodos utilizados, ya que algunas técnicas lo hacen, como la tinción de marcas de metilación, y otras no, como la DMT espacial. [ 1 ] [ 4 ] [ 26 ] La tinción de marcas de metilación ofrece flexibilidad adicional, mediante el uso de anticuerpos que se dirigen a la 5-formilcitosina y la 5-carboxilcitosina. [ 28 ] La evaluación con estas marcas también permite identificar subpoblaciones de células, así como regiones parcialmente metiladas que pueden contener información significativa. [ 30 ] Las marcas de metilación también se pueden mapear a lo largo del tiempo, lo que permite a los investigadores comprender mejor los procesos de desarrollo. [ 1 ]

Rendimiento

A medida que las técnicas de perfilado espacial de metilación del ADN se han desarrollado con el tiempo gracias a la introducción de las tecnologías de secuenciación, esto ha llevado a un mayor rendimiento, mejorando la comprensión de los patrones de metilación del ADN con mayores cantidades de datos obtenidos. [ 1 ] [ 25 ] También existe una creciente complejidad con respecto al análisis e interpretación de datos, en comparación con los métodos basados ​​en imágenes que se centran en los patrones generales de metilación, lo que facilita su interpretación. [ 1 ] [ 4 ] [ 29 ]

Aplicaciones y limitaciones

biología del desarrollo

La DMT espacial se ha aplicado a embriones de ratón para mapear patrones de metilación específicos de tejido en el desarrollo temprano. [ 1 ] Dirigirse a los embriones durante el desarrollo permite rastrear modificaciones epigenéticas específicas de linaje y comprender la coordinación de la metilación y la transcripción. [ 1 ] Además, los investigadores pueden observar cómo las modificaciones epigenéticas pueden influir en la organogénesis. [ 33 ]

Biología del cáncer

Los tumores exhiben patrones de metilación cambiantes en diferentes contextos espaciales. [ 34 ]

Modelado de enfermedades y envejecimiento

La inmunotinción con 5mC se ha utilizado para observar los cambios en los estados de metilación durante el desarrollo embrionario y la senescencia celular . [ 35 ] Los enfoques espaciales pueden ayudar a añadir información para distinguir entre las modificaciones epigenéticas localizadas que causan alteraciones asociadas con el envejecimiento y la enfermedad. [ 36 ]

Limitaciones

A pesar de los rápidos avances y las promesas que ofrece el campo, aún persisten varias limitaciones: [ 37 ]

  • Compromisos entre resolución y cobertura del genoma
  • Capacidad limitada para detectar diversos cambios de metilación.
  • Alto costo
  • Alta complejidad técnica
  • Degradación del ADN durante el procesamiento de tejidos

Hasta la creación de la DMT espacial, las mediciones de ADN espacial debían inferirse a partir de modificaciones de histonas, cambios en la cromatina y transcriptómica. La DMT espacial y otras tecnologías de metilación de ADN espacial presentan dificultades con muestras de baja cantidad, ya que requieren secuenciación con bisulfito para obtener datos de alta calidad. [ 1 ] La secuenciación con bisulfito también implica una compensación en cuanto a cobertura y resolución. Otras limitaciones de la DMT espacial incluyen dificultades con estados degradados de ADN y la fijación con parafina. [ 1 ]

Nota

ChatGPT se utilizó como motor de búsqueda para encontrar fuentes relacionadas con el tema. [ 38 ] Todas las fuentes fueron leídas y verificadas por los autores de este artículo.

Referencias

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Lee , Chin Nien; Fu, Hongxiang; Cardilla, Angelysia; Zhou, Wanding; Deng, Yanxiang (30 de octubre de 2025). "Perfilado conjunto espacial del metiloma y transcriptoma del ADN en tejidos" . Nature . 646 : 1261–1271 . doi : 10.1038/s41586-025-09478-x . PMC 12571926 . 
  2. 1 2 3 4 Smith, Zachary D.; Hetzel, Sara; Meissner, Alexander (enero de 2025). "Metilación del ADN en el desarrollo y la enfermedad de los mamíferos". Nature Reviews Genetics . 26 (1): 7– 30. doi : 10.1038/s41576-024-00760-8 .
  3. 1 2 3 4 Bhamidipati, Theja; Sinha, Mithun; Sen, Chandan K.; Singh, Kanhaiya (febrero de 2022). "Microdisección por captura láser en el análisis espacial de modificaciones epigenéticas en la piel: una revisión exhaustiva" . Medicina oxidativa y longevidad celular . 2022 (1). doi : 10.1155/2022/4127238 . PMC 8850045 . 
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Thompson, Anna-Lee C; Wopereis, Judith LM; Tekle, Yonas I; Katz, Laura A (abril de 2025). "Visualizando la epigenética: una revisión de las técnicas de microscopía para investigar los patrones de metilación del ADN, la estructura de la cromatina y la expresión génica" . Microscopía y microanálisis . 31 (2). doi : 10.1093/mam/ozaf017 . PMC 11953014 . 
  5. 1 2 3 4 5 6 Moore, Lisa D.; Le, Thuc; Fan, Guoping (enero de 2013). "Metilación del ADN y su función básica" . Neuropsychopharmacology . 38 (1): 23– 38. doi : 10.1038/npp.2012.112 . PMC 3521964 . 
  6. 1 2 3 4 Jang, Hyun; Shin, Woo; Lee, Jeong; Do, Jeong (2017-05-23). ​​"Metilación de CpG y no CpG en la regulación epigenética de genes y la función cerebral" . Genes . 8 ( 6): 148. doi : 10.3390/genes8060148 . ISSN 2073-4425 . PMC 5485512. PMID 28545252 .   
  7. ↑ Tibben, Bailey M.; Rothbart, Scott B. (2024). "Mecanismos de la función reguladora de la metilación del ADN y la interacción con la metilación de la lisina de las histonas" . Journal of Molecular Biology . 436 (7). doi : 10.1016 /j.jmb.2023.168394 . PMC 10957332. PMID 38092287 .  
  8. 1 2 3 Mattei, Alexandra L.; Bailly, Nina; Meissner, Alexander (2022). "Metilación del ADN: una perspectiva histórica" . Trends in Genetics . 38 (7): 676– 707. doi : 10.1016/j.tig.2022.03.010 .
  9. ↑ Vanyushin, BF; Tkacheva, SG; Belozersky, AN (1970). "Bases raras en el ADN animal" . Naturaleza . 225 (5236): 948– 949. doi : 10.1038/225948a0 . ISSN 1476-4687 . 
  10. ↑ Adams, RLP (1971). "La relación entre la síntesis y la metilación del ADN en fibroblastos de ratón" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Ácidos nucleicos y síntesis de proteínas . 254 (2): 205– 212. doi : 10.1016/0005-2787(71)90829-x . ISSN 0005-2787 . 
  11. ↑ Vanyushin, BF; Mazin, AL; Vasiliev, VK; Belozersky, AN (1973). "El contenido de 5-metilcitosina en el ADN animal: la especie y la especificidad del tejido" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Ácidos nucleicos y síntesis de proteínas . 299 (3): 397– 403. doi : 10.1016/0005-2787(73)90264-5 . ISSN 0005-2787 . 
  12. ↑ Bird, Adrian P.; Taggart, Mary H.; Smith, Barbara A. (1979). "Compartimentos de ADN metilado y no metilado en el genoma del erizo de mar" . Cell . 17 (4): 889– 901. doi : 10.1016/0092-8674(79)90329-5 . ISSN 0092-8674 . 
  13. 1 2 Shi, Xianglin; Lu, Xiaodong; Chen, Xinyue; Yu, Shaojun; Arnold, Rebecca; Master, Viraj; Zhao, Jonathan (2025-03-26). "Impacto de los tipos de celdas de flujo de nanoporos en la detección de metilación del ADN" . Serican Journal of Medicine . 2 (2). doi : 10.17161/sjm.v2i2.23664 . ISSN 3066-3377 . PMC 12880221. PMID 41658019 .   
  14. 1 2 Liu, Fang; Wang, Yunfei; Gu, Hongcang; Wang, Xiaoxue (2023). "Tecnologías y aplicaciones de la secuenciación de metilación de ADN de células individuales" . Theranostics . 13 ( 8): 2439– 2454. doi : 10.7150/thno.82582 . ISSN 1838-7640 . PMC 10196823. PMID 37215576 .   
  15. ↑ Anaparthy, Naishitha; Ho, Yu-Jui; Martelotto, Luciano; Hammell, Molly; Hicks, James (2019). "Aplicaciones de la secuenciación de próxima generación en células individuales" . Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine . 9 (10) a026898. doi : 10.1101/cshperspect.a026898 . ISSN 2157-1422 . PMC 6771363. PMID 30617056 .   
  16. ↑ Mancilla, Viviana J.; Peeri, Noah C.; Silzer, Talisa; Basha, Riyaz; Felini, Marta; Jones, Harlan P.; Phillips, Nicole; Tao, Meng-Hua; Thyagarajan, Srikantha; Vishwanatha, Jamboor K. (20 de agosto de 2020). "Comprensión de la interacción entre las disparidades en salud y la epigenómica" . Fronteras en genética . 11 . doi : 10.3389/fgene.2020.00903 . ISSN 1664-8021 . PMC 7468461 . PMID 32973872 .   
  17. ^ Ladisa, Giorgio; Montenegro, Francesca; Picerno, Ángela; Nigro, Alessio; Cicirelli, Antonella; Stasi, Alessandra; Fiorentino, Marco; Pontrelli, Paola; Gesualdo, Loreto; Salustio, Fabio (6 de febrero de 2026). "Una nueva capa de complejidad: la metilación del ADN y el impacto predictivo de las pruebas epigenéticas" . Revista Internacional de Ciencias Moleculares . 27 (3): 1611. doi : 10.3390/ijms27031611 . ISSN 1422-0067 . PMC 12897665 . PMID 41684028 .   
  18. ↑ Wenger, Anna; Ferreyra Vega, Sandra; Kling, Teresia; Bontell, Thomas Olsson; Jakola, Asgeir Store; Carén, Helena (6 de mayo de 2019). "Heterogeneidad de la metilación del ADN intratumoral en el glioblastoma: implicaciones para la clasificación basada en la metilación del ADN" . Neuro-Oncology . 21 (5): 616– 627. doi : 10.1093/neuonc/noz011 . PMC 6502500 . 
  19. ↑ Bell, Christopher G.; Lowe, Robert; Adams, Peter D.; Baccarelli, Andrea A.; Beck, Stephan; Bell, Jordana T.; et al. (noviembre de 2019). "Relojes de envejecimiento de la metilación del ADN: desafíos y recomendaciones" . Genome Biology . 20 (1). doi : 10.1186/s13059-019-1824-y . PMC 6876109 .  
  20. ↑ Sheffield, Nathan C; Pierron, Gaelle; Klughammer, Johanna; Datlinger, Paul; Schönegger, Andreas; Schuster, Michael; et al. (marzo de 2017). "La heterogeneidad de la metilación del ADN define un espectro de enfermedad en el sarcoma de Ewing" . Nature Medicine . 23 (3): 386– 395. doi : 10.1038/nm.4273 . PMC 5951283 .  
  21. 1 2 3 Lee, Yoonji; Lee, Mingyu; Shin, Yoojin; Kim, Kyuri; Kim, Taejung (22 de abril de 2025). "Ómicas espaciales en la investigación clínica: una revisión exhaustiva de tecnologías y directrices para aplicaciones" . Revista Internacional de Ciencias Moleculares . 26 (9): 3949. doi : 10.3390/ijms26093949 . PMC 12071594 . 
  22. ↑ Moffitt, Jeffrey R.; Lundberg, Emma; Heyn, Holger (diciembre de 2022). "El panorama emergente de las tecnologías de perfilado espacial". Nature Reviews Genetics . 23 (12): 741– 759. doi : 10.1038/s41576-022-00515-3 .
  23. 1 2 Deng, Yanxiang; Bartosovic, Marek; Ma, Sai; Zhang, Di; Kukanja, Petra; Xiao, Yang; et al. (8 de septiembre de 2022). "Perfil espacial de la accesibilidad de la cromatina en tejidos de ratón y humanos" . Nature . 609 (7926): 375– 383. doi : 10.1038/s41586-022-05094-1 . PMC 9452302 .  
  24. ↑ Zhang, Xinchao; Zhang, Yue; Wang, Chaofu; Wang, Xu (11 de agosto de 2023). "Proteínas de la familia TET (translocación diez-once): estructura, funciones biológicas y aplicaciones". Signal Transduction and Targeted Therapy . 8 (1). doi : 10.1038/s41392-023-01537-x .
  25. 1 2 3 4 5 6 7 Schillebeeckx, Maximiliaan; Schrade, Anja; Löbs, Ann-Kathrin; Pihlajoki, Marjut; Wilson, David B.; Mitra, Robi D. (junio de 2013). "La microdisección por captura láser y la secuenciación de bisulfito de representación reducida (LCM-RRBS) mapean los cambios en la metilación del ADN asociados con la neoplasia adrenocortical inducida por gonadectomía en el ratón". Nucleic Acids Research . 41 (11): e116. doi : 10.1093/nar/gkt230 . hdl : 10138/162465 .
  26. 1 2 Sano, H; Royer, HD; Sager, R (junio de 1980). "Identificación de 5-metilcitosina en fragmentos de ADN inmovilizados en papel de nitrocelulosa" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 77 (6): 3581– 3585. doi : 10.1073/pnas.77.6.3581 . PMC 349661 . 
  27. ↑ Singh, Ratnesh K.; Diaz, Pablo E.; Binette, François; Nasonkin, Igor O. (29 de agosto de 2018). "Detección inmunohistoquímica de 5-metilcitosina y 5-hidroximetilcitosina en la retina de ratón en desarrollo y postmitótica". Journal of Visualized Experiments (138). doi : 10.3791/58274 .
  28. 1 2 Abakir, Abdulkadir; Wheldon, Lee; Johnson, Andrew D.; Laurent, Patrick; Ruzov, Alexey (16 de agosto de 2016). "Detección de formas modificadas de citosina mediante inmunohistoquímica sensible" . Journal of Visualized Experiments (114). doi : 10.3791/54416 . PMC 5091899 . 
  29. 1 2 3 4 Çelik, Selcen (enero de 2015). "Comprensión de la complejidad de la recuperación de antígenos de la metilación del ADN para la medición basada en inmunofluorescencia y un enfoque para el desafío". Journal of Immunological Methods . 416 : 1–16 . doi : 10.1016/j.jim.2014.11.011 .
  30. 1 2 Li, Yufeng; Miyanari, Yusuke; Shirane, Kenjiro; Nitta, Hirohisa; Kubota, Takeo; Ohashi, Hirofumi; et al. (octubre de 2013). "Visualización microscópica específica de secuencia del estado de metilación del ADN en repeticiones satélite en núcleos de células individuales y cromosomas" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (19): e186. doi : 10.1093/nar/gkt766 . PMC 3799461 .  
  31. ^ Deng, Yanxiang; Bartosovic, Marek; Kukanja, Petra; Zhang, Di; Liu, Yang; Su, Graham; et al. (10 de febrero de 2022). "Spatial-CUT&Tag: perfiles de modificación de cromatina resueltos espacialmente a nivel celular" . Ciencia . 375 (6581): 681– 686. doi : 10.1126/science.abg7216 . PMC 7612972 .  
  32. ↑ Lu, Tian; Ang, Cheen Euong; Zhuang, Xiaowei (noviembre de 2022). "Perfil epigenómico espacialmente resuelto de células individuales en tejidos complejos" . Cell . 185 (23): 4448–4464.e17. doi : 10.1016/j.cell.2022.09.035 . PMC 9691621 . 
  33. ↑ Moosavi, Azam; Motevalizadeh Ardekani, Ali (2016-11-01). "El papel de la epigenética en la biología y las enfermedades humanas" . Iranian Biomedical Journal (5): 246–258 . doi : 10.22045/ibj.2016.01 . ISSN 1028-852X . PMC 5075137. PMID 27377127 .   
  34. ↑ Ferreyra Vega, Sandra; Wenger, Anna; Kling, Teresia; Olsson Bontell, Thomas; Jakola, Asgeir Store; Carén, Helena (2022). " Heterogeneidad espacial en la metilación del ADN y alteraciones cromosómicas en gliomas difusos y meningiomas" . Modern Pathology . 35 (11): 1551– 1561. doi : 10.1038/s41379-022-01113-8 . PMC 9596370. PMID 35701666 .  
  35. ↑ Kharat, Suhas S.; Sharan, Shyam K. (17 de noviembre de 2025). "5-Hidroximetilcitosina: una marca epigenética clave en el cáncer y la respuesta a la quimioterapia" . Epigenetics & Chromatin . 18 (1). doi : 10.1186/s13072-025-00636-z . ISSN 1756-8935 . PMC 12621374. PMID 41243111 .   
  36. ^ An, Yongpan; Wang, Qian; Gao, Ke; Zhang, Chi; Ouyang, Yanan; Li, Ruixiao; Mamá, Zhou; Wu, Tong; Zhou, Lifan; Xie, Zhengwei; Zhang, Rui; Wu, Guojun (2025). "Regulación Epigenética del Envejecimiento y su Rejuvenecimiento" . ComMed . 6 (9). doi : 10.1002/mco2.70369 . ISSN 2688-2663 . PMC 12402629 . PMID 40904701 .   
  37. ^ Choe, Kyongho; Pak, Unil; Pang, Yu; Hao, Wanjun; Yang, Xiuqin (12 de enero de 2023). "Avances y desafíos en transcriptómica espacial para la biología del desarrollo" . Biomoléculas . 13 (1): 156. doi : 10.3390/biom13010156 . ISSN 2218-273X . PMC 9855858 . PMID 36671541 .   
  38. ↑ "ChatGPT" . ChatGPT . Consultado el 20 de febrero de 2026 .