TEDC2

TEDC2 se encuentra en el cromosoma 16 en la ubicación 16p13.3, o chr16:2,460,080-2,464,963 (que abarca 4883 pb) en la cadena positiva. ^{[ 6 ]}

TEDC2 apareció hace entre 684 y 797 millones de años. Su ortólogo más distante se encuentra en Branchiostoma floridae, el anfioxo de Florida , ^{[ 7 ]} que divergió de otros cordados hace aproximadamente 684 millones de años. ^{[ 8 ]} Sin embargo, el gen surgió más recientemente que hace 797 millones de años, cuando divergieron los protóstomos y los deuteróstomos , ^{[ 8 ]} ya que no se encuentra en ningún invertebrado. A continuación se muestra una tabla con 20 ortólogos seleccionados, encontrados con NCBI BLAST. ^{[ 5 ]}

No existen otros miembros de la familia de genes TEDC2 , ya que no tiene parálogos en ningún organismo vivo. ^{[ 5 ]}

Los sitios de unión de factores de transcripción predichos y conservados encontrados en la región 5' corriente arriba de TEDC2 son WT1 , ZKSCAN3 (x2), AREB6, MZF1 (x2), ATF6 , ER y P53 . ^{[ 9 ]} Esto sugiere que estos factores de transcripción en particular, y especialmente ZKSCAN3 y MZF1 en base a múltiples sitios de unión conservados, son cruciales en la regulación de TEDC2. ZKSCAN3 es un represor transcripcional de la autofagia, ^{[ 10 ]} y se cree que MZF1 juega un papel como supresor tumoral y regulador de la proliferación celular. ^{[ 11 ]} Estos sitios conservados de MZF1, junto con el sitio conservado de p53, sugieren que TEDC2 podría jugar un papel en la proliferación celular y, por lo tanto, puede impactar la génesis y el desarrollo del cáncer.

Se predice que TEDC2 se localiza en el núcleo y también puede estar presente en el citoplasma, las mitocondrias, los peroxisomas y el espacio extracelular. ^{[ 12 ]}

Se expresa en gran medida en los testículos y en los linfocitos transformados por el VEB . ^{[ 13 ]} También se expresa en gran medida en los ganglios linfáticos, el hígado fetal, las células eritroides tempranas y los linfoblastos B. ^{[ 14 ]} Asimismo, se observa en niveles más elevados tanto en las células madre embrionarias como en las células madre pluripotentes inducidas que en los fibroblastos. ^{[ 14 ]} Finalmente, en relación con otros genes, la expresión de TEDC2 disminuye significativamente en las células de cáncer de mama tras la privación de estrógenos. ^{[ 14 ]}

El gen tiene 10 exones . ^{[ 15 ]} El gen tiene 13 transcripciones de empalme alternativo, con 6 que codifican una proteína, 1 que sufre degradación mediada por codones de terminación prematura y 6 que son intrones retenidos. ^{[ 16 ]}

TEDC2 está codificada por el gen TEDC2 con número de acceso NCBI NM_025108.3. La proteína tiene 433 aminoácidos de longitud y un peso molecular predicho de 46,4 kDa. ^{[ 6 ]} Existe un anticuerpo contra la proteína, pero no se dispone de una imagen de Western blot de muestra. ^{[ 17 ]}

TEDC2 contiene un dominio de función desconocida, DUF4693, que en humanos abarca desde las proteínas 148-431, aproximadamente los dos últimos tercios de la proteína. ^{[ 5 ]}

Utilizando herramientas bioinformáticas en línea, se predice que TEDC2 tiene muchas hélices alfa y dos láminas beta plegadas bien conservadas cerca del extremo de la proteína. ^{[ 18 ] [ 19 ]}

Se predice que TEDC2 formará una estructura terciaria basada en sus hélices alfa. Muchas de estas hélices alfa predichas están altamente conservadas en ortólogos, y un ejemplo de estructura terciaria predicha generada por I-TASSER se muestra a la derecha. ^{[ 20 ]}

TEDC2 tiene un sitio O-GlcNAc predicho bien conservado en S114 en humanos. ^{[ 22 ]} Las proteínas O-GlcNAciladas se encuentran principalmente en el núcleo, a veces también en el citoplasma , y ​​esta es una modificación dinámica, que frecuentemente se elimina y se vuelve a unir. ^{[ 23 ]}

TEDC2 también tiene tres sitios de C-manosilación conservados y predichos. ^{[ 24 ]} La función de la C-manosilación aún no está clara, pero es la unión de una alfa-manosa a un triptófano. ^{[ 25 ]}

TEDC2 también tiene muchos posibles sitios de fosforilación , incluyendo siete que están bien conservados. ^{[ 26 ]} La fosforilación es un medio importante de regulación, activación e inactivación de proteínas, por lo que es difícil determinar alguna función específica a partir de la presencia de una serina o treonina que podría ser fosforilada. ^{[ 27 ]}

Se ha demostrado que KDM1A , una desmetilasa específica de lisina , está físicamente asociada con TEDC2. ^{[ 28 ] [ 29 ]} TEDC2 también interactúa con FEZ1 , una proteína de fasciculación y elongación. FEZ1, o proteína de fasciculación y elongación 1, es necesaria para el crecimiento axonal, pero también se cree que participa en el control transcripcional. ^{[ 30 ]}

También existe evidencia experimental de la interacción de TEDC2 con TUBE1 y C14orf80. TUBE1, o tubulina épsilon 1, participa en los centriolos durante la división celular, y se desconoce la función de C14orf80. ^{[ 31 ]} TEDC2 también se coexpresa con CDC45 , o proteína de control de la división celular 45, que es necesaria para el inicio de la replicación del ADN cromosómico, así como con CDT1 , un factor de licencia de replicación del ADN necesario para el ensamblaje previo a la replicación. ^{[ 32 ]}