Hispanopedia Wiki
La proteína transmembrana 81 o TMEM81 es una proteína que en humanos está codificada por el gen TMEM81. TMEM81 es una proteína transmembrana poco caracterizada que contiene un dominio de inmunoglobulina extracelular . [ 6 ]
Gene
TMEM81 también se conoce como HC3107, UNQ2788, KVLA2788, [ 6 ] o MGC75217. [ 7 ] En humanos, TMEM81 se localiza en la banda cromosómica 1q32.1 entre los genes CNTN2 y RBBP5 en la cadena inversa. [ 8 ] El gen TMEM81 tiene 1332 pares de bases de longitud y codifica un transcrito que contiene un único exón . [ 6 ] [ 9 ]
La región promotora predicha (GXP_180875) para TMEM81 tiene una longitud de 1158 pb y se extiende desde 205.084.360 hasta 205.085.517 en la cadena inversa. [ 10 ]
Proteína
El péptido precursor TMEM81 tiene 255 aminoácidos de longitud con un peso molecular predicho de 28,5 kDa y pI = 8,92. [ 11 ]
La proteína contiene una región transmembrana helicoidal , un dominio de inmunoglobulina extracelular y un sitio de glicosilación N-ligada . Se predice la formación de un puente disulfuro entre los residuos Cys104 y Cys156. [ 11 ]
Composición de proteínas
La forma madura (sin péptido señal) de TMEM81 tiene una composición de valina ligeramente aumentada y una composición de metionina algo disminuida en relación con las proteínas promedio. [ 13 ] TMEM81 también contiene tres secuencias de carga, cada una de las cuales tiene una longitud de tres aminoácidos:
Estructura secundaria
The extracellular region of TMEM81 is predicted to be composed of beta sheets while the intracellular region likely assumes an alpha helix conformation. The transmembrane region of TMEM81 is helical.[14] An alignment of mature TMEM81 peptide sequences in H. sapiens, M. musculus and G. gallus was used to predict the secondary structure of TMEM81 using Ali2D.[15]
In predication results given above, blue indicates beta strands while red indicates alpha helices. Color saturation is proportional to the confidence of the predication.
Tertiary structure
The tertiary structure of TMEM81 has been predicted using izumo sperm-egg fusion protein 1 as a template. The image on the right depicts a model of residues 19 to 152 with 97.3% confidence with 56% coverage obtained using Phyre2.[16] The red-to-blue color gradation indicates the N- to C-terminus directionality of the structure.
Post-translational modifications
Experimental evidence has been found for an N-glycosylation site located at Asn45 indicating that TMEM81 is a glycoprotein.[14] Several tyrosine residues within TMEM81 have been predicted to undergo sulfation.[17]
Subcellular location
TMEM81 is predicted to be localized to the plasma membrane.[6] However, immunohistochemistry experiments using TMEM81-specific antibodies found localization to intermediate filaments[18] and microfilaments.[19]
Expression
Expression in humans
RNA-seq experiments from the GTEx project found that TMEM81 is ubiquitously expressed in humans but shows enhanced expression in the cerebellum and cerebellar hemisphere.[20] Other tissues and organs showing somewhat enhanced mRNA expression include the testis and spleen.
Expression in rodents
En ratones ( M. musculus ) y ratas ( R. norvegicus ), TMEM81 muestra una mayor expresión en los testículos y una expresión relativamente baja en otros tejidos. [ 21 ] [ 22 ] Además, la expresión de TMEM81 no se localiza en el cerebelo de los ratones. [ 23 ]
TMEM81 muestra expresión monoalélica tanto en H. sapiens como en M. musculus . [ 24 ]
Expresión de proteínas
Tanto en H. sapiens como en M. musculus , TMEM81 está presente en una concentración de poco menos de 1 ppm. [ 25 ] [ 26 ] En relación con otras proteínas, TMEM81 está presente en un nivel ligeramente inferior al nivel medio de concentración de proteínas.
Importancia clínica
Los cambios de metilación en TMEM81 se asocian con un mayor riesgo de trastorno explosivo intermitente . [ 27 ] Además, los SNP ubicados en TMEM81 afectan la trombopoyesis , el volumen plaquetario medio , [ 28 ] y se han relacionado con la enfermedad de Ménière . [ 29 ]
Cáncer
La región 1q32.1 mostró una ganancia de número de copias con una frecuencia del 68,9% en un estudio de 46 cánceres de mama [ 30 ] y se observó ganancia en un caso de neurocitoma central extraventricular . [ 31 ] TMEM81 también se ha relacionado con el desarrollo de carcinoma hepatocelular . [ 32 ]
Homología
En humanos no existen parálogos del gen TMEM81. Se han encontrado ortólogos del gen en diversos linajes de gnatostomados , siendo los más distantes entre los condrictios . No se han detectado ortólogos de TMEM81 en agnatos , anfioxos , tunicados ni invertebrados .
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000174529 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000048174 – Ensembl , mayo de 2017
- ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
- ↑ "I-TASSER (Refinamiento iterativo de ensamblaje de hilos)" . Laboratorio Zhang.
- 1 2 3 4 "TMEM81" . GeneCards . Instituto Weizmann de Ciencias.
- ↑ "Informe simbólico para TMEM81" . GeneNames . Comité de Nomenclatura de Genes HUGO (HGNC).
- ↑ "TMEM81" . BioCyc . SRI International.
- ↑ "Gen: TMEM81" . Navegador del genoma Ensembl . Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI).
- ↑ "Genomas y anotación: ElDorado" . Paquete de software Genomatix . Genomatix GmbH. Archivado del original el 2 de junio de 2016. Consultado el 13 de febrero de 2022 .
- 1 2 "TMEM81 - Proteómica" . neXtProt . Instituto Suizo de Bioinformática.
- ↑ «Protector» . Laboratorio Wollscheid de la ETH Zurich.
- ↑ "Análisis estadístico de la estructura de las proteínas" . Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI).
- 1 2 "Proteína transmembrana 81 de Homo sapiens (TMEM81), ARNm" . Base de datos de nucleótidos del NCBI . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 12 de diciembre de 2020.
- ↑ "Ali2D" . Kit de herramientas bioinformáticas del MPI . Instituto Max Planck de Biología del Desarrollo.
- ↑ "Phyre2" . Motor de reconocimiento de homología/analogía de proteínas V 2.0 . Imperial College London.
- ↑ "Sulfinator" . Expasy . Instituto Suizo de Bioinformática.
- ↑ "TMEM81 Subcelular" . El Atlas de Proteínas Humanas . SciLifeLab, Universidad de Uppsala, Instituto Real de Tecnología KTH.
- ↑ "Anticuerpo anti-TMEM81 producido en conejo" . MilliporeSigma . Grupo Merck.
- ↑ "Página del gen TMEM81" . Portal GTEx . Instituto Broad del MIT y Harvard.
- ↑ "Proteína transmembrana Tmem81 81 [ Mus musculus (ratón doméstico) ] " . Base de datos de genes del NCBI . Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).
- ↑ "Proteína transmembrana Tmem81 81 [ Rattus norvegicus (rata noruega) ] " . Base de datos de genes del NCBI . Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).
- ↑ "TMEM81 Brain" . El Atlas de Proteínas Humanas . SciLifeLab, Universidad de Uppsala, Instituto Real de Tecnología KTH.
- ↑ "dbMAE" . dbMAE: la base de datos de expresión monoalélica autosómica . Laboratorio Gimelbrant.
- ↑ "Proteína TMEM81 de Homo sapiens" . PAXdb: Base de datos de abundancia de proteínas . Instituto Suizo de Bioinformática, Universidad de Zúrich.
- ↑ "Proteína Tmem81 de Mus musculus" . PAXdb: Base de datos de abundancia de proteínas . Instituto Suizo de Bioinformática, Universidad de Zúrich.
- ↑ Montalvo-Ortiz JL, Zhang H, Chen C, Liu C, Coccaro EF (enero de 2018). "Cambios en la metilación del ADN en todo el genoma asociados con el trastorno explosivo intermitente: un análisis de enriquecimiento funcional basado en genes" . The International Journal of Neuropsychopharmacology . 21 (1): 12– 20. doi : 10.1093/ijnp/pyx087 . PMC 5789263. PMID 29106553 .
- ↑ Shameer K, Denny JC, Ding K, Jouni H, Crosslin DR, de Andrade M, et al. (enero de 2014). "Un estudio de asociación de genoma y fenoma para identificar variantes genéticas que influyen en el recuento y volumen de plaquetas y sus efectos pleiotrópicos" . Human Genetics . 133 (1): 95–109 . doi : 10.1007/s00439-013-1355-7 . PMC 3880605. PMID 24026423 .
- ↑ Campbell CA (2010). \Identificación de una contribución genética a la enfermedad de Ménière (tesis doctoral). Universidad de Iowa, EE. UU.).
- ↑ Kawauchi S, Furuya T, Ikemoto K, Nakao M, Yamamoto S, Oka M, Sasaki K (octubre de 2010). "Aberraciones en el número de copias de ADN asociadas con aneuploidía e inestabilidad cromosómica en cánceres de mama" . Oncology Reports . 24 (4): 875–83 . doi : 10.3892/or.2010.875 . PMID 20811667 .
- ↑ Myung JK, Cho HJ, Park CK, Chung CK, Choi SH, Kim SK, Park SH (abril de 2013). " Características clinicopatológicas y genéticas de los neurocitomas extraventriculares" . Neuropathology . 33 (2): 111– 121. doi : 10.1111/j.1440-1789.2012.01330.x . PMID 22672632. S2CID 2024518 .
- ↑ Chen J, Qian Z, Li F, Li J, Lu Y (enero de 2017). "Análisis integrador de datos de microarrays para revelar patrones de regulación en la patogénesis del carcinoma hepatocelular" . Gut and Liver . 11 (1): 112– 120. doi : 10.5009/gnl16063 . PMC 5221868. PMID 27458175 .
- ↑ "TimeTree" . Universidad de Temple.
- ↑ "BLAST de proteínas estándar" . BLAST . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
- Genes en el cromosoma 1 humano