Diez deseos

• Reimu Hakurei (博霊霊夢)

Miko del Santuario Hakurei. Investiga a los espíritus divinos para evitar que ocurra un incidente, y si lo ignorara, su santuario se vería perjudicado. ^{[ 1 ]}

• Marisa Kirisame (霧雨魔理沙)

Maga humana. Investiga a los espíritus divinos debido a su curiosidad personal.

• Sanae Kochiya (東風谷早苗)

La sacerdotisa del santuario Moriya. Recoge los espíritus porque cree que así aumentará la fe en su santuario.

• Youmu Konpaku (魂魄妖夢)

Mitad fantasma, jardinera y guardaespaldas de Yuyuko Saigyouji. Investiga a los espíritus para intentar prevenir cualquier incidente.

• Yuyuko Saigyouji (西行寺 幽々子)

Jefe de la primera fase. La princesa fantasmal del Inframundo. Al ser un fantasma y haber orquestado el Incidente de la Nieve Primaveral en Perfect Cherry Blossom , el jugador la considera responsable. En realidad, no tiene nada que ver y los dirige al origen de los espíritus: el Templo de Myouren.

• Kyouko Kasodani (幽谷 響子)

Jefe de la fase 2. Kyouko Kasodani es una Yamabiko que, tras descubrir que la gente había dejado de creer en su especie, comenzó a recitar sutras budistas para poder seguir hablando desde las montañas cuando parecía que no había nadie presente.

• Tatara Kogasa (多々良 小傘)

Jefe intermedio de la fase 3. Una Kasa-obake a la que le gusta vagar por los cementerios y asustar a la gente. Se dio cuenta de que había un yōkai en el cementerio donde solía vivir y lo atacó para intentar ahuyentarlo, pero no lo consiguió. Ataca al jugador para llamar su atención y obligarlo a derrotar al yōkai que encontró.

• Yoshika Miyako (宮古 芳香)

Jefe de la Etapa 3 y Etapa 4, junto con Seiga Kaku. Yoshika es una jiangshi que fue revivida por Seiga y custodia la entrada al Mausoleo del Espíritu Divino. Debido a que es un tipo de zombi , ^{[ 1 ]} no siente dolor, pero no puede doblar sus articulaciones ni caminar correctamente.

• Seiga Kaku (霍 青娥)

Jefa de la Etapa 4, junto con Yoshika Miyako. Seiga Kaku es una ermitaña cuyo padre también lo fue y se dedicó al Tao . Seiga desarrolló un interés por el Tao, en particular por He Xiangu , y se convirtió en defensora del taoísmo, sugiriéndole a Miko que este podría usarse para alcanzar una fuerza sobrehumana. Seiga protege el Mausoleo del Espíritu Divino de los invasores y puede usar sus poderes para atravesar paredes. Es muy estricta con su empleada, Yoshika.

• Soga no Tojiko (蘇我 屠自古)

Subjefe de la Etapa 5, uno de los sirvientes de Toyosatomimi no Miko. Soga no Tojiko es un fantasma que proviene del poderoso clan Soga . Sirvió a Miko junto a Futo, pero se le negó la resurrección como humana debido a sus vínculos previos con Futo y, en cambio, se convirtió en un espíritu vengativo que custodia el Mausoleo. Tiene la habilidad de controlar el trueno y el relámpago. Anteriormente sentía aversión por Futo, pero llegaron a un acuerdo y ambos comparten un odio hacia el budismo.

• Mononobe no Futo (物部布都)

Jefe de la Etapa 5, una de las sirvientas de Toyosatomimi no Miko. Mononobe no Futo es una humana del clan Mononobe que sirve a Miko junto a Soga no Tojiko. Tiene el poder de controlar el feng shui y convocar un barco durante algunos de sus hechizos.

• Toyosatomimi no Miko (豊聡耳 神子)

Jefe de la fase 6. Una santa que vive en el Mausoleo del Salón de los Sueños. Su inteligencia fue reconocida desde temprana edad, ya que era capaz de escuchar a diez personas hablando al mismo tiempo, escuchando sus deseos. Después de los eventos de Diez Deseos , ella y sus seguidores se mudaron a un mundo llamado Senkai (仙界, el reino de los ermitaños), que se dice que es apropiado para ermitaños. Está basada en el Príncipe Shotoku .

• Nue Houjuu (封獣 ぬえ)

Subjefe de fase extra. Tras ser derrotada en Objeto Fantástico Indefinido , se refugió en el Templo Myouren. Al enterarse de la resurrección de Byakuren, pensó que Miko representaría una amenaza para Byakuren y pidió ayuda a su amiga Mamizou.

• Mamizou Hutatsuiwa (二ツ岩 マミゾウ; ortografía alternativa: Mamizou Futatsuiwa)

Jefe de fase extra. Un yōkai tanuki que reside en el Templo Myouren. Por lo general, le gusta gastar bromas a la gente y tiene la habilidad de cambiar de apariencia, lo que la hace similar a Nue.