UPF0602

UPF0602 es una proteína humana codificada por el gen del marco de lectura abierto 47 del cromosoma 4 ( c4orf47 ) . ^[2]

El gen c4orf47 está ubicado en 4q35.1 en la cadena positiva y tiene una longitud de 44.602 pares de bases (185.405.227...185.449.828). El gen está formado por 12 exones y 11 intrones. ^[3]

Existe una superposición con otros dos genes que residen en la cadena negativa. Estos genes son la peptidasa 2 específica de UFM1 ( UFSP2 ) y el dominio de bobina enrollada que contiene 110 (CCDC110).

Otro alias para el gen c4orf47 es LOC441054

La variante 1 de la transcripción es la variante más larga validada experimentalmente del ARNm de c4orf47 y codifica la isoforma 1 de la proteína UPF0602. Esta variante contiene un total de 8 exones con un codón de terminación en el marco de lectura ubicado en sentido ascendente dentro del primer exón, una región desordenada y un dominio de función desconocida . El ARNm tiene una longitud de 1333 nucleótidos y codifica un polipéptido de 309 aminoácidos. ^[4]

La variante 2 de la transcripción difiere en el UTR 5', utiliza un sitio de inicio de traducción alternativo y carece de dos exones alternativos en la región codificante 5' en comparación con la variante 1. La isoforma de proteína codificada (2) es más corta y tiene un extremo N distinto en comparación con la isoforma de proteína 1. El ARNm tiene 1037 nucleótidos de longitud y codifica un polipéptido de 183 aminoácidos. ^[5]

El ARNm C4orf47 se expresa de forma ubicua en todos los tejidos, con una mayor expresión en el plexo coroideo, la retina, las trompas de Falopio y los testículos. ^[6]

La isoforma 1 de la proteína UPF0602 tiene un peso molecular de 34,4 kDa y un punto isoeléctrico previsto de 9,64 pI. ^[7] Contiene el dominio de función desconocida conocido como DUF4586. ^[8] Este dominio pertenece a pfam15239, que es el único miembro de la superfamilia de proteínas cl21099. ^[9]

Esta proteína contiene una cantidad de aminoácidos básicos mayor que el promedio en relación con su tamaño y contiene dos secciones repetidas. ^[7]

Esta proteína no contiene ningún péptido señal y se ha demostrado que se localiza dentro de la célula en microtúbulos citoplasmáticos , centrosomas y cilios no móviles . ^{[10] [3] [11] [12]}

La UPF0602 se expresa de forma ubicua en todos los tejidos, con una mayor expresión en los pulmones, las trompas de Falopio y los testículos. Los pulmones y las trompas de Falopio presentan la mayor abundancia de proteínas en las células ciliadas, específicamente en la punta de los cilios y en el axonema ciliar . En los testículos, la abundancia de proteínas es mayor en las espermátidas alargadas o tardías . ^{[6] [10]}

La proteína UPF0602 no tiene parálogos . Sin embargo, se encuentran homólogos en la mayoría de los eucariotas ciliados . Las excepciones incluyen todos los reptiles, excepto las tortugas, las salamandras y los peces de aletas lobuladas , excepto el celacanto antillano . También se encuentra un homólogo de la proteína UPF0602 en los quitridiomicetos , una clase de hongos .

La siguiente tabla representa una pequeña selección de homólogos encontrados usando BLAST . ^[13]

El gen c4orf47 ha evolucionado a un ritmo relativamente lento en comparación con las tasas evolutivas del fibrinógeno alfa y el citocromo C. Esto sugiere que existe una función conservada para la proteína codificada.

La función que esta proteína lleva a cabo dentro de la célula no es bien comprendida por la comunidad científica, sin embargo la evidencia sugiere que está relacionada con el ensamblaje de cilios y flagelos. ^{[10] [14]}

La evidencia de alto rendimiento respalda la interacción física entre la proteína UPF0602 y la nucleofosmina ( NPM1 ), ^[15] así como con la peptidasa 9 específica de ubiquitina, ligada a Y ( USP9Y ). ^[14]

Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dentro de las regiones del gen UFSP2 que se superponen a c4orf47 se han vinculado con la displasia de cadera de Beuke , la displasia espondiloepimetafisaria , el tipo Di Rocco, la microcefalia y otras anomalías del desarrollo. ^{[16] [17] [18]}