Hispanopedia WikiEl Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications ( VOTCA ) es un paquete de modelado de grano grueso que se centra en el análisis de datos de dinámica molecular, el desarrollo de técnicas sistemáticas de granulado grueso, así como métodos utilizados para simular el transporte de carga (y excitones) microscópico en semiconductores desordenados. Fue desarrollado originalmente en el Instituto Max Planck para la Investigación de Polímeros y ahora es mantenido por desarrolladores del Instituto Max Planck para la Investigación de Polímeros , el Laboratorio Nacional de Los Álamos , la Universidad Tecnológica de Eindhoven y el Instituto Beckman para la Ciencia y la Tecnología Avanzadas con contribuciones de investigadores de todo el mundo. [4]
Características
VOTCA tiene tres partes principales: el kit de herramientas de granulado grueso (VOTCA-CSG), el kit de herramientas de transporte de carga (VOTCA-CTP) y el kit de herramientas de transporte de excitación (VOTCA-XTP). Todas ellas se basan en la biblioteca de herramientas VOTCA, que implementa procedimientos compartidos.
Kit de herramientas de granulado grueso (VOTCA-CSG)
VOTCA-CSG [4] admite una variedad de métodos de granulado grueso diferentes, incluidos la inversión de Boltzmann (iterativa), el método Monte Carlo inverso, el método de coincidencia de fuerzas (también conocido como método de granulado grueso multiescala ) y el método de entropía relativa [5] y combinaciones híbridas de estos, así como enfoques impulsados por la optimización, como simplex y CMA . Para recopilar estadísticas, VOTCA-CSG puede utilizar varios paquetes de dinámica molecular , incluidos GROMACS , DL_POLY, ESPResSo, ESPResSo++, LAMMPS y HOOMD-blue para el muestreo.
Kit de herramientas de transporte de carga (VOTCA-CTP)
VOTCA-CTP [6] es un módulo que realiza cálculos de superposición de orbitales moleculares y puede evaluar el desorden energético y los acoplamientos electrónicos necesarios para estimar las propiedades de transporte de carga.
Kit de herramientas de transporte de excitación (VOTCA-XTP)
VOTCA-XTP es una extensión de VOTCA-CTP que permite simular el transporte y las propiedades de excitación. [7] Por lo tanto, proporciona su propia implementación de GW - BSE y una implementación de DFT básica , empleando conjuntos de bases localizados . Los cálculos QM/MM polarizados para estados excitados se proporcionan en el marco Thole. Cuenta con una interfaz con el paquete de química cuántica ORCA para ejecuciones de producción a gran escala.
Nombres de lanzamiento
A los lanzamientos principales se les asignan nombres:
- 1.1 SuperAnn
- 1.2 Súper Doris
- 1.3 Súper Uzma
- 1.4 SuperKurt - en ocasión del 60 cumpleaños de Kurt Kremer [8]
- 1.5 SuperVictor: lleva el nombre de Victor Rühle, uno de los desarrolladores originales del núcleo [9]
- 1.6 SuperPelagia
- 1.6.2 SuperGitta
Véase también
Referencias
- ^ Página de desarrollo de VOTCA
- ^ Lanzamientos de VOTCA en Github
- ^ Lanzamientos de VOTCA en Github
- ^ de Victor Rühle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer y Denis Andrienko. "Juego de herramientas versátil orientado a objetos para aplicaciones de granulado grueso" Journal of Chemical Theory and Computation 5 (2009): 3201. doi :10.1021/ct900369w
- ^ Mashayak, SY; Jochum, Mara N.; Koschke, Konstantin; Aluru, NR; Rühle, Victor; Junghans, Christoph (20 de julio de 2015). "Entropía relativa y métodos de granulado grueso impulsados por optimización en VOTCA". PLOS ONE . 10 (7): e0131754. Bibcode :2015PLoSO..1031754M. doi : 10.1371/journal.pone.0131754 . ISSN 1932-6203. PMC 4507862 . PMID 26192992.
- ^ Victor Rühle, Alexander Lukyanov, Falk May, Manuel Schrader, Thorsten Vehoff, James Kirkpatrick, Bjoern Baumeier, Denis Andrienko. "Simulaciones microscópicas del transporte de carga en semiconductores orgánicos desordenados". Journal of Chemical Theory and Computation, 7 (2011): 3335. doi :10.1021/ct200388s
- ^ Jens Wehner, Lothar Brombacher, Joshua Brown, Christoph Junghans, Onur Çaylak, Yuriy Khalak, Pranav Madhikar, Gianluca Tirimbò y Björn Baumeier. "Excitaciones electrónicas en entornos moleculares complejos: teoría de funciones de Green de muchos cuerpos en VOTCA-XTP" Journal of Chemical Theory and Computation. doi :10.1021/acs.jctc.8b00617
- ^ "Lanzamiento de Votca 1.4".
- ^ "Lanzamiento de Votca 1.5".