Clasificación de virus

La definición formal y actualmente aceptada de "virus" fue aceptada por el Comité Ejecutivo del ICTV en noviembre de 2020 y ratificada en marzo de 2021, y es la siguiente: ^{[ 3 ]}

Viruses sensu stricto are defined operationally by the ICTV as a type of MGE that encodes at least one protein that is a major component of the virion encasing the nucleic acid of the respective MGE and therefore the gene encoding the major virion protein itself or MGEs that are clearly demonstrable to be members of a line of evolutionary descent of such major virion protein-encoding entities. Any monophyletic group of MGEs that originates from a virion protein-encoding ancestor should be classified as a group of viruses.

Species form the basis for any biological classification system. Before 1982, it was thought that viruses could not be made to fit Ernst Mayr's reproductive concept of species, and so were not amenable to such treatment. In 1982, the ICTV started to define a species as "a cluster of strains" with unique identifying qualities. In 1991, the more specific principle that a virus species is a polythetic class of viruses that constitutes a replicating lineage and occupies a particular ecological niche was adopted.^[4]

As of 2021 (the latest edition of the ICVCN), the ICTV definition of species states: "A species is the lowest taxonomic level in the hierarchy approved by the ICTV. A species is a monophyletic group of MGEs (mobile genetic elements) whose properties can be distinguished from those of other species by multiple criteria", with the comment "The criteria by which different species within a genus are distinguished shall be established by the appropriate Study Group. These criteria may include, but are not limited to, natural and experimental host range, cell and tissue tropism, pathogenicity, vector specificity, antigenicity, and the degree of relatedness of their genomes or genes. The criteria used should be published in the relevant section of the ICTV Report and reviewed periodically by the appropriate Study Group."^[5]

Muchos virus con nombres individuales existen por debajo del rango de especie . El ICVCN cita como ejemplos el virus del mosaico del caupí de ojo negro y el virus de la raya del cacahuete, ambos clasificados en la especie Potyvirus phaseovulgaris , perteneciente al género Potyvirus . Otro ejemplo es el virus SARS-CoV-1 , causante del síndrome respiratorio agudo grave (SARS), que es diferente del SARS-CoV-2 , causante de la pandemia de COVID-19 , pero ambos se clasifican dentro de la misma especie, Betacoronavirus pandemicum (anteriormente conocido como coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave ). Tal como se establece en la sección 3.4 del ICVCN, los nombres [y definiciones] de los taxones por debajo del rango de especie no son competencia del ICTV; «La denominación de dichas entidades no es responsabilidad del ICTV, sino de los grupos internacionales especializados. Corresponde a los Grupos de Estudio del ICTV considerar la mejor manera de clasificar estas entidades en especies». ^{[ 5 ]} Utilizando el ejemplo dado anteriormente, el virus que causó la pandemia de COVID-19 recibió la designación "SARS-CoV-2" por parte del Grupo de Estudio de Coronaviridae (CSG) del Comité Internacional de Taxonomía de Virus en 2020; en la misma publicación, este Grupo de Estudio recomendó una convención de nomenclatura para aislamientos particulares de este virus "similar a los formatos utilizados para aislamientos de coronavirus aviares, filovirus y virus de la influenza" en el formato virus/huésped/ubicación/aislamiento/fecha, con un ejemplo citado como "SARS-CoV-2/humano/Wuhan/X1/2019". ^{[ 6 ]}

Se ha sugerido que la similitud en el ensamblaje y la estructura del virión observada en ciertos grupos virales que infectan huéspedes de diferentes dominios de la vida (por ejemplo, tectivirus bacterianos y adenovirus eucariotas o Caudovirales procariotas y herpesvirus eucariotas) refleja una relación evolutiva entre estos virus. ^{[ 11 ]} Por lo tanto, se ha sugerido que la relación estructural entre virus se utilice como base para definir taxones de nivel superior —linajes virales basados ​​en la estructura— que podrían complementar el esquema de clasificación del ICTV de 2010. ^{[ 12 ]}

El ICTV ha añadido gradualmente muchos taxones de nivel superior utilizando relaciones en los plegamientos de proteínas. Los cuatro reinos definidos en la versión de 2019 se definen por la presencia de una proteína de una determinada familia estructural. ^{[ 13 ]}

Los virus con genoma de ADN , a excepción de los virus de transcripción inversa de ADN , pertenecen a tres de los cuatro reinos virales reconocidos : Duplodnaviria , Monodnaviria y Varidnaviria . Sin embargo, el orden incertae sedis Ligamenvirales , y muchas otras familias y géneros incertae sedis , también se utilizan para clasificar los virus de ADN. Los dominios Duplodnaviria y Varidnaviria constan de virus de ADN de doble cadena; otros virus de ADN de doble cadena son incertae sedis . El dominio Monodnaviria consta de virus de ADN de cadena simple que generalmente codifican una endonucleasa HUH ; otros virus de ADN de cadena simple son incertae sedis . ^{[ 16 ]}

• Grupo I : Los virus poseen ADN de doble cadena. Aquí se encuentran los virus que causan la varicela y el herpes .
• Grupo II : los virus poseen ADN monocatenario.

Todos los virus que tienen un genoma de ARN y que codifican una ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) son miembros del reino Orthornavirae , dentro del reino Riboviria . ^{[ 17 ]}

• Grupo III : los virus poseen genomas de ARN de doble cadena, por ejemplo, el rotavirus .
• Grupo IV : Los virus poseen genomas de ARN monocatenario de sentido positivo. Muchos virus conocidos pertenecen a este grupo, incluidos los picornavirus (una familia de virus que incluye virus conocidos como el virus de la hepatitis A, los enterovirus, los rinovirus, el poliovirus y el virus de la fiebre aftosa), el virus del SARS , el virus de la hepatitis C , el virus de la fiebre amarilla y el virus de la rubéola .
• Grupo V : los virus poseen genomas de ARN monocatenario de sentido negativo. Los virus del Ébola y de Marburgo son miembros bien conocidos de este grupo, junto con el virus de la gripe , el sarampión , las paperas y la rabia .

Todos los virus que codifican una transcriptasa inversa (también conocida como RT o ADN polimerasa dependiente de ARN) pertenecen a la clase Revtraviricetes , dentro del filo Arterviricota , reino Pararnavirae y dominio Riboviria . La clase Blubervirales contiene la única familia Hepadnaviridae de virus de ADN RT (transcripcional inversa); todos los demás virus RT pertenecen a la clase Ortervirales . ^{[ 18 ]}

• Grupo VI : Los virus poseen ARN monocatenario que se replica a través de un intermediario de ADN. Los retrovirus están incluidos en este grupo, al que pertenece el VIH .
• Grupo VII : Los virus poseen genomas de ADN de doble cadena y se replican mediante transcriptasa inversa. El virus de la hepatitis B pertenece a este grupo.

Holmes (1948) utilizó una taxonomía linneana con nomenclatura binomial para clasificar los virus en 3 grupos dentro de un orden, Virales . Se ubican de la siguiente manera:

• Grupo I: Phaginae (ataca a las bacterias)
• Grupo II: Phytophaginae (atacan a las plantas)
• Grupo III: Zoophaginae (atacan a los animales)

El sistema no fue aceptado por otros debido a que ignoraba las similitudes morfológicas. ^{[ 19 ]}

Los viriformes son una categoría polifilética de elementos virales endógenos . En algún momento de su evolución, fueron "domesticados" por su huésped como parte fundamental de su ciclo de vida. El ejemplo prototípico son los miembros de la familia (también polifilética) Polydnaviriformidae , que las avispas utilizan para introducir fragmentos de ADN que debilitan la inmunidad de sus presas, encapsulándolos en partículas similares a viriones . Otros miembros son los denominados agentes de transferencia genética (ATG), presentes en procariotas. Las partículas de ATG se asemejan a fagos con cola , pero son más pequeñas y transportan principalmente fragmentos aleatorios de ADN del huésped. Los ATG son producidos por el huésped en situaciones de estrés; su liberación mata a la célula huésped, pero permite que fragmentos de su material genético sobrevivan en otras bacterias, generalmente de la misma especie. ^{[ 26 ]} Los tres clados conocidos de GTA, Rhodogtaviriformidae , Bartogtaviriformidae y Brachygtaviriformidae , surgieron independientemente de diferentes partes del árbol genealógico de la familia Caudoviricetes . ^{[ 27 ]}