Articulo de referencia

Código YAMBO

"},"programming language":{"wt":"[[Fortran]], [[C (programming language)|C]]"},"operating system":{"wt":"[[Unix]], [[Unix-like]]"},"platform":{"wt":"[[x86]], [[x86-64]]"},"size"...

Yambo es un paquete de software para estudiar aspectos de la teoría de muchos cuerpos en sólidos y sistemas moleculares . [ 1 ] [ 2 ] Calcula las propiedades del estado excitado de sistemas físicos a partir de primeros principios , por ejemplo, a partir de leyes de mecánica cuántica sin utilizar datos empíricos. Es un software de código abierto publicado bajo la Licencia Pública General GNU (GPL). Sin embargo, el repositorio principal de desarrollo es privado y solo un subconjunto de las características disponibles en el repositorio privado se clona en el repositorio público y, por lo tanto, se distribuye. [ 3 ] El nombre Yambo no significa nada en particular; una interpretación del mismo como Yet Another Many - Body Oracle ( o incluso Yet Another Many-Body Oracle ) sería, en última instancia, extraoficial y dependería de la voluntad o preferencia del usuario. [ 4 ]

Propiedades del estado excitado

Yambo puede calcular:

Sistemas físicos

Yambo puede tratar moléculas y sistemas periódicos (tanto metálicos como aislantes) en tres dimensiones (sólidos cristalinos), dos dimensiones (superficies) y una dimensión (por ejemplo, nanotubos , nanocables , cadenas poliméricas ). También puede manejar sistemas magnéticos colineales (es decir, funciones de onda polarizadas por espín ) y no colineales ( espinores ).

Los sistemas típicos tienen un tamaño de entre 10 y 100 átomos, o entre 10 y 400 electrones, por celda unitaria en el caso de sistemas periódicos.

Métodos teóricos y aproximaciones

Yambo se basa en la teoría de perturbación de muchos cuerpos y la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo . [ 14 ] [ 15 ] Las energías de las cuasipartículas se calculan dentro de la aproximación GW [ 16 ] para la autoenergía. Las propiedades ópticas se calculan resolviendo la ecuación de Bethe-Salpeter [ 17 ] [ 18 ] o utilizando la aproximación de densidad local adiabática dentro de la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo.

Detalles numéricos

Yambo utiliza un conjunto de base de ondas planas para representar las funciones de onda electrónicas (de una sola partícula). Los electrones internos se describen con pseudopotenciales que conservan la norma . La elección de un conjunto de base de ondas planas impone la periodicidad de los sistemas. Los sistemas aislados y los sistemas que son periódicos solo en una o dos direcciones pueden tratarse utilizando un enfoque de supercelda. Para tales sistemas, Yambo ofrece dos técnicas numéricas para el tratamiento de las integrales de Coulomb: el método de corte [ 19 ] y el método de integración aleatoria.

Detalles técnicos

  • Yambo se interconecta con códigos funcionales de densidad de ondas planas: ABINIT , PWscf , CPMD y con la biblioteca ETSF-io. [ 20 ] Las utilidades que conectan estos códigos con Yambo se distribuyen junto con el programa principal.
  • El código fuente está escrito en Fortran 95 y C.
  • El código se paraleliza utilizando bibliotecas de ejecución MPI.

Interfaz de usuario

  • Yambo cuenta con una interfaz de usuario de línea de comandos. Al ejecutar el programa con una opción específica, se genera la entrada con valores predeterminados para los parámetros, que coinciden con los datos actuales del sistema.
  • Una herramienta de postprocesamiento, distribuida junto con el programa principal, ayuda con el análisis y la visualización de los resultados.

Requisitos del sistema, portabilidad

  • Sistemas basados ​​en Unix
  • Compiladores para los lenguajes de programación Fortran 95 y C
  • Opcional: Compilador PGI Fortran para la versión GPU (a partir de la versión 4.5)
  • opcional: netcdf , fftw , mpi (para ejecución paralela), etsf-io Archivado el 11/09/2009 en Wayback Machine , libxc , hdf5
  • Los requisitos de hardware dependen en gran medida del sistema físico en estudio y del nivel de teoría elegido. En el caso de la memoria de acceso aleatorio (RAM), los requisitos pueden variar desde menos de 1 GB hasta varios GB, según el problema.

Aprendiendo Yambo

El equipo de Yambo ofrece una página wiki con una lista de tutoriales y apuntes de clase . En el sitio web de Yambo también se encuentra una lista de todas las tesis realizadas con el código.

Parte no distribuida

Parte del código de YAMBO se encuentra en un repositorio privado. Estas son las funcionalidades implementadas que aún no se han distribuido:

  • energía total utilizando el teorema de fluctuación-disipación de conexión adiabática [ 21 ]
  • campo magnético [ 22 ]
  • GW autoconsistente [ 23 ]
  • Bethe-Salpeter dinámico [ 24 ]
  • Bethe-Salpeter de momento finito
  • espectroscopia en tiempo real [ 25 ]
  • núcleos avanzados para la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo (núcleo Nanoquanta [ 26 ] ).

Referencias

  1. Marini, Andrea; Hogan, Conor; Grüning, Myrta; Varsano, Daniele (2009). "yambo: Una herramienta ab initio para cálculos de estados excitados". Computer Physics Communications . 180 (8): 1392– 1403. arXiv : 0810.3118 . Bibcode : 2009CoPhC.180.1392M . doi : 10.1016/j.cpc.2009.02.003 . S2CID 8269390 . 
  2. ^ Sangalli, D; Ferretti, A; Miranda, H; Atacalita, C; Marri, yo; Cannuccia, E; Melo, P; Marsili, M; Paleari, F; Marrazzo, A; Prandini, G; Bonfá, P; Atambo, Missouri; Affinito, F; Palummo, M; Molina-Sánchez, A; Hogan, C; Grüning, M; Varsano, D; Marini, A (2019). "Cálculos de la teoría de perturbaciones de muchos cuerpos utilizando el código yambo" . Revista de Física: Materia Condensada . 31 (32): 325902. arXiv : 1902.03837 . Código Bib : 2019JPCM...31F5902S . doi : 10.1088/1361-648X/ab15d0 . PMID 30943462 . 
  3. "¿Qué puede hacer Yambo?" . Yambo . Consultado el 5 de mayo de 2021 .
  4. ^ "Preguntas frecuentes: Yambo" . Consultado el 26 de julio de 2026 .
  5. 1 2 Aulbur, Wilfried G.; Jönsson, Lars; Wilkins, John W. (2000). "Cálculos de cuasipartículas en sólidos". Física del estado sólido . Vol. 54. Elsevier. págs. 1–218 . doi : 10.1016/s0081-1947(08)60248-9 . ISBN   978-0-12-607754-4.
  6. Marini, Andrea; Del Sole, Rodolfo; Rubio, Angel; Onida, Giovanni (30 de octubre de 2002). "Efectos de la estructura de bandas de cuasipartículas en las vidas medias de los huecos del cobre dentro de la aproximación GW ". Physical Review B . 66 (16): 161104(R). arXiv : cond-mat/0208575 . Bibcode : 2002PhRvB..66p1104M . doi : 10.1103/physrevb.66.161104 . hdl : 10261/98481 . S2CID 37797921 . 
  7. Grüning, Myrta; Marini, Andrea; Gonze, Xavier (12 de agosto de 2009). "Estados de excitón-plasmón en materiales a nanoescala: ruptura de la aproximación de Tamm-Dancoff". Nano Letters . 9 (8): 2820– 2824. arXiv : 0809.3389 . Bibcode : 2009NanoL...9.2820G . doi : 10.1021/nl803717g . PMID 19637906. S2CID 28990507 .  
  8. Botti, Silvana; Sottile, Francesco; Vast, Nathalie; Olevano, Valerio; Reining, Lucia ; Weissker, Hans-Christian; Rubio, Angel; Onida, Giovanni; Del Sole, Rodolfo; Godby, RW (23 de abril de 2004). "Contribución de largo alcance al núcleo de intercambio-correlación de la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo". Physical Review B. 69 ( 15) 155112. Bibcode : 2004PhRvB..69o5112B . doi : 10.1103/physrevb.69.155112 . hdl : 10261/98108 .
  9. Botti, Silvana; Fourreau, Armel; Nguyen, François; Renault, Yves-Olivier; Sottile, Francesco; Reining, Lucia (6 de septiembre de 2005). "Dependencia energética del núcleo de intercambio-correlación de la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo: un modelo simple para sólidos". Physical Review B . 72 (12) 125203. Bibcode : 2005PhRvB..72l5203B . doi : 10.1103/physrevb.72.125203 .
  10. Marini, Andrea (4 de septiembre de 2008). "Ab InitioFinite-Temperature Excitons". Physical Review Letters . 101 (10) 106405. arXiv : 0712.3365 . Bibcode : 2008PhRvL.101j6405M . doi : 10.1103/physrevlett.101.106405 . PMID 18851235 . S2CID 35012998 .  
  11. Cannuccia, Elena; Marini, Andrea (14 de diciembre de 2011). "Efecto del movimiento atómico cuántico de punto cero en las propiedades ópticas y electrónicas del diamante y el trans-poliacetileno". Physical Review Letters . 107 (25) 255501. arXiv : 1106.1459 . Bibcode : 2011PhRvL.107y5501C . doi : 10.1103/physrevlett.107.255501 . PMID 22243089 . S2CID 44572818 .  
  12. Sangalli, Davide; Marini, Andrea; Debernardi, Alberto (27 de septiembre de 2012). "Enfoque de primeros principios basado en pseudopotenciales para el efecto Kerr magnetoóptico: De los metales a la inclusión de campos locales y efectos excitónicos". Physical Review B . 86 (12) 125139. arXiv : 1205.1994 . Bibcode : 2012PhRvB..86l5139S . doi : 10.1103/physrevb.86.125139 . S2CID 119108665 . 
  13. Hogan, Conor; Palummo, Maurizia; Del Sole, Rodolfo (2009). "Teoría del apantallamiento dieléctrico y espectroscopia de pérdida de energía de electrones en superficies" . Comptes Rendus Physique . 10 (6): 560– 574. Bibcode : 2009CRPhy..10..560H . doi : 10.1016/j.crhy.2009.03.015 . hdl : 2108/30862 .
  14. Runge, Erich; Gross, EKU (19 de marzo de 1984). "Teoría funcional de la densidad para sistemas dependientes del tiempo". Physical Review Letters . 52 (12): 997– 1000. Bibcode : 1984PhRvL..52..997R . doi : 10.1103/physrevlett.52.997 .
  15. Gross, EKU; Kohn, Walter (23 de diciembre de 1985). "Teoría funcional de la densidad local de la respuesta lineal dependiente de la frecuencia". Physical Review Letters . 55 (26): 2850– 2852. Bibcode : 1985PhRvL..55.2850G . doi : 10.1103/physrevlett.55.2850 . PMID 10032255 . 
  16. Aryasetiawan, F; Gunnarsson, O (1 de febrero de 1998). "El método GW ". Reports on Progress in Physics . 61 (3): 237– 312. arXiv : cond-mat/9712013 . Bibcode : 1998RPPh...61..237A . doi : 10.1088/0034-4885/61/3/002 . S2CID 250874552 . 
  17. Ecuación de Bethe-Salpeter: sus orígenes
  18. Strinati, G. (1988). "Aplicación del método de las funciones de Green al estudio de las propiedades ópticas de los semiconductores". La Rivista del Nuovo Cimento . 11 (12): 1– 86. Bibcode : 1988NCimR..11l...1S . doi : 10.1007/bf02725962 . S2CID 122125343 . 
  19. Rozzi, Carlo A.; Varsano, Daniele; Marini, Andrea; Gross, Eberhard KU; Rubio, Angel (26 de mayo de 2006). "Técnica exacta de corte de Coulomb para cálculos de superceldas". Physical Review B . 73 (20) 205119. arXiv : cond-mat/0601031 . Bibcode : 2006PhRvB..73t5119R . doi : 10.1103/physrevb.73.205119 . hdl : 10261/97933 . S2CID 26312984 . 
  20. Caliste, D.; Pouillon, Y.; Verstraete, MJ; Olevano, V.; Gonze, X. (2008). "Compartiendo datos de estructura electrónica y cristalográficos con ETSF_IO". Computer Physics Communications . 179 (10): 748– 758. Bibcode : 2008CoPhC.179..748C . doi : 10.1016/j.cpc.2008.05.007 .
  21. Marini, Andrea; García-González, P.; Rubio, Angel (5 de abril de 2006). "Descripción de primeros principios de los efectos de correlación en materiales estratificados". Physical Review Letters . 96 (13) 136404. arXiv : cond-mat/0510221 . Bibcode : 2006PhRvL..96m6404M . doi : 10.1103/physrevlett.96.136404 . hdl : 10261/97928 . PMID 16712011 . S2CID 13324711 .  
  22. Sangalli, Davide; Marini, Andrea (12 de octubre de 2011). "Oscilaciones anómalas de la brecha de Aharonov-Bohm en nanotubos de carbono". Nano Letters . 11 (10): 4052– 4057. arXiv : 1106.5695 . Bibcode : 2011NanoL..11.4052S . doi : 10.1021/nl200871v . PMID 21805987. S2CID 10946434 .  
  23. Bruneval, Fabien; Vast, Nathalie; Reining, Lucia (6 de julio de 2006). "Efecto de la autoconsistencia en cuasipartículas en sólidos". Physical Review B. 74 ( 4) 045102. Bibcode : 2006PhRvB..74d5102B . doi : 10.1103/physrevb.74.045102 .
  24. Marini, Andrea; Del Sole, Rodolfo (23 de octubre de 2003). "Efectos excitónicos dinámicos en metales y semiconductores". Physical Review Letters . 91 (17) 176402. arXiv : cond-mat/0308271 . Bibcode : 2003PhRvL..91q6402M . doi : 10.1103 /physrevlett.91.176402 . PMID 14611364. S2CID 8472529 .  
  25. Attaccalite, C.; Grüning, M.; Marini, A. (13 de diciembre de 2011). "Enfoque en tiempo real de las propiedades ópticas de sólidos y nanoestructuras: ecuación de Bethe-Salpeter dependiente del tiempo". Physical Review B . 84 (24) 245110. arXiv : 1109.2424 . Bibcode : 2011PhRvB..84x5110A . doi : 10.1103/physrevb.84.245110 . S2CID 118694162 . 
  26. Marini, Andrea; Del Sole, Rodolfo; Rubio, Angel (16 de diciembre de 2003). "Excitones ligados en la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo: espectros ópticos y de pérdida de energía". Physical Review Letters . 91 (25) 256402. arXiv : cond-mat/0310495 . Bibcode : 2003PhRvL..91y6402M . doi : 10.1103/physrevlett.91.256402 . PMID 14754131 . S2CID 17007016 .  
  • Sitio web oficial
  • Yambo en GitHub