Variante alfa del SARS-CoV-2

Esta variante se conoce con varios nombres. Fuera del Reino Unido , a veces se la denomina variante británica o variante inglesa , ^{[ 14 ]} a pesar de la existencia de otras variantes menos comunes identificadas por primera vez en el Reino Unido, como la variante Eta (linaje B.1.525). Dentro del Reino Unido, se la conoce comúnmente como variante de Kent , en honor a Kent , donde se descubrió. ^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]}

En el uso científico, la variante fue originalmente denominada la primera Variante en Investigación en diciembre de 2020 (VUI – 202012/01) por Public Health England (PHE), ^{[ 18 ] [ a ]} ​​pero fue reclasificada como una Variante de Preocupación ( Variante de Preocupación 202012/01 , abreviada VOC-202012/01 ) por Meera Chand y sus colegas en un informe publicado por PHE el 21 de diciembre de 2020. ^{[ b ]} En un informe escrito en nombre del Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) , Andrew Rambaut y sus coautores, utilizando la herramienta Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados (pangolín), la denominaron linaje B.1.1.7 , ^{[ 5 ]} mientras que Nextstrain denominó a la variante 20I/501Y.V1 . ^{[ 20 ]}

El nombre VOC-202102/02 se refiere a la variante con la mutación E484K (véase más abajo ). ^{[ 11 ]}

• 
  Mutaciones de aminoácidos de la variante alfa del SARS-CoV-2 representadas en un mapa genómico del SARS-CoV-2 con especial atención a la proteína Spike. ^{[ 21 ]}

Las mutaciones en el SARS-CoV-2 son comunes: se han detectado más de 4000 mutaciones solo en su proteína de espícula, según el Consorcio de Genómica de la COVID-19 del Reino Unido (COG-UK) . ^{[ 22 ]}

VOC-202012/01 se define por 23 mutaciones: 14 mutaciones no sinónimas, 3 deleciones y 6 mutaciones sinónimas ^{[ 23 ]} (es decir, hay 17 mutaciones que cambian las proteínas y seis que no lo hacen ^{[ 7 ]} ).

El 2 de febrero de 2021, Public Health England informó que había detectado "[un] número limitado de genomas B.1.1.7 VOC-202012/01 con mutaciones E484K ", ^{[ 1 ]} que también está presente en las variantes Beta y Gamma ; ^{[ 15 ]} una mutación que puede reducir la efectividad de la vacuna. ^{[ 15 ]} El 9 de febrero de 2021, se supo que se habían detectado unos 76 casos con la mutación E484K, principalmente en Bristol, pero con un grupo genómicamente distinto en Liverpool que también portaba la mutación. ^{[ 31 ]} Una semana después, un informe de investigación y análisis de PHE dio un total de 77 casos confirmados y probables que involucraban la mutación E484K en todo el Reino Unido, en dos variantes, VUI-202102/01 y VOC-202102/02, esta última descrita como 'B.1.1.7 con E484K'. ^{[ 11 ]}

El 5 de marzo de 2021, se informó que se había detectado un linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en dos pacientes estadounidenses (en los estados de Oregón y Nueva York). Los investigadores pensaron que la mutación E484K en la variante de Oregón surgió de forma independiente. ^{[ 32 ] [ 33 ]}

La transmisibilidad de la variante Alpha (linaje B.1.1.7) se había encontrado generalmente como sustancialmente más alta que la de las variantes preexistentes de SARS-CoV-2. La variante fue descubierta por un equipo de científicos en COG-UK cuyos resultados iniciales encontraron que la transmisibilidad era 70% (50-100%) más alta. ^{[ 17 ] [ 34 ]} Un estudio del Centro para el Modelado Matemático de Enfermedades Infecciosas en la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres informó que la variante era 43 a 90% (rango de intervalos creíbles del 95%, 38 a 130%) más transmisible que las variantes preexistentes en el Reino Unido , dependiendo del método utilizado para evaluar los aumentos en la transmisibilidad. Aumentos similares en la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 se midieron en Dinamarca , Suiza y los Estados Unidos . ^{[ 35 ]} Además, un modelo simple para explicar el rápido aumento del linaje B.1.1.7 en varios países y en el mundo encontró que la variante es un 50% más transmisible que el tipo silvestre local en estos tres países y en todo el mundo. ^{[ 36 ]} Otro estudio concluyó que era un 75% (70%–80%) más transmisible en el Reino Unido entre octubre y noviembre de 2020. ^{[ 37 ]} Un estudio posterior sugirió que estas estimaciones anteriores sobreestimaron la transmisibilidad de la variante y que el aumento de la transmisibilidad estaba en los extremos inferiores de estos rangos. ^{[ 38 ] [ 39 ]}

El Ministerio de Salud, Bienestar y Deporte de los Países Bajos calculó, basándose en la secuenciación del genoma de los casos positivos, cada semana la tasa de transmisibilidad de la variante en comparación con el tipo salvaje local, y encontró que fluctuó entre un 28 % y un 47 % más alta durante las primeras seis semanas de 2021. ^{[ 40 ]} El Instituto Estatal Suero de Dinamarca , en comparación, calculó que era un 55 % (48 %-62 %) más transmisible en Dinamarca basándose en el desarrollo observado de su frecuencia relativa del 4 de enero al 12 de febrero de 2021. ^{[ 41 ]} El Instituto de Medicina Social y Preventiva (ISPM) de la Universidad de Berna calculó la transmisibilidad del linaje B.1.1.7 basándose en el desarrollo semanal de su fracción observada de todos los positivos de Covid-19 durante toda la pandemia, y encontró para intervalos de confianza del 95 % bajo el supuesto de un número de reproducción del tipo salvaje Rw≈1 y un tiempo de generación exponencial de 5,2 días, que la transmisibilidad fue: 52 % (45%–60%) más alto en comparación con el tipo silvestre en Dinamarca y 51% (42%-60%) más alto en comparación con el tipo silvestre en Suiza. ^{[ 42 ]}

El 18 de diciembre de 2020, al inicio de la evaluación de riesgos de la variante, el organismo asesor científico del Reino Unido, New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (NERVTAG), concluyó que tenía una confianza moderada en que VOC-202012/01 era sustancialmente más transmisible que otras variantes, pero que no había datos suficientes para llegar a ninguna conclusión sobre el mecanismo subyacente del aumento de la transmisibilidad (por ejemplo, aumento de la carga viral, distribución tisular de la replicación del virus, intervalo serial, etc.), la distribución por edad de los casos o la gravedad de la enfermedad. ^{[ 29 ]} Los datos vistos por NERVTAG indicaron que el número de reproducción relativo ("ventaja multiplicativa") se determinó en 1,74, es decir, la variante es un 74 % más transmisible, asumiendo un intervalo generacional de 6,5 días. Se demostró que la variante creció rápidamente de forma exponencial con respecto a las otras variantes. ^{[ 43 ] [ 44 ] [ 45 ]} La variante superó a la variante ancestral por un factor de${\displaystyle 1,74^{14/6,5}=3,3}$cada dos semanas. Otro grupo llegó a conclusiones similares, generando una ventaja replicativa, independiente de las "medidas de protección", de 2,24 por generación de 6,73 días, superando a la variante ancestral por${\displaystyle 2,24^{14/6,73}=5,4}$cada dos semanas. ^{[ 46 ]} De manera similar, en Irlanda, la variante —como lo indica la detección del gen S faltante ^{[ c ]} ( fallo del objetivo del gen S [SGTF]), que históricamente era raro— pasó del 16,3% al 46,3% de los casos en dos semanas. Esto demuestra, con base en las estadísticas de 116 muestras positivas, que la variante tuvo un crecimiento relativamente mayor por un factor de${\displaystyle 46.3\%\cdot (100\%-16.3\%)/((100\%-46.3\%)\cdot 16.3\%)=4.4}$, en comparación con el crecimiento promedio de todas las demás variantes al final de este período de dos semanas. ^{[ 48 ]} La variante se convirtió en la variante dominante en Londres, el este de Inglaterra y el sureste desde niveles bajos en uno o dos meses. Un aumento repentino de las infecciones por SARS-CoV-2 alrededor del comienzo del nuevo año fue el resultado de la elevada transmisibilidad de la variante, mientras que las otras variantes estaban en declive. ^{[ 49 ] [ 50 ] [ 51 ]}

Uno de los cambios más importantes en el linaje B.1.1.7 parece ser N501Y , ^{[ 22 ]} un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición 501 del aminoácido. ^{[ 52 ]} Esto se debe a su posición dentro del dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína espiga, más específicamente dentro del motivo de unión al receptor (RBM), ^{[ 53 ]} una parte del RBD ^{[ 54 ]} que se une a la ACE2 humana . ^{[ 55 ]} Las mutaciones en el RBD pueden cambiar el reconocimiento de anticuerpos y la especificidad de unión a ACE2 ^{[ 55 ]} y hacer que el virus se vuelva más infeccioso ; ^{[ 22 ]} Chand et al. concluyó que "[i]s muy probable que N501Y afecte la afinidad de unión al receptor de la proteína de la espícula, y es posible que esta mutación sola o en combinación con la deleción en 69/70 en el dominio N-terminal (NTD) esté aumentando la transmisibilidad del virus". ^{[ 56 ]} A principios de 2021, un artículo revisado por pares encontró que la mencionada deleción HV 69-70 in vitro "parecía tener una infectividad dos veces mayor en una sola ronda de infección en comparación con [ SARS-CoV-2 de tipo salvaje ] " en pseudovirus lentivirales de SARS-CoV-2 . ^{[ 57 ]}

Utilizando un enfoque in silico, Shahhosseini et al. demostraron que la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 forma un enlace de hidrógeno más corto (longitud de 2,94 Å) que su contraparte en el residuo variante de tipo silvestre (WT) N501, lo que indica que en el linaje B.1.1.7 el RBD y hACE2 tienen una interacción estable. Además, la mutación Y501 en el linaje B.1.1.7 contribuye más negativamente a la energía libre de unión (BFE) (-7,18 kcal/mol) que su contraparte en el residuo variante WT N501 (-2,92 kcal/mol). Como resultado de combinar los resultados de BFE e interacción molecular, la mutación N501Y en el RBD fortalece la afinidad de unión del RBD del SARS-CoV-2 a hACE2. ^{[ 58 ]}

En un análisis detallado de afinidad y cinética de la interacción entre el RBD de Spike y ACE2, se encontró que la mutación N501Y aumenta significativamente la afinidad de unión entre el RBD y ACE2 en aproximadamente 10 veces, como resultado de un aumento de 1,8 veces en la constante de velocidad de asociación (kon) y una disminución de 7 veces en la constante de velocidad de disociación (koff). ^{[ 59 ]}

Estudios de cohortes emparejadas de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) encontraron una tasa de mortalidad más alta que las variantes circulantes anteriores en general, ^{[ 60 ] [ 61 ]} pero no en pacientes hospitalizados. ^{[ 62 ]} Un estudio ecológico no encontró diferencias en la mortalidad general. ^{[ 63 ]}

Inicialmente, el NERVTAG declaró el 18 de diciembre de 2020 que no había datos suficientes para llegar a una conclusión sobre la gravedad de la enfermedad. En la rueda de prensa del primer ministro Boris Johnson al día siguiente, los funcionarios dijeron que, hasta esa fecha, no había "ninguna evidencia" de que la variante causara una mayor mortalidad o se viera afectada de manera diferente por las vacunas y los tratamientos; ^{[ 64 ]} Vivek Murthy estuvo de acuerdo con esto. ^{[ 65 ]} Susan Hopkins , asesora médica conjunta del NHS Test and Trace y Public Health England (PHE), declaró a mediados de diciembre de 2020: "Actualmente no hay evidencia de que esta cepa cause una enfermedad más grave, aunque se está detectando en una amplia zona geográfica, especialmente donde se están detectando más casos". ^{[ 22 ]} Aproximadamente un mes después, sin embargo, el 22 de enero de 2021, Johnson dijo que "hay algunas pruebas de que la nueva variante [VOC-202012/01]... puede estar asociada con un mayor grado de mortalidad", aunque Sir Patrick Vallance , el asesor científico principal del gobierno , recalcó que aún no hay pruebas suficientes para estar completamente seguros de ello. ^{[ 66 ]}

En un artículo que analizaba doce estudios diferentes sobre la tasa de mortalidad del linaje B.1.1.7 en relación con otros linajes, se encontró que tenía una tasa de mortalidad más alta (71% según LSHTM, 70% según la Universidad de Exeter, 65% según Public Health England y 36% según el Imperial College London), y NERVTAG concluyó: "Con base en estos análisis, es probable que la infección con VOC B.1.1.7 esté asociada con un mayor riesgo de hospitalización y muerte en comparación con la infección con virus no VOC". ^{[ 67 ]} Los resultados de los estudios de mortalidad se asociaron con cierta incertidumbre e intervalos de confianza altos, debido a un tamaño de muestra limitado relacionado con el hecho de que el Reino Unido solo analizó el estado VOC para el 8% de todas las muertes por COVID-19. ^{[ 68 ]}

Un estudio de casos y controles realizado en el Reino Unido con 54.906 participantes que dieron positivo por SARS-CoV-2 entre el 1 de octubre de 2020 y el 29 de enero de 2021 en la comunidad (sin incluir a personas vulnerables de centros de atención y otras instituciones públicas) informó que los pacientes infectados con la variante alfa (VOC 202012/1) tenían una razón de riesgo de muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba de 1,64 (intervalo de confianza del 95 %: 1,32-2,04), en comparación con pacientes similares que dieron positivo por otras variantes del SARS-CoV-2. ^{[ 69 ]} También en el Reino Unido, un análisis de supervivencia de 1.146.534 participantes que dieron positivo para SARS-CoV-2 entre el 1 de noviembre de 2020 y el 14 de febrero de 2021, incluyendo personas en la comunidad y en residencias de ancianos y centros de atención, encontró una razón de riesgo de 1,61 (intervalo de confianza del 95% 1,42–1,82) para la muerte dentro de los 28 días posteriores a la prueba entre las personas infectadas con el linaje B.1.1.7; no se encontraron diferencias significativas en el mayor riesgo de muerte asociado con el linaje B.1.1.7 entre personas que difieren en edad, sexo, etnia, nivel de privación o lugar de residencia. ^{[ 61 ]} Ambos estudios ajustaron la mortalidad por COVID-19 variable por región geográfica y a lo largo del tiempo, corrigiendo los posibles sesgos debidos a diferencias en las tasas de pruebas o diferencias en la disponibilidad de servicios hospitalarios a lo largo del tiempo y el espacio. ^{[ 61 ] [ 69 ]}

Un estudio danés encontró que las personas infectadas por el linaje B.1.1.7 tenían un 64% (32%–104%) más de probabilidades de ser ingresadas en hospitales en comparación con las personas infectadas por otro linaje. ^{[ 70 ]}

La secuenciación genética de VOC-202012/01 ha mostrado una mutación Q27stop que "trunca la proteína ORF8 o la vuelve inactiva". ^{[ 5 ]} Un estudio anterior de variantes de SARS-CoV-2 que eliminaron el gen ORF8 señaló que "se han asociado con síntomas más leves y un mejor resultado de la enfermedad". ^{[ 71 ]} El estudio también señaló que "la ORF8 del SARS-CoV-2 es una proteína similar a la inmunoglobulina (Ig) que modula la patogénesis ", que "la ORF8 del SARS-CoV-2 media la degradación del complejo mayor de histocompatibilidad I (MHC-I)" y que "la ORF8 del SARS-CoV-2 suprime la respuesta antiviral mediada por el interferón tipo I (IFN)". ^{[ 71 ]}

En referencia a la posición del aminoácido 501 dentro de la proteína de la espícula, Chand et al. concluyeron que "es posible que las variantes en esta posición afecten la eficacia de la neutralización del virus" ^{[ 56 ]} , pero señalaron que "actualmente no hay datos de neutralización sobre N501Y disponibles a partir de sueros policlonales de infección natural" ^{[ 56 ]} . Sin embargo, la deleción HV 69-70 se ha descubierto "en virus que eludieron la respuesta inmune en algunos pacientes inmunocomprometidos " ^{[ 72 ]} y también se ha encontrado "en asociación con otros cambios en el RBD " ^{[ 56 ] .}

El primer caso probablemente ocurrió a mediados de septiembre de 2020 en Londres o Kent , Reino Unido. ^{[ 90 ]} La variante fue secuenciada en septiembre. ^{[ 91 ]} Al 13 de diciembre de 2020, se habían identificado 1108 casos con esta variante en el Reino Unido en casi 60 autoridades locales diferentes. Estos casos se encontraban predominantemente en el sureste de Inglaterra . La variante también se ha identificado en Gales y Escocia. ^{[ 92 ]} Para noviembre, alrededor de una cuarta parte de los casos de la pandemia de COVID-19 en Londres estaban siendo causados ​​por la nueva variante, y para diciembre, esa cifra era de un tercio. ^{[ 93 ]} A mediados de diciembre, se estimó que casi el 60 por ciento de los casos en Londres involucraban Alpha. ^{[ 94 ]} Para el 25 de enero de 2021, el número de casos confirmados y probables en el Reino Unido había aumentado a 28 122. ^{[ 95 ]}

La variante se volvió dominante para:

• Sureste de Inglaterra en la semana 48, la última semana de noviembre de 2020. ^{[ 43 ]}
• Inglaterra en la semana 51 de 2020. ^{[ 96 ]}
• Reino Unido en la semana 52 de 2020. ^{[ 77 ]}
• Escocia e Irlanda del Norte en la semana 1 de 2021. ^{[ 79 ]}
• Gales en la semana 2 de 2021. ^{[ 79 ]}
• Irlanda en la semana 2 de 2021. ^{[ 48 ]}

En Bulgaria, la secuenciación del genoma encontró que la variante era dominante con un 52,1% en la semana 4, seguido de un 73,4% en la semana 9. ^{[ 97 ]}

También en Eslovaquia, una prueba RT-PCR Multiplex DX capaz de detectar las 2 deleciones específicas para el linaje B.1.1.7 (ΔH69/ΔV70 y ΔY144), ^{[ 98 ]} encontró por primera vez la variante a nivel nacional en el 74% de los casos el 3 de febrero (semana 5), ​​seguida del 72% de los casos el 15 de febrero (semana 7), y luego aumentó al 90% de los casos el 3 de marzo (semana 9). ^{[ 99 ]} La misma prueba encontró anteriormente el 8 de enero una prevalencia de la variante del 36% en el distrito de Michalovce y del 29% en Nitra . ^{[ 100 ]}

En Israel, la variante se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma el 23 de diciembre de 2020. ^{[ 101 ]} Sin embargo, Leumit Health Care Services analizó con la prueba indirecta RT-PCR (SGTF) y encontró la variante en una tasa del 3-4% el 15 de diciembre. ^{[ 102 ]} El Ministerio de Salud nacional estimó, basándose en la secuenciación del genoma, que la prevalencia de la variante se volvió dominante (70%) el 6 de febrero ^{[ 103 ]} seguida del 90% el 16 de febrero. ^{[ 104 ]}

En Luxemburgo, una secuenciación genómica semanal reveló que la variante pasó del 0,3 % (semana 51) a ser dominante con una proporción del 53,0 % en la semana 5, aunque los resultados podrían no ser totalmente representativos debido a que no se aplicó ninguna corrección por el posible sesgo de selección derivado del rastreo de contactos, los viajeros de aeropuertos y los brotes locales. La secuenciación genómica de un grupo de prueba aleatorio representativo de la población, sin sesgo de selección, se llevó a cabo desde la semana 6 y confirmó el estado dominante de la variante con una tasa del 54,1 % (semana 6) que aumentó al 62,8 % (semana 9), mientras que la variante Beta competidora (linaje B.1.351) se encontró en el 18,5 % en la semana 9. ^{[ 105 ]}

En Dinamarca, la variante pasó del 0,3 % (semana 46 de 2020) a ser dominante con el 65,9 % (semana 7 de 2021), y aumentó aún más hasta el 92,7 % (semana 10); con una prevalencia regional que osciló entre el 87,3 % en la región de Jutlandia del Norte y el 96,1 % en la región de Dinamarca Central . ^{[ 106 ]} El crecimiento observado de la proporción relativa de la variante estuvo en plena concordancia con el pronóstico modelado anterior, ^{[ 41 ]} que había predicho la dominancia (más del 50 %) alrededor de mediados de febrero y una prevalencia de alrededor del 80 % del total de variantes circulantes a principios de marzo. ^{[ 107 ]} En comparación, la secuenciación del genoma solo encontró la variante Beta competitiva en el 0,4 % de los casos positivos (9 veces de 2315 pruebas) en la semana 10. ^{[ 108 ] [ 109 ]}

En los Países Bajos, una secuenciación genómica aleatoria reveló que la variante pasó del 1,3 % de los casos en la semana 49 a una proporción dominante del 61,3 % en la semana 7, seguida del 82,0 % en la semana 9; mientras que la variante Beta, en comparación, se encontró en el 3,0 % en la semana 9. ^{[ 74 ]} En Ámsterdam, la variante Alfa (linaje B.1.1.7) pasó del 5,2 % (semana 52) al 54,5 % (semana 6). ^{[ 110 ]}

En Noruega, se encontró que la variante mediante secuenciación del genoma creció del 5,7 % (semana 1) a la dominancia en un 58,4 % (semana 7), seguido del 65,0 % (semana 8). ^{[ 111 ]} Otro estudio amplio que comprende resultados tanto de secuenciación del genoma como de pruebas indirectas de PCR, con una muestra de más de 1000 pruebas por semana (desde la semana 4), encontró al mismo tiempo que la variante creció del 2,0 % (semana 48) a la dominancia en un 60,0 % (semana 7), seguido del 72,7 % en la semana 10, mientras que solo el 2,2 % de los casos en comparación fueron encontrados de la variante Beta. ^{[ 112 ]} La variante regionalmente tuvo su mayor participación en el condado de Oslo y Viken , ^{[ 113 ]} aumentando del 18% al 90% de las muestras analizadas en Oslo del 20 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida de datos un poco menor en 50-70% el 23 de febrero); mientras que aumentó del 21% al 80% de las muestras analizadas en Viken del 25 de enero al 23 de febrero (aunque con la estimación corregida de datos un poco menor en 50% el 23 de febrero). ^{[ 114 ]} Para el período del 15 de febrero al 14 de marzo, el estudio combinado de secuenciación del genoma y pruebas proxy de PCR, también encontró que la variante Alfa tenía una tasa dominante de más del 50% para 8 de las 11 regiones, con su tasa más alta (82%) encontrada para Oslo; mientras que la región de Nordland era diferente de todas las demás regiones al tener solo un 6% de casos de Alfa junto con un dominante 88% de casos representados por la variante Beta. ^{[ 112 ]}

En Portugal, la variante representada según una encuesta nacional de secuenciación del genoma: 16,0% de las infecciones por Covid-19 durante el 10-19 de enero (semana 2), ^{[ 115 ]} seguida de un dominante 58,2% en la semana 6. ^{[ 116 ]} Una prueba proxy nacional de RT-PCR basada en observaciones de SGTF y SGTL, encontró la variante a una tasa del 33,5% en la semana 4, pero luego observó un ritmo de desaceleración para el aumento semanal de la proporción de la variante (razón desconocida), y según este estudio solo se volvió dominante en el 50,5% (91,8% de 55,0% SGTFL) en la semana 8, seguida del 64,3% (91,8% de 70% SGTFL) en la semana 10. ^{[ 75 ]}

En Italia, la variante Alfa representó el 17,8% de los casos a nivel nacional entre el 4 y el 5 de febrero (semana 5), ^{​​[ 117 ]} seguida del 54,0% el 18 de febrero (semana 7). La prevalencia regional para la semana 7 osciló entre el 0% en el Valle de Aosta (aunque solo se analizó una muestra) y el 93,3% en Molise . En la semana 7, la variante Gamma, que compite con la anterior , tuvo una prevalencia del 4,3% (con un rango regional entre el 0% y el 36,2%) y la variante sudafricana una prevalencia del 0,4% (con un rango regional entre el 0% y el 2,9%). ^{[ 118 ]}

En Suiza, un estudio semanal nacional de secuenciación del genoma reveló que la variante Alfa pasó del 0,05 % (semana 51) a un dominante 58,2 % de los casos en la semana 8, seguido del 71,1 % en la semana 9. ^{[ 76 ]} Esto coincidió plenamente con un modelo del 9 de febrero que había pronosticado el predominio a mediados de febrero. ^{[ 119 ]} En comparación, la variante Beta, su competidora, solo se detectó a nivel nacional en el 1,0 % de los casos positivos en la semana 9. ^{[ 76 ]}

En Bélgica, la secuenciación del genoma de muestras seleccionadas aleatoriamente después de excluir todas las muestras de pruebas dirigidas activas relacionadas con brotes locales o viajes (creando una muestra nacional estadísticamente representativa con un tamaño de muestra igual al 4,4 % de todas las pruebas positivas de COVID-19), encontró que la proporción de la variante Alfa aumentó del 7,1 % en la semana 1 a un dominante 51,5 % en la semana 7, seguido del 79,3 % en la semana 10. ^{[ 120 ]} La variante se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma dirigida en la semana 49, pero debido a un tamaño de muestra pequeño (no aleatorio y menos de 100 pruebas por semana), no se pudieron determinar datos fiables sobre la proporción de la variante antes de la semana 1. ^{[ 121 ]} La prueba indirecta para la variante (RT-PCR SGTF) también se realizó para un tamaño de muestra igual al 25,8 % de todas las pruebas positivas de COVID-19, y encontró una tasa dominante de SGTF del 54,8 % para la semana 10. En comparación, se encontró que la variante Beta competidora estaba en 3,6% y la variante Gamma tuvo una prevalencia del 1,8% en la semana 10. ^{[ 120 ]}

En Francia, los científicos pronosticaron con precisión que la variante Alfa (VOC-202012/01) probablemente se volvería dominante en todo el país alrededor de la semana 8-11 de 2021. ^{[ 122 ]} Una encuesta nacional de muestras positivas de COVID-19 seleccionadas al azar, analizadas primero mediante una prueba de detección RT-PCR y posteriormente confirmadas mediante secuenciación del genoma, reveló que la variante pasó de una proporción del 3,3 % (388/11916) entre el 7 y el 8 de enero (semana 1) ^{[ 123 ]} al 13,3 % (475/3561) el 27 de enero (semana 4), ^{[ 85 ]} seguido del 44,3 % (273/615 ) el 16 de febrero (semana 7). ^{[ 85 ]} En la semana 8, se encontró que la variante tenía una participación dominante del 56,4 % (758/1345 ) según los resultados interpretables de una encuesta semanal de secuenciación del genoma que comprende el 0,9 % de todas las pruebas positivas de COVID-19, o el 59,5 % según una encuesta de RT-PCR específica de la variante que analiza el 54 % de todas las pruebas positivas de COVID-19. ^{[ 124 ]} En la semana 10, se encontró que la variante tenía una participación del 71,9 % según una encuesta de RT-PCR específica de la variante que analiza el 56,9 % de todas las pruebas positivas de COVID-19. La propagación de la variante varió regionalmente en los 96 departamentos de la Francia metropolitana durante la semana 10, con 91 departamentos por encima del 50 % y 5 departamentos con entre el 30 % y el 50 % (entre los que destacó el departamento de Mosela, en particular, por encontrar una alta tasa del 38,3 % de la variante Beta competidora, que, a pesar de haber disminuido desde un valor dominante del 54,4 % en la semana 8, seguía estando significativamente por encima del promedio nacional del 5,0 % para esta variante específica). ^{[ 125 ]}

En Austria, la Agencia para la Salud y la Seguridad Alimentaria (AGES) recopiló datos de pruebas específicas de RT-PCR para la variante N501Y, combinados con análisis posteriores de secuenciación del genoma, y ​​descubrió que la variante aumentó del 7,2 % (semana 1) a un dominante 61,3 % (semana 8), seguido de un 61,2 % en la semana 9 y un 48,3 % en la semana 10. Si todas las pruebas positivas para N501Y se hubieran analizado mediante secuenciación del genoma, estos porcentajes podrían haber sido aún mayores; por ejemplo, podrían haber sido un 2,4 % más altos en la semana 1, un 23,0 % más altos en la semana 7, un 4,0 % más altos en la semana 8, un 6,8 % más altos en la semana 9 y un 25,4 % más altos en la semana 10. La variante Beta, que compite con la variante anterior, solo se encontró a nivel nacional en el 0,3 % de los casos positivos en la semana 10, y en la región del Tirol , donde había sido más prevalente. - Su participación disminuyó del 24,5% en la semana 4 a solo el 1,9% en la semana 10. Regionalmente, se encontró que Alpha era dominante con más del 50% en 7 de las 9 regiones , siendo las únicas dos excepciones Tirol y Vorarlberg . ^{[ 126 ]}

En Alemania, la mayor y probablemente más representativa encuesta nacional publicada por el Instituto Robert Koch (denominada RKI-Testzahlerfassung ) determinó la proporción de variantes circulantes de COVID-19 durante la última semana mediante el análisis de 53.272 muestras positivas de COVID-19, ya sea por secuenciación genómica o pruebas indirectas de RT-PCR. Los datos se recopilaron de forma voluntaria en 84 laboratorios del sector universitario, de investigación, clínico y ambulatorio, distribuidos uniformemente por todo el país. La encuesta no utilizó ponderaciones ni criterios de selección de datos para garantizar la representatividad geográfica, pero, debido a su gran tamaño muestral, podría considerarse representativa en cierta medida del promedio nacional. Según la encuesta RKI-Testzahlerfassung , la variante pasó de una proporción del 2,0 % (semana 2) a una proporción dominante del 54,5 % (semana 9), seguida del 63,5 % en la semana 10. En comparación, la variante Beta competidora solo se encontró a nivel nacional en el 0,9 % de los casos positivos en la semana 10. ^{[ 127 ]}

En Malta, la variante se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma el 30 de diciembre de 2020, ^{[ 128 ]} y representó el 8% de los casos positivos en la semana 7. ^{[ 129 ]} Se introdujo una nueva prueba RT-PCR específica para la variante para la vigilancia, ^{[ 130 ]} donde los primeros resultados informados el 10 de marzo revelaron que la variante ahora representaba el 61% de los casos a nivel nacional. ^{[ 131 ]}

En Suecia, las autoridades nacionales esperaban inicialmente que la variante se volviera dominante alrededor de la semana 12-14 bajo el supuesto de un aumento del 50% en la transmisibilidad en comparación con el virus original. ^{[ 132 ]} En promedio, se encontró que la proporción de la variante creció del 10,8% (semana 4) al 36,9% (semana 7) en cinco de sus regiones del sur ( Skåne , Västra Götaland , Västmanland , Gävleborg y Örebro ). ^{[ 133 ]} Para la semana 7, la proporción de la variante también se calculó por primera vez en 30,4% como promedio general para 19 de las 21 regiones suecas (que oscila entre el 3,3% en Blekinge y el 45% en Gävleborg). Para la semana 9, la proporción de la variante se calculó en un dominante 56,4% como promedio general para las 19 regiones (con un rango del 16% en Kronoberg al 72% en Gävleborg). Para la semana 10, se calculó que la proporción de la variante había aumentado aún más hasta el 71,3% como promedio general para las 19 regiones (con un rango del 40% en Kronoberg al 84% en Jönköping ). Aunque no se aplicaron ponderaciones geográficas para garantizar la representatividad geográfica del promedio calculado para las 19 regiones, la muestra total de 12.417 pruebas de variantes representó el 43,1% de todas las pruebas PCR positivas de COVID-19 para la semana 10, lo que sugiere que el resultado de la encuesta podría estar cerca de representar el promedio real para el país en su conjunto. ^{[ 86 ]}

En el microestado de Liechtenstein , el primer caso de Alpha se detectó el 19 de diciembre de 2020. Durante toda la pandemia, se detectaron 67 casos positivos de PCR para VOC-N501Y, que comprenden 58 casos de Alpha, 1 de Beta (detectado el 1 de febrero) y 8 casos no identificados de N501Y (del 10 de diciembre al 22 de febrero), hasta el 18 de marzo de 2021. El promedio semanal de cada día calculado como promedio móvil de 7 días para la proporción de todos los casos detectados de VOC-N501Y (que es un buen indicador de Alpha en Liechtenstein), fue del 10,9 % en la semana 5, seguido de un dominante 52,2 % en la semana 9 (donde 8 de 15 pruebas resultaron ser Alpha); y aumentó aún más hasta el 73,4 % en la semana 10 (donde 6 de 9 pruebas resultaron ser Alpha). ^{[ 134 ]}

En España, la proporción de la variante se estimó a nivel nacional en un 5%-10% de los casos el 29 de enero, ^{[ 135 ]} seguido de un 20%-25% de los casos el 18 de febrero ^{[ 136 ] [ 137 ]} y un 25%-30% de los casos el 22 de febrero, ^{[ 138 ]} y se estimó que era dominante con más del 50% a partir del 3 de marzo (semana 9). ^{[ 139 ]} A partir de la semana 10, la prevalencia de la variante osciló entre el 18,3% y el 97,0% para las 17 regiones , con todas menos dos regiones con una tasa dominante superior al 50%: ^{[ 140 ]}

• Extremadura no ha facilitado datos .
• 18,3% en la semana 10 en Aragón .
• 27,0% para la semana 7 en las Islas Canarias .
• 51,3% en la semana 8 en Castilla y León .
• 52,2% en la semana 10 en Valencia .
• 52,8% para la semana 10 en Castilla–La Mancha .
• 53,3% en la semana 4 en Galicia .
• 59,5% en la semana 9 en La Rioja .
• 59,7% en la semana 10 en Madrid .
• 61,6% en la semana 11 en Andalucía .
• 76,1% en la semana 10 en las Islas Baleares .
• 76,7% en la semana 10 en Murcia .
• 77,4% en la semana 10 en el País Vasco .
• 77,8% en la semana 10 en Navarra .
• 83,1% en la semana 10 en Cantabria .
• 84,6% en la semana 9 en Cataluña .
• 97,0% para la semana 10 en Asturias .

En Polonia, una encuesta nacional entre profesores infectados llevó a los expertos a estimar que la proporción de la variante era de entre el 5 % y el 10 % a nivel nacional a fecha de 11 de febrero, ^{[ 141 ]} mientras que el ECDC informó de que era del 9 % a fecha de 15 de febrero. ^{[ 142 ]} Según el ministro de Sanidad, Adam Niedzielski , la variante se encontró a una tasa del 5 % en los primeros estudios de la segunda quincena de enero, y luego aumentó en diez puntos porcentuales cada diez días, hasta que se convirtió en dominante a nivel nacional con una tasa del 52 % el 16 de marzo (semana 11). ^{[ 143 ] [ 144 ]} A nivel regional, la variante ya había superado el 70 % para Warmia-Masuria y Pomerania entre el 22 y el 23 de febrero (semana 8), ^{[ 145 ]} e incluso alcanzó el 90 % para el Voivodato de Gran Polonia el 17 de marzo (semana 11). ^{[ 146 ]}

En Finlandia, no se había realizado ninguna encuesta nacional estadísticamente representativa hasta febrero de 2021, ya que la secuenciación del genoma nacional se centró principalmente en un análisis más profundo de muestras positivas de COVID-19 de viajeros y grupos de brotes locales. ^{[ 147 ]} El Hospital Universitario de Helsinki (HUS), que opera en el Distrito Hospitalario de Helsinki y Uusimaa , encontró la variante en el 10% de todas las muestras recogidas aleatoriamente durante unos días antes del 14 de febrero en la región de la capital (también conocida como la circunscripción de Helsinki y la circunscripción de Uusimaa ). Para la región de la capital, se modeló que la variante se volvería dominante (más del 50%) en la segunda quincena de marzo (semanas 11-13). ^{[ 148 ]}

En Islandia , las autoridades nacionales implementaron un estricto régimen de tres pruebas y cuarentena para todas las personas que ingresan al país desde el extranjero, que hasta ahora ha logrado evitar que nuevos COV infecciosos se establezcan en el país. Al 4 de marzo, un total de 90 viajeros habían dado positivo por la variante alfa en las fronteras de Islandia y los 20 casos nacionales adicionales estaban todos estrechamente relacionados con los casos fronterizos, sin casos relacionados con la transmisión comunitaria. ^{[ 149 ]}

En Estados Unidos, la variante apareció por primera vez a finales de noviembre de 2020, ^{[ 150 ]} creció desde el 1,2 % a finales de enero y se volvió predominante hacia finales de marzo. ^{[ 151 ] [ 152 ]} La propagación de la variante se concentró principalmente en el Alto Medio Oeste del país, especialmente en los estados de Michigan y Minnesota , pero no logró propagarse en altas concentraciones a otras partes del país. ^{[ 153 ]}

En Canadá, la variante apareció por primera vez en Ontario a finales de diciembre de 2020. ^{[ 154 ]} Para el 13 de febrero, se había extendido a las diez provincias. ^{[ 155 ]} Las pruebas y la confirmación de la variante Alfa (linaje B.1.1.7) en muestras positivas de COVID-19 han sido inconsistentes en todo el país. ^{[ 156 ]} El 3 de febrero, la provincia de Alberta fue la primera en examinar todas las muestras positivas de COVID-19 para variantes preocupantes. ^{[ 156 ] [ 157 ]} Al 23 de marzo, la variante Alfa se había detectado en 5812 casos, y era más prevalente en la provincia de Alberta . ^{[ 158 ]} En Ontario, un estudio combinado de RT-PCR (N501Y) y secuenciación del genoma encontró que todos los VOC representaban el 4,4 % de todos los positivos de COVID-19 el 20 de enero (semana 3), y que Alfa comprendía el 99 % de todos esos VOC. ^{[ 159 ]} Los laboratorios de Salud Pública de Ontario encontraron la variante en cerca del 7% de todos los casos positivos de COVID-19 en la semana 5, lo que representa el 97% (309/319) de todos los VOC detectados. ^{[ 160 ]} Alfa se convirtió en la variante dominante alrededor del 16 de marzo; el 53% de todos los casos positivos fueron VOC, y se presumió que el 97% de los VOC fueron Alfa. ^{[ 161 ]} En Quebec , donde la variante también estaba muy extendida, se esperaba que se convirtiera en dominante a finales de marzo o en abril. ^{[ 162 ]}

Los siguientes países adicionales no informaron sobre las proporciones de variantes, pero es probable que tengan una proporción significativa presente debido a que encontraron más de 50 casos confirmados por secuenciación del genoma completo al 13 de marzo de 2021: ^{[ 176 ]}

• Turquía (486 casos)
• Finlandia (268 casos)
• Australia (140 casos)
• Chile (124 casos)
• Croacia (121 casos)
• Nigeria (113 casos)
• Corea del Sur (90 casos)
• Eslovenia (87 casos)
• Letonia (83 casos)
• India (81 casos)
• Rumania (76 casos)
• Ghana (67 casos)
• Singapur (66 casos)
• Nueva Zelanda (63 casos)
• Macedonia del Norte (53 casos)
• Brasil (53 casos)
• Taiwán (32 casos)

La base de datos GISAID, que contiene todos los genomas secuenciados de COVID-19, calcula para cada país, durante las últimas cuatro semanas, una "Frecuencia Genómica de Variantes Relativas" promedio para las muestras enviadas. Sin embargo, estas frecuencias observadas están sujetas a sesgos de muestreo y notificación, y no representan la prevalencia exacta de las variantes debido a la falta de representatividad estadística. ^{[ 176 ]}

La mutación N501Y surgió de forma independiente en múltiples ocasiones y en diferentes ubicaciones:

• En abril de 2020, se observó por primera vez en algunas secuencias aisladas en Brasil . ^{[ 252 ]}
• En junio de 2020, la mutación apareció en un linaje australiano . ^{[ 252 ]}
• En julio de 2020, (según el Dr. Julian Tang, de la Universidad de Leicester ) N501Y apareció en un linaje que circulaba en Estados Unidos . ^{[ 252 ]}
• En septiembre de 2020, se encontró en un linaje en Gales , que evolucionó de forma independiente y era diferente del linaje B.1.1.7. ^{[ 52 ]}
• En septiembre de 2020, ^{[ 2 ]} el linaje B.1.1.7 (501Y.V1), mucho más transmisible y extendido, fue detectado por primera vez en Kent (Inglaterra). ^{[ 5 ]}
• En octubre de 2020, otra variante altamente transmisible de interés denominada linaje B.1.351 (501Y.V2, variante Beta ) fue detectada por primera vez mediante secuenciación del genoma en Nelson Mendela Bay (Sudáfrica). ^{[ 253 ]} El análisis filogeográfico sugiere que este linaje surgió ya en julio o agosto de 2020. ^{[ 254 ]}
• En diciembre de 2020, ^{[ 255 ]} se detectó en Manaus (Brasil) otra variante altamente transmisible denominada linaje P.1 (501Y.V3, variante Gamma ). ^{[ 256 ]}

La variante Alpha (linaje B.1.1.7) se detectó por primera vez a principios de diciembre de 2020 mediante el análisis de datos genómicos, teniendo en cuenta que las tasas de infección en Kent no estaban disminuyendo a pesar de las restricciones nacionales. ^{[ 7 ] [ 260 ]}

Los dos genomas más antiguos que pertenecen al linaje B.1.1.7 fueron recolectados el 20 de septiembre de 2020 en Kent y otro el 21 de septiembre de 2020 en el Gran Londres. ^{[ 5 ]} Estas secuencias fueron enviadas a la base de datos de secuencias GISAID (números de acceso de secuencia EPI_ISL_601443 y EPI_ISL_581117, respectivamente). ^{[ 261 ]}

El rastreo retrospectivo mediante evidencia genética sugiere que el linaje B.1.1.7 surgió en septiembre de 2020 y luego circuló a niveles muy bajos en la población hasta mediados de noviembre. El aumento de casos vinculados a la variante se hizo evidente a finales de noviembre, cuando Public Health England (PHE) investigaba por qué las tasas de infección en Kent no disminuían a pesar de las restricciones nacionales. PHE descubrió entonces un grupo vinculado a esta variante que se propagaba rápidamente a Londres y Essex . ^{[ 30 ]}

También fue importante la naturaleza de la prueba RT-PCR utilizada predominantemente en el Reino Unido, la TaqPath COVID-19 de Thermo Fisher Scientific . La prueba detecta ARN en tres ubicaciones y dejó de funcionar para el gen de la proteína espiga debido a la deleción HV 69-70 —una deleción de los aminoácidos histidina y valina en las posiciones 69 y 70, respectivamente ^{[ 262 ]} — en la proteína espiga del linaje B.1.1.7. Esto facilitó la identificación preliminar, ya que se podía sospechar mejor qué casos pertenecían al linaje B.1.1.7 mediante la secuenciación del genoma. ^{[ 263 ]}

Se ha sugerido que la variante puede haberse originado en una persona inmunocomprometida con infección crónica , lo que le dio al virus mucho tiempo para replicarse y evolucionar. ^{[ 264 ] [ 7 ] [ 265 ] [ 266 ]}

Ante la presencia de una variante más transmisible, se optó por medidas más estrictas de distanciamiento físico y confinamiento para evitar el colapso de la población debido a su tendencia a crecer exponencialmente. ^{[ 267 ]}

Todos los países del Reino Unido se vieron afectados por restricciones de viaje internas en reacción al aumento de la propagación del virus —atribuido al menos en parte a Alpha— a partir del 20 de diciembre de 2020. ^{[ 268 ] [ 269 ]} Durante diciembre de 2020, un número creciente de países de todo el mundo anunciaron prohibiciones temporales o consideraron prohibir los viajes de pasajeros desde el Reino Unido y, en varios casos, desde otros países como los Países Bajos y Dinamarca. Algunos países prohibieron los vuelos; otros permitieron la entrada solo a sus nacionales, sujetos a una prueba negativa de SARS-CoV-2. ^{[ 270 ]} Un portavoz de la OMS dijo que, «en toda Europa, donde la transmisión es intensa y generalizada, los países necesitan redoblar sus enfoques de control y prevención». La mayoría de las prohibiciones de los países de la UE fueron por 48 horas, a la espera de una reunión integrada de respuesta política a la crisis de los representantes de la UE el 21 de diciembre para evaluar la amenaza de la nueva variante y coordinar una respuesta conjunta. ^{[ 271 ] [ 272 ]}

Muchos países alrededor del mundo impusieron restricciones a los viajes de pasajeros desde el Reino Unido; la vecina Francia también restringió los vehículos de carga tripulados (imponiendo una prohibición total antes de diseñar un protocolo de pruebas y permitir su paso nuevamente). ^{[ 273 ]} Algunos también aplicaron restricciones a los viajes desde otros países. ^{[ 274 ] [ 275 ] [ 276 ] [ 277 ]} A fecha de 21 de diciembre de 2020  Al menos 42 países habían restringido los vuelos desde el Reino Unido, ^{[ 270 ]} y Japón estaba restringiendo la entrada de todos los ciudadanos extranjeros después de que se detectaran casos de la nueva variante en el país. ^{[ 278 ]}

Se ha cuestionado la utilidad de las prohibiciones de viaje, considerándolas limitadas en casos donde es probable que la variante ya haya llegado, especialmente si la tasa de crecimiento semanal estimada del virus es mayor a nivel local. ^{[ 279 ] [ 280 ]}

En octubre de 2021, la Dra. Jenny Harries, directora ejecutiva de la Agencia de Salud y Seguridad del Reino Unido, declaró que las variantes circulantes anteriores, como la Alfa, habían «desaparecido» y habían sido reemplazadas por la variante Delta. ^{[ 281 ]} En marzo de 2022, la Organización Mundial de la Salud incluyó las variantes Alfa, Beta y Gamma en la lista de variantes circulantes anteriores, citando la ausencia de casos detectados en las semanas y meses previos. ^{[ 282 ]}