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CXorf66

CXorf66, también conocido como marco de lectura abierto 66 del cromosoma X , es una proteína de 361 aminoácidos en humanos codificada por el gen CXorf66 . Se predice que la prot...

CXorf66, también conocido como marco de lectura abierto 66 del cromosoma X , es una proteína de 361 aminoácidos en humanos codificada por el gen CXorf66 . Se predice que la proteína codificada es una proteína transmembrana de tipo 1 ; sin embargo, su función exacta se desconoce actualmente. [ 5 ]

Existe una patente para CXorf66 bajo el archivo US 8586006 por el Institute for Systems Biology and Integrated Diagnostics, Inc. [ 6 ]

La proteína CXorf66 es un posible nuevo biomarcador de cáncer . [ 7 ]

Gene

CXorf66 se encuentra en el cromosoma X en Xq27.1 y está en la cadena complementaria. [ 8 ] El gen CXorf66 se encuentra entre ATPasa ATP11C , MIR505 y HNRNPA3P3 . [ 8 ] Además, según OMIM, CXorf66 se sitúa entre SOX3 , SPANXB1 y CDR1 . [ 9 ]

Locus genético del gen humano CXorf66 en el cromosoma X

ARNm

Variantes de empalme

CXorf66 consta únicamente de una variante de empalme conocida con tres exones (1-117, 118-271 y 272-1288 pb) y dos intrones . [ 10 ] Las uniones se encuentran en 30aa [G] y 81aa [M]. [ 10 ]

Empalme del gen CXorf66

Se ha descubierto que CXorf66 solo tiene un sitio de poliadenilación . [ 11 ]

Proteína

Composición

Con 57 serinas y 42 lisinas, la proteína CXorf66 es rica tanto en serina como en lisina . [ 12 ] CXorf66 tiene un peso molecular de 39,9 kDa y un punto isoeléctrico de 9,89. [ 12 ]

Dominios

La proteína CXorf66 tiene un péptido señal predicho de 1-19 aa, un dominio topológico de 20-47 aa, un dominio transmembrana de 48-68 aa y un segundo dominio topológico de 69-361 aa. [ 13 ] Se predice que un sitio de escisión del péptido señal ocurre entre 17-18 aa. [ 14 ] Al analizar la composición de la proteína (rica en serina y lisina) y las modificaciones postraduccionales (altos niveles de fosforilación), se predice que el primer dominio topológico [20-47 aa] es extracelular , mientras que el dominio topológico [69-361 aa] es citoplasmático . Puede verse una representación visual en la Figura II . [ 15 ]

Figura I. Sitios de fosforilación candidatos en la proteína CXorf66 humana.
Figura II. Predicción de la topología transmembrana de la proteína CXorf66 mediante SOSUI.

Se han encontrado tres motivos repetidos de DKPV [31-34 y 204-207aa], SEAK [97-100 y 287-290aa] y PKRS [161-164 y 245-248aa] en la proteína CXorf66 humana. Estas repeticiones se conservan en otros primates como Gorilla gorilla gorilla y Macaca mulatta , pero no están presentes en otros mamíferos. [ 16 ]

SNP

Existe una variante natural de la población (frecuencia 0,436) en la posición 233aa, donde la prolina se sustituye por leucina en la proteína CXorf66, siendo la prolina el aminoácido codificado ancestral. No se han observado efectos con esta mutación de cambio de sentido . [ 13 ] [ 17 ]

Proteínas que interactúan

Según la interacción proteica predicha por STRING , CXorf66 tiene una puntuación de nivel medio por estar vinculado a las proteínas enumeradas en la Figura III . [ 18 ] Es importante señalar que no todas las proteínas enumeradas se han determinado experimentalmente.

Regulación

Transcripción

Promotor

Solo se conoce un promotor predicho por Genomatix para la proteína CXorf66 en la cadena negativa desde 139047554-139048298 que tiene una longitud de 745 pb. [ 19 ] Cuando se utilizó la alineación de búsqueda BLAT para el promotor CXorf66 generado, se recuperaron numerosos resultados con alta identidad para varios genes en diferentes cromosomas. A continuación se muestran algunos de los resultados de búsqueda con mayor puntuación generados que comparten un alto porcentaje de identidad: [ 20 ]

De forma singular, TESK2 es una proteína quinasa específica de los testículos, que se correlaciona con la expresión tisular prevista de CXorf66.

Factores de transcripción

Mediante el uso de Genomatix, se generó una tabla de los 20 principales factores de transcripción y sus sitios de unión en el promotor CXorf66 (véase la Figura IV ). [ 19 ]

Figura IV: Lista generada de sitios de unión de factores de transcripción en el promotor de CXorf66

Traducción

CXorf66 tiene dos miRNAs , hsa-mir-1290 Archivado el 05-03-2021 en Wayback Machine y hsa-miR-4446-5p Archivado el 04-03-2016 en Wayback Machine, que se predice que se unen a la región 3' UTR del ARNm. [ 21 ]

Modificaciones postraduccionales

Se ha predicho un sitio de N-glicosilación por NetNGlyc de Expasy en NGSS [24aa] con un sitio secundario también posible en NGTN [21aa]. [ 22 ] Utilizando NetPhos , se han predicho un total de 48 sitios de fosforilación (41 Serinas , 2 Treoninas y 5 Tirosinas ), todos los cuales ocurren después del dominio transmembrana predicho, lo que sugiere una topología citoplasmática. [ 23 ] Utilizando YinOYang , se han predicho muchos sitios de O-GlcNAc . Todos los que incluyen un alto potencial ocurren después de la región transmembrana 48-68aa. [ 24 ] Un análisis SUMOplot realizado de la proteína CXorf66 de Homo sapiens, descubrió una alta probabilidad de un motivo de sumoilación en la posición K241, junto con motivos de baja probabilidad en K316 y K186. Dado que la sumoilación desempeña un papel en diversos procesos celulares como el transporte nucleocitosólico y la regulación transcripcional, se espera que CXorf66 sea modificado por una proteína SUMO postraduccional. [ 25 ]

localización subcelular

Figura V. Señales de localización nuclear de CXorf66 en diferentes homólogos.

Utilizando PSORT II, ​​hay una señal de localización nuclear de PYKKKHL en 268aa. [ 26 ] Esta señal se puede ver conservada en especies de primates; sin embargo, no está presente en otros mamíferos. Además de esto, según la predicción kNN de SAPS de SDSC's Biology Workbench, la proteína CXorf66 para humanos y su homólogo de ratón tienen una probabilidad del 47,8% de terminar en la región nuclear de una célula. Para homólogos más distantes, como Bos taurus, que no tienen señales de localización nuclear, sin embargo, CXorf66 tiene una probabilidad del 34,8% de terminar en regiones extracelulares, incluyendo la región de la pared celular o la membrana plasmática. [ 12 ] [ 26 ] Para ver varios homólogos y sus señales de localización nuclear, véase la Figura V.

Homología

CXorf66 no tiene parálogos conocidos en humanos; sin embargo, posee homólogos conservados en todo el reino Mammalia . Altamente conservado en primates, se ha observado una notable evolución rápida de CXorf66 (véase la Figura VI ), lo que explica el mayor número de ortólogos en mamíferos, en comparación con invertebrados, aves y reptiles. [ 27 ]

Figura VI. Divergencia de homólogos de la proteína CXorf66

Expresión

Según la visualización de abundancia de tejido de EST cDNA y el atlas de proteínas de Unigene, CXorf66 tiene niveles de expresión moderadamente altos en los testículos, además de niveles de expresión más altos en el tejido fetal en comparación con otras etapas del desarrollo. [ 29 ] [ 30 ] La proteína CXorf66 también tiene una presencia notablemente baja tanto en el ARN total del endometrio de control como en el ARN total de la endometriosis . [ 31 ] Se ha descrito que CXorf66 tiene una presencia notable en el plasma y las plaquetas . [ 5 ] Según los datos de PaxDb, se ha encontrado que CXorf66 se clasifica en el 5% superior para un estudio de plasma humano y en el 25% superior para otro estudio realizado con plaquetas humanas. [ 32 ] Además de esto, ha habido una presencia notable de proteína CXorf66 del 60-100% tanto en el tejido del septo de cardiomiopatía no insuficiente como dilatada . [ 33 ] Además, CXorf66 tiene una presencia proteica de aproximadamente el 75% en las células mononucleares de sangre periférica . [ 34 ]

Datos de expresión tisular de Unigene EST para la proteína CXorf66 humana
GeneCards predice la expresión tisular de la proteína CXorf66 humana.

Referencias

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