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Inversión de bases del ADN

La doble hélice del ADN con una base de citosina girada 180° El volteo de bases de ADN , o volteo de nucleótidos , es un mecanismo en el que una sola base de nucleótido , o nucl...

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Dibujo animado de ADN con una base invertida.
La doble hélice del ADN con una base de citosina girada 180°

El volteo de bases de ADN , o volteo de nucleótidos , es un mecanismo en el que una sola base de nucleótido , o nucleobase , rota fuera de la doble hélice del ácido nucleico. [ 1 ] Esto ocurre cuando una enzima de procesamiento de ácidos nucleicos necesita acceder a la base para realizar trabajo sobre ella, como su escisión para reemplazarla con otra base durante la reparación del ADN . Se observó por primera vez en 1994 utilizando cristalografía de rayos X en una enzima metiltransferasa que cataliza la metilación de una base de citosina en el ADN. Desde entonces, se ha demostrado que es utilizado por diferentes enzimas en muchos procesos biológicos como la metilación del ADN , varios mecanismos de reparación del ADN y la replicación del ADN . También puede ocurrir en las dobles hélices de ARN [ 2 ] o en los intermediarios ADN:ARN formados durante la transcripción del ARN .

El volteo de las bases del ADN se produce al romperse los enlaces de hidrógeno entre las bases y separarlas de sus vecinas. Esto puede ocurrir mediante un proceso activo, en el que una enzima se une al ADN y facilita la rotación de la base, o mediante un proceso pasivo, en el que la base rota espontáneamente y una enzima reconoce y se une a este estado. Puede detectarse mediante cristalografía de rayos X , espectroscopia de RMN , espectroscopia de fluorescencia o sondas de hibridación .

Descubrimiento

El volteo de bases se observó por primera vez en 1994 cuando los investigadores Klimasauskas, Kumar, Roberts y Cheng utilizaron cristalografía de rayos X para observar un paso intermedio en la reacción química de una metiltransferasa unida al ADN . [ 3 ] La metiltransferasa que utilizaron fue la C5-citosina metiltransferasa de Haemophilus haemolyticus (M. HhaI). Esta enzima reconoce una secuencia específica del ADN (5'-GCGC-3') y metila la primera base de citosina de la secuencia en su posición C5. [ 3 ] Tras la cristalización del complejo M. HhaI-ADN, observaron que la base de citosina objetivo giraba completamente fuera de la doble hélice y se posicionaba en el sitio activo de la M. HhaI. Se mantenía en su lugar mediante numerosas interacciones entre la M. HhaI y el ADN. [ 3 ]

Los autores teorizaron que el volteo de bases era un mecanismo utilizado por muchas otras enzimas, como helicasas , enzimas de recombinación , ARN polimerasas , ADN polimerasas y topoisomerasas de tipo II . [ 3 ] Se ha realizado mucha investigación en los años posteriores a este descubrimiento y se ha encontrado que el volteo de bases es un mecanismo utilizado en muchos de los procesos biológicos que sugieren los autores. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

Mecanismo

Modelo de interacciones entre ADN con base invertida y una metiltransferasa
Modelo de DNMT2 de Entamoeba histolytica . Muestra una base desplazada fuera de la doble hélice hacia el sitio activo de una metiltransferasa.

Los nucleótidos del ADN se mantienen unidos mediante enlaces de hidrógeno , que son relativamente débiles y se pueden romper fácilmente. El volteo de bases ocurre en una escala de tiempo de milisegundos [ 7 ] al romperse los enlaces de hidrógeno entre las bases y desapilar la base de sus vecinas. [ 8 ] La base gira 180 grados fuera de la doble hélice , [ 9 ] típicamente a través del surco mayor , [ 5 ] y hacia el sitio activo de una enzima. Esta apertura conduce a pequeños cambios conformacionales en el esqueleto del ADN [ 10 ] que se estabilizan rápidamente por el aumento de las interacciones enzima-ADN. [ 5 ] Estudios que analizan los perfiles de energía libre del volteo de bases han demostrado que la barrera de energía libre para el volteo puede disminuirse en 17 kcal/mol para M.HhaI en la conformación cerrada . [ 5 ]

Existen dos mecanismos de inversión de bases del ADN: activo y pasivo. [ 11 ] En el mecanismo activo, una enzima se une al ADN y luego rota activamente la base, mientras que en el mecanismo pasivo una base dañada rota espontáneamente primero, luego es reconocida y se une a la enzima. [ 8 ] Las investigaciones han demostrado ambos mecanismos: la uracilo-ADN glicosilasa sigue el mecanismo pasivo [ 8 ] y la transposasa Tn10 sigue el mecanismo activo. [ 12 ]

Además, estudios han demostrado que el volteo de bases del ADN es utilizado por muchas enzimas diferentes en una variedad de procesos biológicos como la metilación del ADN , varios mecanismos de reparación del ADN , la transcripción del ARN y la replicación del ADN . [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

Procesos biológicos

Modificación y reparación del ADN

Modelo de uracilo ADN glicosilasa y residuo de uracilo invertido
Un residuo de uracilo se desplazó de la doble hélice del ADN hacia el bolsillo de especificidad de la uracilo ADN glicosilasa.

El ADN puede tener mutaciones que causan daños en una base de la cadena de ADN. Para asegurar la integridad genética del ADN, las enzimas deben reparar cualquier daño. Hay muchos tipos de reparación del ADN . La reparación por escisión de bases utiliza el volteo de bases para voltear la base dañada fuera de la doble hélice [ 5 ] y hacia el bolsillo de especificidad de una glicosilasa que hidroliza el enlace glucosídico y elimina la base. [ 13 ] Las glicosilasas de ADN interactúan con el ADN, volteando las bases para detectar un desajuste. Un ejemplo de reparación por escisión de bases ocurre cuando una base de citosina se desamina y se convierte en una base de uracilo. Esto causa un apareamiento erróneo U:G que es detectado por la uracilo ADN glicosilasa . La base de uracilo se voltea hacia el bolsillo activo de la glicosilasa donde se elimina de la cadena de ADN. [ 14 ] El volteo de bases se utiliza para reparar mutaciones como la 8-oxoguanina (oxoG) [ 15 ] y los dímeros de timina creados por la radiación UV. [ 13 ] [ 16 ]

Replicación, transcripción y recombinación

La replicación del ADN y la transcripción del ARN utilizan el volteo de bases. [ 5 ] La ADN polimerasa es una enzima que lleva a cabo la replicación. Se puede imaginar como una mano que sujeta la cadena simple de ADN molde. [ 13 ] A medida que el molde pasa por la región de la palma de la polimerasa, las bases del molde se voltean fuera de la hélice y lejos del sitio de unión del dNTP . [ 17 ] Durante la transcripción, la ARN polimerasa cataliza la síntesis de ARN. Durante la fase de iniciación , dos bases en el elemento -10 se voltean fuera de la hélice y se introducen en dos cavidades de la ARN polimerasa. Estas nuevas interacciones estabilizan el elemento -10 y promueven la separación o desnaturalización de las cadenas de ADN. [ 13 ] [ 18 ]

El volteo de bases ocurre durante las últimas etapas de la recombinación . [ 19 ] RecA es una proteína que promueve la invasión de la hebra [ 13 ] durante la recombinación homóloga . Se ha propuesto que el volteo de bases es el mecanismo por el cual RecA puede permitir que una sola hebra reconozca la homología en el ADN bicatenario. [ 20 ] Otros estudios indican que también está involucrada en la recombinación V(D)J . [ 21 ]

metilación del ADN

Ilustración de la metilación del ADN
Molécula de ADN que está metilada en ambas hebras en la citosina central.

La metilación del ADN es el proceso mediante el cual se añade un grupo metilo a una citosina o adenina . [ 22 ] Este proceso provoca la activación o inactivación de la expresión génica , lo que resulta en la regulación génica en las células eucariotas. También se sabe que el proceso de metilación del ADN está involucrado en la formación de ciertos tipos de cáncer . [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] Para que se produzca esta modificación química, es necesario que la base diana se desplace fuera de la doble hélice del ADN para permitir que las metiltransferasas catalicen la reacción. [ 5 ]

Reconocimiento del objetivo por endonucleasas de restricción

Las endonucleasas de restricción, también conocidas como enzimas de restricción, son enzimas que cortan el esqueleto de azúcar-fosfato del ADN en secuencias de nucleótidos específicas que suelen tener de cuatro a seis nucleótidos de longitud. [ 26 ] Estudios realizados por Horton y sus colegas han demostrado que el mecanismo por el cual estas enzimas cortan el ADN implica el volteo de bases, así como el doblamiento del ADN y la expansión del surco menor . [ 27 ] En 2006, Horton y sus colegas presentaron evidencia de cristalografía de rayos X que mostraba que la endonucleasa de restricción HinP1I utiliza el volteo de bases para reconocer su secuencia diana. Se sabe que esta enzima corta el ADN en la secuencia de tetranucleótidos palindrómicos G↓CGC.

Enfoques experimentales para la detección

cristalografía de rayos X

Flujo de trabajo de cristalografía de rayos X
Flujo de trabajo para determinar la estructura de una molécula mediante cristalografía de rayos X.

La cristalografía de rayos X es una técnica que mide los ángulos e intensidades de los átomos cristalinos para determinar la estructura atómica y molecular del cristal de interés. Los cristalógrafos pueden entonces producir una imagen tridimensional donde se pueden determinar las posiciones de los átomos , los enlaces químicos y otras características importantes. Klimasaukas y sus colegas utilizaron esta técnica para observar el primer fenómeno de inversión de bases, en el cual su procedimiento experimental implicó varios pasos: [ 3 ]

  1. Purificación
  2. Cristalización
  3. Recopilación de datos
  4. Determinación y refinamiento de la estructura

Durante la purificación, la metiltransferasa de Haemophilus haemolyticus se sobreexpresó y purificó utilizando un paso de retroextracción con alta concentración de sal para solubilizar selectivamente M.HhaI, seguido de cromatografía líquida rápida de proteínas ( FPLC ) como lo hicieron previamente Kumar y colegas. [ 28 ] Los autores utilizaron una columna de intercambio aniónico Mono-Q para eliminar la pequeña cantidad de materiales proteínicos y ADN no deseado antes del paso de cristalización. Una vez que M.HhaI se purificó con éxito, la muestra se cultivó utilizando un método que mezcla la solución que contiene el complejo a una temperatura de 16  °C y la técnica de difusión de vapor de gota colgante para obtener los cristales. Luego, los autores pudieron recolectar los datos de rayos X de acuerdo con una técnica utilizada por Cheng y colegas en 1993. [ 29 ] Esta técnica implicó la medición de las intensidades de difracción en un detector FAST, donde los tiempos de exposición para una rotación de 0,1° fueron de 5 o 10 segundos. Para la determinación y refinamiento de la estructura, Klimasaukas y colegas utilizaron el reemplazo molecular de la estructura apo refinada descrita por Cheng y colegas en 1993 [ 29 ] donde se utilizaron los modelos de búsqueda X-PLOR , MERLOT y TRNSUM para resolver las funciones de rotación y traslación. [ 30 ] [ 31 ] Esta parte del estudio implica el uso de una variedad de software y algoritmos informáticos para resolver las estructuras y características del cristal de interés.

espectroscopia de RMN

La espectroscopia de RMN es una técnica que se ha utilizado a lo largo de los años para estudiar aspectos dinámicos importantes del volteo de bases. Esta técnica permite a los investigadores determinar las propiedades físicas y químicas de los átomos y otras moléculas mediante el uso de las propiedades magnéticas de los núcleos atómicos . Además, la RMN puede proporcionar una variedad de información que incluye la estructura, los estados de reacción , el entorno químico de las moléculas y la dinámica. [ 32 ] [ 33 ] Durante el experimento de descubrimiento del volteo de bases del ADN, los investigadores utilizaron la espectroscopia de RMN para investigar el volteo de bases inducido por la enzima metiltransferasa HhaI. Para llevar a cabo este experimento, se incorporaron dos residuos de 5-fluorocitosina en la posición objetivo y de referencia con el sustrato de ADN para poder realizar el análisis de desplazamiento químico de 19F . Una vez evaluado el análisis de desplazamiento químico de 19F , se concluyó que los complejos de ADN existían con múltiples formas de la 5-fluorocitosina objetivo a lo largo de la vía de volteo de bases. [ 34 ]

Espectroscopia de fluorescencia

La espectroscopia de fluorescencia es una técnica que se utiliza para analizar una muestra mediante una sonda fluorescente. Los nucleótidos de ADN en sí mismos no son buenos candidatos para esta técnica porque no reemiten luz fácilmente al ser excitados con luz. [ 34 ] Se necesita un marcador fluorescente para detectar el volteo de bases. La 2-aminopurina es una base estructuralmente similar a la adenina , pero es muy fluorescente cuando se voltea fuera del dúplex de ADN. [ 35 ] Se usa comúnmente para detectar el volteo de bases y tiene una excitación de 305-320  nm y una emisión de 370  nm, por lo que está bien separada de las excitaciones de las proteínas y el ADN. Otras sondas fluorescentes utilizadas para estudiar el volteo de bases del ADN son 6MAP ​​(4-amino-6-metil-7(8H)-pteridona) [ 36 ] y Pirrolo-C (3-[β-D-2-ribofuranosil]-6-metilpirrolo[2,3-d]pirimidin-2(3H)-ona). [ 37 ] [ 38 ] La espectroscopia de fluorescencia resuelta en el tiempo también se emplea para proporcionar una imagen más detallada de la extensión del volteo de bases, así como de la dinámica conformacional que ocurre durante el volteo de bases. [ 39 ]

Sondeo de hibridación

Las sondas de hibridación pueden utilizarse para detectar la inversión de bases. Esta técnica emplea una molécula con una secuencia complementaria a la que se desea detectar, de modo que se une a una sola hebra del ADN o ARN. Se han utilizado diversas sondas de hibridación para detectar la inversión de bases. El permanganato de potasio se utiliza para detectar residuos de timina que han sido desplazados por las metiltransferasas de citosina-C5 y adenina-N6 . [ 40 ] El cloroacetaldehído se utiliza para detectar residuos de citosina desplazados por la metiltransferasa de ADN citosina-5 HhaI (M. HhaI). [ 41 ]

ADN que muestra una sonda de hibridación
Se añade una sonda de hibridación a una molécula de ADN.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Roberts, Richard J.; Cheng, Xiaodong (junio de 1998). "BASE FLIPPING". Annual Review of Biochemistry . 67 (1): 181– 198. doi : 10.1146/annurev.biochem.67.1.181 . PMID 9759487 . 
  2. ↑ Reiter, Nicholas J.; Blad, Heike; Abildgaard, Frits; Butcher, Samuel E. (1 de noviembre de 2004). "Dinámica en el bucle intramolecular del tallo del ARN U6: un cambio conformacional de inversión de base". Biochemistry . 43 (43): 13739– 13747. doi : 10.1021/bi048815y . PMID 15504036 . S2CID 25391616 .  
  3. 1 2 3 4 5 Klimasauskas, Saulius; Kumar, Sanjay; Roberts, Richard J.; Cheng, Xiaodong (enero de 1994). "La metiltransferasa Hhal expulsa su base diana de la hélice del ADN". Cell . 76 ( 2): 357– 369. doi : 10.1016/0092-8674(94)90342-5 . PMID 8293469. S2CID 23161543 .  
  4. 1 2 Brown, Tom. "Libro de ácidos nucleicos" . ATDBio . Consultado el 26 de febrero de 2014 .
  5. 1 2 3 4 5 6 7 8 Huang, Niu; Banavali, Nilesh K.; MacKerell, Alexander D. (7 de enero de 2003). "Inversión de bases facilitada por proteínas en el ADN por la citosina-5-metiltransferasa" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 100 ( 1): 68– 73. Bibcode : 2003PNAS..100...68H . doi : 10.1073/pnas.0135427100 . PMC 140885. PMID 12506195 .  
  6. 1 2 Grubmüller, Helmut. "DNA Base Flipping" . El Instituto Max Planck de Química Biofísica . Archivado del original el 4 de febrero de 2017. Recuperado el 26 de febrero de 2014 .
  7. ↑ Bouvier, Benjamin; Grubmüller, Helmut (agosto de 2007). "Un estudio de dinámica molecular del volteo lento de bases en el ADN mediante inundación conformacional" . Biophysical Journal . 93 (3): 770– 786. Bibcode : 2007BpJ....93..770B . doi : 10.1529/biophysj.106.091751 . PMC 1913169. PMID 17496048 .  
  8. 1 2 3 Larivière, Laurent; Moréra, Solange (agosto de 2004). "Evidencia estructural de un mecanismo pasivo de inversión de bases para la β-glucosiltransferasa" . Journal of Biological Chemistry . 279 (33): 34715– 34720. doi : 10.1074/jbc.M404394200 . PMID 15178685 . 
  9. ↑ Grosjean, Henri, ed. (2009). Enzimas de modificación del ADN y del ARN: estructura, mecanismo, función y evolución . Unidad de inteligencia en biología molecular. Austin, Texas: Landes Bioscience. ISBN 978-1-58706-329-9. OCLC 316421190 . Archivado del original el 07-04-2014 . Recuperado el 10-03-2014 . 
  10. ↑ Giudice, Emmanuel; Várnai, Péter; Lavery, Richard (1 de marzo de 2003). "Apertura de pares de bases dentro del ADN-B: vías de energía libre para pares GC y AT a partir de simulaciones de muestreo de paraguas" . Nucleic Acids Research . 31 (5): 1434– 1443. doi : 10.1093 / nar/gkg239 . PMC 149832. PMID 12595551 .  
  11. ↑ O'Neil, Lauren L. (2008). Base Flipping: Detection, Structures and Energetics (Tesis). Universidad de Notre Dame. doi : 10.7274/9306sx63d8n .
  12. ↑ Bischerour, Julien; Chalmers, Ronald (10 de julio de 2009). "Inversión de bases en la transposición de Tn10: un mecanismo activo de inversión y captura" . PLOS ONE . 4 (7) e6201. Bibcode : 2009PLoSO...4.6201B . doi : 10.1371/journal.pone.0006201 . PMC 2705183. PMID 19593448 .  
  13. 1 2 3 4 5 Watson, James D.; Baker, Tania A.; Bell, Stephen P.; Gann, Alexander; Levine, Michael; Losick, Richard (2014). Biología molecular del gen (Séptima ed.). Boston: Pearson. ISBN  978-0-321-76243-6.
  14. ^ Krokan, Hans E; Drabløs, finlandés; Slupphaug, Geir (16 de diciembre de 2002). "Uracilo en el ADN: aparición, consecuencias y reparación". Oncogén . 21 (58): 8935– 8948. doi : 10.1038/sj.onc.1205996 . PMID 12483510 . 
  15. ↑ Banerjee, Anirban; Yang, Wei; Karplus, Martin; Verdine, Gregory L. (marzo de 2005). "La estructura de una enzima reparadora que examina el ADN intacto dilucida el reconocimiento del ADN dañado". Nature . 434 ( 7033): 612– 618. Bibcode : 2005Natur.434..612B . doi : 10.1038/nature03458 . PMID 15800616. S2CID 4426014 .  
  16. ↑ Fuxreiter, Monika; Luo, Ning; Jedlovszky, Pál; Simon, István; Osman, Roman (noviembre de 2002). "Función del volteo de bases en el reconocimiento específico del ADN dañado por las enzimas de reparación". Journal of Molecular Biology . 323 (5): 823– 834. doi : 10.1016/S0022-2836(02)00999-3 . hdl : 2437/124488 . PMID 12417196 . 
  17. ↑ Patel, Premal H.; Suzuki, Motoshi; Adman, Elinor; Shinkai, Akeo; Loeb, Lawrence A. (mayo de 2001). "ADN polimerasa I procariota: evolución, estructura y mecanismo de "inversión de bases" para la selección de nucleótidos". Journal of Molecular Biology . 308 (5): 823– 837. doi : 10.1006/jmbi.2001.4619 . PMID 11352575 . 
  18. ↑ Lim, Heon Man; Lee, Hee Jung; Roy, Siddhartha; Adhya, Sankar (18 de diciembre de 2001). "Un "maestro" en el despareamiento de bases durante la isomerización de un promotor tras la unión de la ARN polimerasa" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 98 (26): 14849– 14852. Bibcode : 2001PNAS...9814849L . doi : 10.1073/pnas.261517398 . PMC 64947. PMID 11734629 .  
  19. ↑ Voloshin, Oleg N.; Camerini-Otero, R. Daniel (septiembre de 2004). "Revisión del complejo sináptico" . Molecular Cell . 15 (6): 846– 847. doi : 10.1016/j.molcel.2004.09.010 . PMID 15383274 . 
  20. ↑ Folta-Stogniew, Ewa; O'Malley, Shawn; Gupta, Ravindra; Anderson, Karen S.; Radding, Charles M. (septiembre de 2004). "Intercambio de pares de bases de ADN que coincide con el reconocimiento de homología promovido por la proteína RecA de E. coli " . Molecular Cell . 15 (6): 965– 975. doi : 10.1016/j.molcel.2004.08.017 . PMID 15383285 . 
  21. ↑ Bischerour, Julien; Lu, Catherine; Roth, David B.; Chalmers, Ronald (1 de noviembre de 2009). "Inversión de bases en la recombinación V(D)J: perspectivas sobre el mecanismo de formación de horquillas, la regla 12/23 y la coordinación de roturas de doble cadena" . Biología molecular y celular . 29 (21): 5889– 5899. doi : 10.1128/MCB.00187-09 . PMC 2772739. PMID 19720743 .  
  22. ↑ Klose, Robert J.; Bird, Adrian P. (febrero de 2006). "Metilación del ADN genómico: la marca y sus mediadores". Trends in Biochemical Sciences . 31 (2): 89– 97. doi : 10.1016/j.tibs.2005.12.008 . ISSN 0968-0004 . PMID 16403636 .  
  23. ↑ Nakao, Mitsuyoshi (octubre de 2001). "Epigenética: interacción de la metilación del ADN y la cromatina". Gene . 278 ( 1–2 ): 25–31 . doi : 10.1016/s0378-1119(01)00721-1 . PMID 11707319 . 
  24. ↑ Plass, Christoph; Soloway, Paul D (1 de enero de 2002). "Metilación del ADN, impronta y cáncer" . European Journal of Human Genetics . 10 (1): 6– 16. doi : 10.1038/sj.ejhg.5200768 . PMID 11896451 . 
  25. ↑ Esteller, Manel; Herman, James G. (enero de 2002). "El cáncer como enfermedad epigenética: metilación del ADN y alteraciones de la cromatina en tumores humanos". The Journal of Pathology . 196 (1): 1– 7. doi : 10.1002/path.1024 . PMID 11748635. S2CID 35380651 .  
  26. ↑ "Biología y actividad de las endonucleasas de restricción" . Archivado del original el 18 de abril de 2014. Consultado el 3 de abril de 2014 .
  27. ↑ Horton, John R.; Zhang, Xing; Maunus, Robert; Yang, Zhe; Wilson, Geoffrey; Roberts, Richard; Cheng, Xiaodong (2006). "Corte de ADN por la endonucleasa HinP1I: flexión, inversión de bases y expansión del surco menor" . Nucleic Acids Research . 34 (3): 939– 948. doi : 10.1093/nar/gkj484 . PMC 1363774. PMID 16473850 .  
  28. ↑ Kumar, Sanjay; Cheng, Xiaodong; Pflugrath, James W.; Roberts, Richard J. (15 de septiembre de 1992). "Purificación, cristalización y análisis preliminar de difracción de rayos X de un complejo M.HhaI-AdoMet". Biochemistry . 31 (36): 8648– 8653. doi : 10.1021/bi00151a035 . PMID 1390649 . 
  29. 1 2 Cheng, Xiaodong; Kumar, Sanjay; Posfai, Janos; Pflugrath, James W.; Roberts, Richard J. (julio de 1993). "Estructura cristalina de la metiltransferasa de ADN Hhal complejizada con S-adenosil-l-metionina". Cell . 74 ( 2): 299– 307. doi : 10.1016/0092-8674(93)90421-l . PMID 8343957. S2CID 54238106 .  
  30. ↑ Brünger, Axel T. (1992). X-PLOR, Versión 3.1: un sistema para cristalografía de rayos X y RMN . New Haven: Yale University Press. ISBN 978-0-300-05402-6.
  31. ↑ Fitzgerald, PMD (1 de junio de 1988). "MERLOT, un paquete integrado de programas informáticos para la determinación de estructuras cristalinas mediante reemplazo molecular". Journal of Applied Crystallography . 21 (3): 273– 278. Bibcode : 1988JApCr..21..273F . doi : 10.1107/s0021889887012299 .
  32. ↑ Guéron, Maurice; Leroy, Jean-Louis (1995). Estudios de la cinética de pares de bases mediante la medición por RMN del intercambio de protones . Methods in Enzymology. Vol. 261. pp. 383–413 . doi : 10.1016/s0076-6879(95)61018-9 . ISBN   978-0-12-182162-3. PMID 8569504 . 
  33. ↑ Leijon, M.; Graslund, A. (1992). "Efectos de la secuencia y la longitud en el intercambio de protones imino y la cinética de apertura de pares de bases en dúplex de oligonucleótidos de ADN" . Nucleic Acids Res . 20 (20): 5339– 5343. doi : 10.1093/nar/20.20.5339 . PMC 334339. PMID 1331987 .  
  34. 1 2 Klimašauskas, Saulius; Liutkevičiūtė, Zita (2009). "Enfoques experimentales para estudiar la inversión de bases del ADN". En Grosjean, Henri (ed.). Enzimas de modificación del ADN y del ARN: estructura, mecanismo, función y evolución . Austin, Texas: Landes Bioscience. ISBN 978-1-58706-329-9.
  35. ↑ Holz, B (15 de febrero de 1998). "2-Aminopurina como sonda fluorescente para la inversión de bases de ADN por metiltransferasas" . Nucleic Acids Research . 26 (4): 1076– 1083. doi : 10.1093/nar/ 26.4.1076 . PMC 147370. PMID 9461471 .  
  36. ↑ Yang, Kongsheng; Matsika, Spiridoula; Stanley, Robert J. (1 de septiembre de 2007). "6MAP, un análogo fluorescente de la adenina, es una sonda del volteo de bases por la fotoliasa del ADN". The Journal of Physical Chemistry B. 111 ( 35): 10615–10625 . doi : 10.1021/jp071035p . PMID 17696385 . 
  37. ↑ Yang, Kongsheng; Stanley, Robert J. (mayo de 2008). "El alcance de la deformación del ADN en los complejos de fotoliasa de ADN-sustrato: un estudio de fluorescencia en solución". Fotoquímica y fotobiología . 84 (3): 741– 749. doi : 10.1111/j.1751-1097.2007.00251.x . PMID 18086248. S2CID 44506405 .  
  38. ↑ Berry, David A.; Jung, Kee-Yong; Wise, Dean S.; Sercel, Anthony D.; Pearson, William H.; Mackie, Hugh; Randolph, John B.; Somers, Robert L. (marzo de 2004). "Pirrolo-dC y pirrolo-C: análogos fluorescentes de citidina y 2′-desoxicitidina para el estudio de oligonucleótidos". Tetrahedron Letters . 45 (11): 2457– 2461. doi : 10.1016/j.tetlet.2004.01.108 .
  39. ↑ Neely, Robert K.; Tamulaitis, Gintautas; Chen, Kai; Kubala, Marta; Siksnys, Virginijus; Jones, Anita C. (noviembre de 2009). "Estudios de fluorescencia resuelta en el tiempo del volteo de nucleótidos por enzimas de restricción" . Nucleic Acids Research . 37 (20): 6859– 6870. doi : 10.1093/nar/gkp688 . PMC 2777440. PMID 19740769 .  
  40. ↑ Serva, Saulius; Weinhold, Elmar; Roberts, Richard J.; Klimasauskas, Saulius (1 de agosto de 1998). "Exhibición química de residuos de timina liberados por metiltransferasas de ADN" . Nucleic Acids Research . 26 (15): 3473– 3479. doi : 10.1093/nar/26.15.3473 . PMC 147733. PMID 9671807 .  
  41. ↑ Daujotyte, D.; Liutkeviciute, Z.; Tamulaitis, G.; Klimasauskas, S. (15 de abril de 2008). "Mapeo químico de citosinas extraídas enzimáticamente de la hélice del ADN" . Nucleic Acids Research . 36 (10): e57. doi : 10.1093 / nar/gkn200 . PMC 2425465. PMID 18450817 .