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Número de la Comisión de Enzimas

El número de la Comisión de Enzimas ( número EC ) es un sistema de clasificación numérica para enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . [ 1 ] Como sistema de ...

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El número de la Comisión de Enzimas ( número EC ) es un sistema de clasificación numérica para enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . [ 1 ] Como sistema de nomenclatura enzimática , cada número EC está asociado con un nombre recomendado para la reacción catalizada por la enzima correspondiente.

Los números EC no especifican enzimas, sino reacciones catalizadas por enzimas. Si distintas enzimas (por ejemplo, de distintos organismos) catalizan la misma reacción, reciben el mismo número EC. [ 2 ] Además, mediante evolución convergente , plegamientos proteicos completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica (a veces se les denomina enzimas isofuncionales no homólogas ) [ 3 ] y, por lo tanto, se les asignaría el mismo número EC. En cambio, los identificadores UniProt especifican de forma única una proteína por su secuencia de aminoácidos. [ 4 ]

Formato del número

Cada código enzimático consta de las letras "EC" seguidas de cuatro números separados por puntos. Estos números representan una clasificación progresivamente más precisa de la enzima. Existen números EC preliminares que incluyen una "n" como parte del cuarto dígito (de serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3). [ 2 ]

Por ejemplo, las aminopeptidasas de tripéptidos tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:

  • Las enzimas EC 3 son hidrolasas (enzimas que utilizan agua para descomponer alguna otra molécula).
  • Las EC 3.4 son hidrolasas que actúan sobre los enlaces peptídicos.
  • Las EC 3.4.11 son aquellas hidrolasas que escinden el aminoácido amino-terminal de un polipéptido.
  • Las enzimas EC 3.4.11.4 son aquellas que escinden el extremo amino-terminal de un tripéptido.

Códigos de nivel superior

Nota: El número de clasificación de la enzima es diferente del 'NÚMERO DE FORMATO'.

Similitud de reacción

La similitud entre reacciones enzimáticas se puede calcular utilizando cambios de enlaces, centros de reacción o métricas de subestructura (anteriormente EC-BLAST, ahora EMBL-EBI Enzyme Portal). [ 6 ]

Historia

Antes del desarrollo del sistema de numeración EC, las enzimas se nombraban de forma arbitraria, y nombres como "enzima amarilla antigua" y "enzima málica" , que no daban ninguna pista sobre la reacción que catalizaban, eran de uso común. La mayoría de estos nombres han caído en desuso, aunque algunos, especialmente los de enzimas proteolíticas con muy baja especificidad, como la pepsina y la papaína , todavía se utilizan, ya que la clasificación racional basada en la especificidad ha resultado muy difícil.

En la década de 1950, el caos se volvió intolerable, y después de que Hoffman-Ostenhof [ 7 ] y Dixon y Webb [ 8 ] propusieran esquemas similares para clasificar las reacciones catalizadas por enzimas, el Congreso Internacional de Bioquímica en Bruselas creó la Comisión de Enzimas bajo la presidencia de Malcolm Dixon en 1955. La primera versión se publicó en 1961, y la Comisión de Enzimas se disolvió en ese momento, aunque su nombre perdura en el término Número CE . La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992 como la última versión impresa, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1 a 4 se publicaron entre 1993 y 1999. Los suplementos posteriores se han publicado electrónicamente en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. [ 5 ] En agosto de 2018, la IUBMB modificó el sistema añadiendo la categoría de nivel superior EC 7 que contiene translocasas. [ 9 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Webb, EC (1992). Nomenclatura enzimática 1992: recomendaciones del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de las enzimas . Academic Press. ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. 1 2 "ENZIMA (Base de datos de nomenclatura de enzimas)" . ExPASy. Archivado del original el 21 de marzo de 2019. Recuperado el 24 de abril de 2019 .
  3. ↑ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf YI, Koonin EV (2010). "Enzimas isofuncionales no homólogas: un análisis sistemático de soluciones alternativas en la evolución enzimática" . Biology Direct . 5 (1) 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114. PMID 20433725 .  
  4. ^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (enero de 2004). "UniProt: la base de conocimientos de proteínas universales" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema de la base de datos): D115–9. doi : 10.1093/nar/gkh131 . PMC 308865 . PMID 14681372 .  
  5. 1 2 Moss GP. "Recomendaciones del Comité de Nomenclatura" . Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la Nomenclatura y Clasificación de las Enzimas según las Reacciones que Catalizan. Archivado del original el 10 de septiembre de 2018. Consultado el 14 de marzo de 2006 .
  6. ↑ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (febrero de 2014). "EC-BLAST: una herramienta para buscar y comparar automáticamente reacciones enzimáticas" . Nature Methods . 11 (2): 171–174 . doi : 10.1038/nmeth.2803 . PMC 4122987. PMID 24412978 .  
  7. ↑ Hoffman-Ostenhof, O (1953). «Sugerencias para una clasificación y nomenclatura más racional de las enzimas». Avances en enzimología y áreas relacionadas de la biología molecular . Vol. 14. págs. 219–260 . doi : 10.1002/9780470122594.ch7 . ISBN   9780470122594. PMID 13057718 . {{cite book}}: Incompatibilidad de ISBN/Fecha ( ayuda )
  8. ↑ Dixon, M; Webb, EC (1958). Enzimas . Londres: Longmans Green. págs. 183–227 . 
  9. ↑ Tipton, Keith (agosto de 2018). «Noticias sobre la nomenclatura enzimática: Translocasas (EC 7): Una nueva clase EC» . ExplorEnz: la fuente principal de la lista de enzimas de la IUBMB. Archivado del original el 10 de septiembre de 2018. Consultado el 3 de noviembre de 2018 .
  • Nomenclatura de enzimas , sitio web oficial del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, mantenido por GP Moss.
  • Base de datos de nomenclatura de enzimas — por ExPASy
  • Lista de todos los números CE — por BRENDA
  • Explore las estructuras PDB por número EC.
  • Explorar dominios SCOP por número EC — por dcGO
  • Comparación de números EC mediante EC-Blast (Archivado el 30/05/2019 en Wayback Machine)