Hispanopedia WikiLa proteína FAM46C, también conocida como familia con similitud de secuencia 46, miembro C , es una proteína que, en los humanos, está codificada por el gen FAM46C en el locus 1p12 que abarca los pares de bases de 118.148.556 a 118.171.011.
Resumen
FAM46C es una proteína de función desconocida que consta de 391 residuos de aminoácidos que se traducen a partir de un ácido ribonucleico mensajero (ARNm) que consta de 5720 pares de bases. FAM46C se secuenció inicialmente como parte del proyecto de secuenciación genómica japonesa de longitud completa. FAM46C se encuentra en el cromosoma 1 en el locus 1p12 FAM46C contiene un dominio de función desconocida, DUF1693, y como tal se ha colocado en la familia de proteínas DUF1693. Esta familia se ha establecido como parte de la superfamilia de nucleotidiltransferasas [5] y contiene 4 proteínas similares a priones de nematodos. FAM46C se colocó en el grupo XXV de la superfamilia de nucleotidiltransferasas [5] junto con otras 3 proteínas FAM46 de Homo sapiens ( A , B, D).
Se ha sugerido que FAM46C puede estar funcionalmente involucrado en la respuesta al interferón tipo 1. [6] La eliminación y/o mutación de FAM46C se ha asociado con una supervivencia general deteriorada en pacientes con mieloma . [7]
Gene
El FAM46C del Homo sapiens abarca 22.456 bases en el cromosoma 1. Los datos de microarrays sugieren que el FAM46C humano muestra niveles elevados de expresión en la médula ósea , el eritroide temprano CD71 + , varias células B , células T , linfocitos y todos los tejidos asociados con los testículos . [8]
Evolución y homología
El FAM46C del Homo sapiens está altamente conservado en ortólogos cercanos con solo pequeños cambios en la secuencia de proteína AA en comparación con otros mamíferos.
FAM46C y específicamente DUF1693 se pueden rastrear a través de todos los metazoos conocidos , con un homólogo distante encontrado en Trichoplax adhaerens , un miembro del grupo de organismos multicelulares basales Placozoa .
Parálogos
El FAM46C del Homo sapiens es parálogo de tres proteínas FAM46 conocidas por separado, todas las cuales contienen DUF1693.
Ortólogos
Existen numerosos ortólogos de FAM46C presentes en todo el catálogo actual de organismos multicelulares, todos los cuales exhiben una conservación impresionante del dominio de función desconocida 1693. El ortólogo más notable es considerado TRIADDRAFT14293, un gen de la especie Trichoplax adhaerens . Este ortólogo proporciona evidencia de que FAM46C es miembro de un grupo de proteínas que contienen residuos de aminoácidos altamente conservados y, como tal, se cree que proporciona una función muy importante, como sería de esperar al considerar su posible actividad de nucleotidiltransferasa.
Dominios homólogos
Para determinar las posibles estructuras conservadas, se utilizó un enfoque predictivo en relación con la comparación de FAM46C con el homólogo más distante disponible, el de Trichoplax adhearens . Se utilizó Phyre 2 [9] para predecir la estructura secundaria de la proteína de FAM46C humana y de Trichoplax TRIADDRAFT-14293. Podemos visualizar las posibles estructuras predichas con alta confianza tanto en el gen humano como en el gen de placozoo. Esta predicción preliminar ofrece cierta información sobre estructuras importantes, muy probablemente de función catalítica y/o de unión.
Filogenia
Basándose en múltiples alineaciones de secuencias generadas por Clustal W, se generó un árbol filogenético sin raíz para ortólogos seleccionados de FAM46C con el fin de demostrar las diversas apariciones de genes similares a FAM46C en todo el catálogo evolutivo actual. Para la posteridad, se omitieron muchos ortólogos (véase la tabla de ortólogos anterior; muchos también se omitieron de esta tabla).
Estructura de la proteína
La proteína FAM46C del "Homo sapiens" codifica una proteína de 391 aminoácidos sin isoformas conocidas. La proteína FAM46C del "Homo sapiens" no ha sido cristalizada y su estructura secundaria aún no ha sido determinada a fecha de mayo de 2013. FAM46C tiene un punto isoeléctrico previsto de 5,338. La proteína contiene un dominio de función desconocida, DUF1693 (Pfam: PF07984).
Se encontró un patrón de cremallera de leucina que comienza en Lys113 y termina en Lys134. Esto podría ayudar a distinguir las proteínas nucleares de las proteínas no nucleares, sin embargo, todos los demás subconjuntos de análisis que utilizan PSORTII [10] han predicho que FAM46C es estrictamente una proteína citosólica.
No se han predicho otros motivos estructurales proteicos significativos.
Interacciones proteína-proteína
Se ha demostrado experimentalmente que FAM46C interactúa físicamente con al menos cuatro proteínas distintas, y se han predicho otras interacciones [11].
Referencias
- ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000183508 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000044468 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia PubMed de ratón:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU . .
- ^ ab Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (diciembre de 2009). "Clasificación integral de las proteínas plegadas de la nucleotidiltransferasa: identificación de nuevas familias y sus representantes en humanos". Nucleic Acids Res . 37 (22): 7701– 14. doi :10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190 . PMID 19833706.
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- ^ Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (diciembre de 2011). "El mapeo de deleciones del cromosoma 1p en el mieloma identifica a FAM46C en 1p12 y CDKN2C en 1p32.3 como genes en regiones asociadas con supervivencia adversa". Clin. Cancer Res . 17 (24): 7776– 84. doi :10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415 .
- ^ "BioGPS - su sistema de portal genético".
- ^ Kelley LA, Sternberg MJ (2009). "Predicción de la estructura de proteínas en la Web: un estudio de caso utilizando el servidor Phyre" (PDF) . Nat Protoc . 4 (3): 363– 71. doi :10.1038/nprot.2009.2. hdl : 10044/1/18157 . PMID: 19247286. S2CID : 12497300.
- ^ Horton P, Nakai K (1997). "Mejor predicción de los sitios de localización celular de proteínas con el clasificador de k vecinos más cercanos". Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol . 5 : 147– 52. PMID 9322029.
- ^ "FAM46C PSICQUIC View" . Consultado el 11 de mayo de 2013 .
Enlaces externos
- Sitio web oficial , Proyecto completo de secuenciación genómica humana en Japón
