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Articulo de referencia

Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza

El Proyecto de Secuenciación del Genoma de la Gripe ( IGSP, por sus siglas en inglés), iniciado a principios de 2004, busca investigar la evolución de la gripe proporcionando un...

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El Proyecto de Secuenciación del Genoma de la Gripe ( IGSP, por sus siglas en inglés), iniciado a principios de 2004, busca investigar la evolución de la gripe proporcionando un conjunto de datos públicos de secuencias completas del genoma de la gripe a partir de colecciones de aislamientos que representan diversas distribuciones de especies.

El proyecto está financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), una división de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), y se ha estado desarrollando en el Centro de Secuenciación Microbiana del NIAID en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR, que en 2006 se convirtió en el Instituto Venter). La información de secuencias generada por el proyecto se ha puesto continuamente a disposición del público a través de GenBank .

Orígenes

A finales de 2003, David Lipman , Lone Simonsen , Steven Salzberg y un consorcio de otros científicos redactaron una propuesta para comenzar a secuenciar un gran número de virus de la gripe en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR). Antes de este proyecto, solo un puñado de genomas de la gripe estaban disponibles públicamente. Su propuesta fue aprobada por los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) y posteriormente se convertiría en el IGSP. El desarrollo de nuevas tecnologías, liderado por Elodie Ghedin, comenzó en el TIGR ese mismo año, y la primera publicación que describía más de 100 genomas de la gripe apareció en 2005 en la revista Nature [ 1 ].

Objetivos de la investigación

El proyecto pone a disposición del público todos los datos de secuenciación a través de GenBank , una base de datos en línea internacional, financiada por los NIH y con capacidad de búsqueda. Esta investigación ayuda a proporcionar a los investigadores internacionales la información necesaria para desarrollar nuevas vacunas , terapias y métodos de diagnóstico, así como para mejorar la comprensión de la evolución molecular general de la gripe y otros factores genéticos que determinan su virulencia. Este conocimiento no solo podría ayudar a mitigar el impacto de las epidemias anuales de gripe , sino que también podría mejorar el conocimiento científico sobre la aparición de virus de la gripe pandémica .

Resultados

El proyecto completó sus primeros genomas en marzo de 2005 y desde entonces se ha acelerado rápidamente. A mediados de 2008, se habían secuenciado completamente más de 3000 aislamientos de virus de influenza endémicos en poblaciones humanas ("gripe humana"), aviares ("gripe aviar") y porcinas ("gripe porcina"), incluidas muchas cepas de H3N2 (humana), H1N1 (humana) y H5N1 (aviar). [ 1 ]

Afiliaciones

El proyecto está financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), que forma parte de los NIH, una agencia del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos .

El IGSP se ha expandido para incluir una lista cada vez mayor de colaboradores, quienes han aportado tanto conocimientos especializados como valiosas colecciones de aislamientos de influenza. Entre los primeros colaboradores clave se encuentran Peter Palese de la Facultad de Medicina Mount Sinai en Nueva York, Jill Taylor del Centro Wadsworth del Departamento de Salud del Estado de Nueva York , Lance Jennings de los Laboratorios de Salud de Canterbury (Nueva Zelanda), Jeff Taubenberger del Instituto de Patología de las Fuerzas Armadas (quien posteriormente se trasladó a los NIH), Richard Slemons de la Universidad Estatal de Ohio y Rob Webster del Hospital Infantil St. Jude en Memphis, Tennessee.

En 2006 , Ilaria Capua, del Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (en Italia), se unió al proyecto y aportó una valiosa colección de aislamientos de gripe aviar (incluidas múltiples cepas H5N1 ). Algunos de estos aislamientos aviares se describieron en una publicación en Emerging Infectious Diseases en 2007. [ 2 ] Nancy Cox, de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), y Robert Couch, del Baylor College of Medicine, también se unieron al proyecto en 2006, aportando más de 150 aislamientos de influenza B.

El proyecto inició estudios prospectivos de la temporada de gripe de 2007 con la colaboración de Florence Bourgeois y Kenneth Mandl del Children's Hospital Boston y la Harvard School of Public Health, y Laurel Edelman de Surveillance Data Inc.

Referencias

  1. 1 2 Ghedin E, Sengamalay NA, Shumway M, Zaborsky J, Feldblyum T, Subbu V, Spiro DJ, Sitz J, Koo H, Bolotov P, Dernovoy D, Tatusova T, Bao Y, St George K, Taylor J, Lipman DJ, Fraser CM, Taubenberger JK, Salzberg SL (octubre de 2005). "La secuenciación a gran escala de la influenza humana revela la naturaleza dinámica de la evolución del genoma viral" . Nature . 437 (7062): 1162– 6. Bibcode : 2005Natur.437.1162G . doi : 10.1038/nature04239 . PMID 16208317 . (como PDF archivado el 1 de septiembre de 2006 en Wayback Machine)
  2. ↑ Salzberg SL, Kingsford C, Cattoli G, et al. (mayo de 2007). "Análisis del genoma que vincula virus de influenza (H5N1) europeos y africanos recientes" . Emerging Infect. Dis . 13 (5): 713–8 . doi : 10.3201/eid1305.070013 . PMC 2432181. PMID 17553249 .   
  • Página principal del proyecto de secuenciación de la gripe en JCVI
  • Página principal del Proyecto de Secuenciación del Genoma de la Influenza en el NIAID.
  • Recursos sobre el virus de la influenza en el NCBI (NIH)
  • Fauci AS (enero de 2006). "Amenaza de influenza pandémica y preparación" . Emerging Infect. Dis . 12 (1): 73–7 . doi : 10.3201/eid1201.050983 . PMC 3291399. PMID 16494721 .  
  • Base de datos de investigación sobre la gripe. Base de datos de secuencias de influenza e información relacionada.