Hispanopedia WikiEl dominio de caja asociada a Krüppel ( KRAB ) es una categoría de dominios de represión transcripcional presente en aproximadamente 400 factores de transcripción basados en proteínas de dedo de zinc humanas (proteínas de dedo de zinc KRAB). [1] El dominio KRAB normalmente consta de unos 75 residuos de aminoácidos, mientras que el módulo de represión mínima tiene aproximadamente 45 residuos de aminoácidos. [2] Se predice que funciona a través de interacciones proteína-proteína a través de dos hélices anfipáticas . La proteína interactuante más destacada se llama TRIM28 inicialmente visualizada como SMP1, [3] clonada como KAP1 [4] y TIF1-beta. [5] Las sustituciones de los residuos conservados eliminan la represión.
Se ha demostrado que más de 10 dominios KRAB codificados de forma independiente son represores eficaces de la transcripción, lo que sugiere que esta actividad es una propiedad común del dominio. Los dominios KRAB se pueden fusionar con herramientas CRISPR dCas9 para formar represores aún más fuertes. [6]
Evolución
El dominio KRAB se había identificado inicialmente en 1988 como una matriz periódica de residuos de leucina separados por seis aminoácidos 5' a la región de dedo de zinc de KOX1/ ZNF10 [7] acuñada como repetición de heptada de leucinas (también conocida como cremallera de leucina ). [8] Más tarde, este dominio fue nombrado en asociación con las proteínas de dedo de zinc C2H2 Krüppel associate box (KRAB). [9] [10] El dominio KRAB está confinado a genomas de organismos tetrápodos . Los genes C2H2-ZNF que contienen KRAB constituyen la subfamilia más grande de genes de dedo de zinc. Más de la mitad de los genes C2H2-ZNF están asociados con un dominio KRAB en el genoma humano. Son más propensos a agruparse y se encuentran en grandes grupos en el genoma humano. [11]
El dominio KRAB presenta uno de los represores más fuertes en el genoma humano. [2] Una vez que el dominio KRAB se fusionó con el represor de tetraciclina (TetR), las proteínas de fusión TetR-KRAB fueron el primer represor inducible por fármacos diseñado que funcionó en células de mamíferos. [3] Se pueden distinguir estructural y funcionalmente dos tipos distintos de dominios KRAB A. Los dominios KRAB A ancestrales presentes en las proteínas PDRM9 humanas se conservan evolutivamente incluso en los genomas de mejillones. Las secuencias de dominios KRAB A modernos se encuentran en los genomas de celacanto Latimeria chalumnae y de pez pulmonado . [12]
Ejemplos
Los genes humanos que codifican KRAB-ZFP incluyen KOX1/ ZNF10 , KOX8/ZNF708, ZNF43 , ZNF184 , ZNF91, HPF4, HTF10 y HTF34.
Referencias
- ^ Huntley S, Baggott DM, Hamilton AT, Tran-Gyamfi M, Yang S, Kim J, Gordon L, Branscomb E, Stubbs L (mayo de 2006). "Un catálogo completo de genes de dedo de zinc asociados a KRAB humanos: perspectivas sobre la historia evolutiva de una gran familia de represores transcripcionales". Genome Res . 16 (5): 669–77. doi :10.1101/gr.4842106. PMC 1457042 . PMID 16606702.
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