regresión de puntuación de desequilibrio de ligamiento

En genética estadística , la regresión de puntuación de desequilibrio de ligamiento ( LDSR ^{[ 1 ]} o LDSC ^{[ 2 ]} ) es una técnica que busca cuantificar las contribuciones separadas de los efectos poligénicos y diversos factores de confusión , como la estratificación poblacional , basándose en estadísticas resumidas de estudios de asociación de genoma completo (GWAS). El enfoque implica el uso de análisis de regresión para examinar la relación entre las puntuaciones de desequilibrio de ligamiento y las estadísticas de prueba de los polimorfismos ^de un solo nucleótido (SNP) del GWAS. Aquí, la "puntuación de desequilibrio de ligamiento" para un SNP "es la suma de LD r² medida con todos los demás SNP". ^{[ 3 ]}

LDSC se puede utilizar para producir estimaciones de heredabilidad basadas en SNP , para dividir esta heredabilidad en categorías separadas y para calcular correlaciones genéticas entre fenotipos separados . Dado que el enfoque LDSC se basa únicamente en estadísticas resumidas de un GWAS completo, se puede utilizar de manera eficiente incluso con tamaños de muestra muy grandes. ^{[ 4 ]} En LDSC, las correlaciones genéticas se calculan en función de la desviación entre las estadísticas chi-cuadrado y lo que se esperaría asumiendo la hipótesis nula . ^{[ 1 ]}

LDSC también se puede aplicar a través de rasgos para estimar correlaciones genéticas. Esta extensión de LDSC, conocida como regresión de puntuación LD entre rasgos , tiene la ventaja de no estar sesgada si se usa en muestras superpuestas. ^{[ 5 ] [ 6 ]} Otra extensión de LDSC, conocida como regresión de puntuación LD estratificada (abreviada SLDSR ), ^{[ 7 ]} tiene como objetivo particionar la heredabilidad por anotación funcional al tener en cuenta el ligamiento genético entre marcadores . ^{[ 8 ] [ 9 ]}