OpenChrom

OpenChrom es un software de código abierto para el análisis y la visualización de datos cromatográficos y de espectrometría de masas . ^{[ 4 ]} Su objetivo es gestionar archivos de datos nativos de varios sistemas de espectrometría de masas (p. ej. , GC/MS , LC/MS , Py-GC/MS , HPLC-MS ), de proveedores como Agilent Technologies , Varian , Shimadzu , Thermo Fisher , PerkinElmer y otros. Recientemente, también se han añadido formatos de datos de otros tipos de detectores.

OpenChrom solo admite el análisis y la representación de datos cromatográficos y de espectrometría de masas. No cuenta con capacidades para la adquisición de datos ni el control de hardware de terceros. OpenChrom está basado en la plataforma Eclipse Rich Client (RCP), por lo que está disponible para diversos sistemas operativos, como Microsoft Windows , macOS y Linux . Se distribuye bajo la Licencia Pública de Eclipse 1.0 (EPL). Las bibliotecas de terceros se encuentran en paquetes independientes y se distribuyen bajo diversas licencias compatibles con OSI .

OpenChrom fue desarrollado por Philip Wenig como parte de su tesis doctoral en la Universidad de Hamburgo , Alemania. ^{[ 5 ]} El objetivo de la tesis era aplicar técnicas de reconocimiento de patrones a conjuntos de datos registrados mediante pirólisis analítica acoplada a cromatografía y espectrometría de masas (Py-GC/MS). ^{[ 6 ] [ 7 ]}

OpenChrom ganó el premio Thomas Krenn Open Source Award 2010 ^{[ 8 ]} y el premio Eclipse Community Award 2011. ^{[ 9 ]} Los desarrolladores también son miembros fundadores del Eclipse Science Working Group. ^{[ 10 ]} Tras la exitosa comercialización del desarrollo por contrato y los servicios relacionados con el proyecto OpenChrom, el proveedor Lablicate reforzó su compromiso con el software libre/de código abierto con el lanzamiento de ChemClipse en octubre de 2016, que sirve de base para todos los productos OpenChrom. ^{[ 11 ]}

Cada proveedor de sistemas almacena los datos de análisis registrados en su propio formato propietario . Esto dificulta la comparación de conjuntos de datos de diferentes sistemas y proveedores. Además, es una gran desventaja para las pruebas interlaboratorio. El objetivo de OpenChrom es admitir de forma nativa una amplia gama de formatos de datos de espectrometría de masas . ^{[ 12 ]} OpenChrom se asegura de que los archivos de datos brutos no puedan modificarse de acuerdo con las buenas prácticas de laboratorio . Para ayudar a los científicos, OpenChrom admite varios formatos abiertos para importar y exportar los resultados del análisis. Además, OpenChrom ofrece su propio formato de código abierto (*.ocb) que permite guardar el cromatograma editado, así como los picos y los resultados de identificación.

• Agilent ChemStation *.D (DATA.MS y MSD1.MS)
• Biblioteca AMDIS (*.msl)
• Bruker Flex MALDI-MS (*.fid)
• Chromtech (*.dat)
• CSV (*.csv)
• Finnigan (*.RAW)
• Finnigan MAT95 (*.dat)
• Finnigan ITDS (*.DAT)
• Finnigan ITS40 (*.MS)
• Elemento Finnigan II (*.dat)
• JCAMP-DX (*.JDX)
• Microsoft Excel (*.xlsx)
• mzXML (*.mzXML)
• mzData (*.mzData)
• NetCDF (*.CDF)
• Texto NIST (*.msp)
• Cromatografía abierta binaria (*.ocb)
• Cargas máximas (*.mpl)
• PerkinElmer (*.raw)
• SMS Varian (*.SMS)
• Varian XMS (*.XMS)
• VG MassLab (*.DAT_001;1)
• Shimadzu (*.qgd)
• Shimadzu (*.spc)
• Aguas (*.RAW)
• ZIP (*.zip)
• Agilent ICP-MS (*.icp)
• Finnigan ICIS (*.dat)
• mzML (*.mzML)
• mzMLb (*.mzMLb)
• mz5 (*.mz5)
• mzDB (*.mzDB)
• SVG (*.svg)
• MassHunter (*.D)
• Finnigan ICIS (*.dat)
• MassLynx (*.RAW)
• Gramos galácticos (*.cgm)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent FID (*.D/*.ch)
• Texto FID (*.xy)
• NetCDF (*.cdf)
• PerkinElmer (*.raw)
• Variante (*.run)
• Finnigan FID (*.dat)
• Finnigan FID (*.raw)
• Shimadzu (*.gcd)
• Arw (*.arw)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent DAD (*.UV/*.ch)
• ABSciex
• Cromulano
• Shimadzu (*.lcd)
• El agua empodera
• AnIML (*.animl)

• Termogaláctico (*.spc)
• Thermo Fisher Nicolet (*.spa)
• GAML (*.gaml)

• Bruker OPUS (*.0)

• Cargas máximas (*.mpl)
• NIST -DB (*.msp)
• AMDIS (*.msl)
• AMDIS (*.cal)
• AMDIS (*.ELU)
• Banco de Masas (*.txt)
• SIRIUS (*.ms)

OpenChrom ofrece una variedad de funciones para analizar datos cromatográficos:

• Manejo nativo de datos cromatográficos (MSD y FID)
• Soporte para procesamiento por lotes
• Compatibilidad con detectores de línea base
• Detector de picos, soporte para integrador
• deconvolución de picos
• Compatibilidad con picos e identificadores de espectro de masas.
• Soporte de cuantificación
• Compatibilidad con filtros (por ejemplo, eliminación de fragmentos masivos y escaneos, reducción de ruido, suavizado Savitzky-Golay , CODA , retroproyección)
• Soporte para el cambio de horario de retención
• Soporte para índice de retención
• Modo de superposición de cromatogramas
• Soporte para el análisis de componentes principales (PCA)
• Soporte para hacer/ deshacer /rehacer
• Integración de OpenOffice / LibreOffice y Microsoft Office
• Ampliable mediante complementos
• Análisis del patrón de picos del cromatograma
• Compatibilidad con bases de datos de cromatogramas y picos
• Soporte de actualización
• Restar el soporte de espectros de masas

El software se lanzó por primera vez en 2010. Cada versión lleva el nombre de un científico de renombre. ^{[ 13 ]} Dentro de cada versión principal, se publican nuevas versiones semanalmente. ^{[ 14 ]}

• Sitio web oficial