Patrocladograma

Un patrocladograma es un patrón de ramificación cladística que ha sido modificado con precisión mediante el uso de distancias patristicas (es decir, divergencias entre linajes); un tipo de filograma . ^{[ 1 ]} La distancia patristica se define como "el número de cambios de pasos apomórficos que separan dos taxones en un cladograma", ^{[ 2 ]} y se utiliza exclusivamente para determinar la cantidad de divergencia de una característica de un ancestro común. Esto significa que las distancias cladísticas y patristicas se combinan para construir un nuevo árbol utilizando varios algoritmos fenéticos . ^{[ 3 ]} El propósito del patrocladograma en la clasificación biológica es formar una hipótesis sobre qué procesos evolutivos están realmente involucrados antes de tomar una decisión taxonómica. ^{[ 4 ]} Los patrocladogramas se basan en bioestadística que incluye, pero no se limita a: parsimonia , matriz de distancias , métodos de verosimilitud y probabilidad bayesiana . Algunos ejemplos de datos genómicos que pueden utilizarse como datos de entrada para estos métodos son: secuencias moleculares , secuencias del genoma completo , frecuencias génicas, sitios de restricción , matrices de distancias, caracteres únicos, mutaciones como los SNP y datos del genoma mitocondrial .

Precauciones con el uso del patrocladograma

Los patrocladogramas son gráficos que plantean hipótesis de similitud, mientras que los árboles filogenéticos son gráficos que plantean hipótesis de ascendencia común . Cuando un patrocladograma no coincide lógicamente con una hipótesis de árbol filogenético comparable, no debe utilizarse para definir grupos monofiléticos. El uso de patrocladogramas puede distorsionar las interpretaciones de la evolución novedosa o representar rasgos homólogos como homoplásticos . ^{[ 5 ]}

Programas para el análisis de patrocladogramas

La mayoría de los filogramas se guardan en alguna variante del formato Newick , como PAUP* , MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis , Clustal , PHYLIP o Nexus . Estas distintas versiones del formato Newick se pueden utilizar como entrada para calcular distancias patristicas en la formación de patrocladogramas. Existen dos programas informáticos de uso común : uno para analizar la distancia patristica y otro para crear un patrocladograma visualizable.

Consulte ambos programas a continuación:

PATRÍSTICO

Patristic es un programa Java que utiliza diferentes archivos de árbol como entrada y calcula sus distancias patristicas. Patristic permite guardar y editar dichas distancias. Patristic ofrece diferentes representaciones gráficas de los resultados, así como la posibilidad de guardarlos en formato CSV para crear gráficos con Excel. ^{[ 6 ]}

RAMI

RAMI utiliza longitudes de ramas para crear clústeres que luego pueden visualizarse como un patrón de diagramas. ^{[ 7 ]}

Referencias

↑ Hörandl E; Stuessy TF (2010). "Grupos parafiléticos como unidades naturales de clasificación biológica" . Taxon . 59 (2): 345– 350. doi : 10.1002/tax.592001 .
↑ Stuessy TF; König C (mayo de 2008). "Clasificación patrocladística" . Taxon . 57 (2): 594– 601. doi : 10.2307/25066026 . JSTOR 25066026 .
↑ Achigan-Dako, Enoch G. (2008). Análisis filogenético y de variación genética en especies de cucurbitáceas (Cucurbitaceae) de África Occidental: definición de estrategias de conservación . Cuvillier Verlag. pp. 1–145 . ISBN 978-3867277853.
↑ Hörandl E. (abril de 2010). "Más allá de la cladística: extendiendo las clasificaciones evolutivas a niveles temporales más profundos" . Taxon . 59 (2): 345–350 . doi : 10.1002/tax.592001 .
↑ Wiley EO (febrero de 2009). "Patrocladística, nada nuevo" . Taxon . 58 (1): 2– 6. doi : 10.1002/tax.581002 .
↑ Fourment M.; Gibbs MJ (2006). " PATRISTIC: un programa para calcular distancias patrísticas y comparar gráficamente los componentes del cambio genético" . BMC Evolutionary Biology . 6 : 1–5 . doi : 10.1186/1471-2148-6-1 . PMC 1352388. PMID 16388682 .
↑ Pommier T.; Canbäck B.; Lundberg P.; Hagström A.; Tunlid A. (2009). "RAMI: una herramienta para la identificación y caracterización de grupos filogenéticos en comunidades microbianas" . Bioinformatics . 25 ( 6): 736– 742. doi : 10.1093/bioinformatics/btp051 . PMC 2654800. PMID 19223450 .

Lecturas adicionales

Hörandl, Elvira; Stuessy, Tod F. (diciembre de 2010), "Grupos parafiléticos como unidades naturales de clasificación biológica", Taxon , 59 (6): 1641– 1653, doi : 10.1002/tax.596001
Stuessy, Tod F. (febrero de 2009), "Paradigmas en la clasificación biológica (1707-2007): ¿Ha cambiado algo realmente?", Taxon , 58 (1): 68–76 , doi : 10.1002/tax.581010

Enlaces externos

Software PATRISTIC
Software RAMI

[1] Hörandl E; Stuessy TF (2010). "Grupos parafiléticos como unidades naturales de clasificación biológica" . Taxon . 59 (2): 345– 350. doi : 10.1002/tax.592001 .

[2] Stuessy TF; König C (mayo de 2008). "Clasificación patrocladística" . Taxon . 57 (2): 594– 601. doi : 10.2307/25066026 . JSTOR 25066026 .

[3] Achigan-Dako, Enoch G. (2008). Análisis filogenético y de variación genética en especies de cucurbitáceas (Cucurbitaceae) de África Occidental: definición de estrategias de conservación . Cuvillier Verlag. pp. 1–145 . ISBN 978-3867277853.

[4] Hörandl E. (abril de 2010). "Más allá de la cladística: extendiendo las clasificaciones evolutivas a niveles temporales más profundos" . Taxon . 59 (2): 345–350 . doi : 10.1002/tax.592001 .

[5] Wiley EO (febrero de 2009). "Patrocladística, nada nuevo" . Taxon . 58 (1): 2– 6. doi : 10.1002/tax.581002 .

[6] Fourment M.; Gibbs MJ (2006). " PATRISTIC: un programa para calcular distancias patrísticas y comparar gráficamente los componentes del cambio genético" . BMC Evolutionary Biology . 6 : 1–5 . doi : 10.1186/1471-2148-6-1 . PMC 1352388. PMID 16388682 .

[7] Pommier T.; Canbäck B.; Lundberg P.; Hagström A.; Tunlid A. (2009). "RAMI: una herramienta para la identificación y caracterización de grupos filogenéticos en comunidades microbianas" . Bioinformatics . 25 ( 6): 736– 742. doi : 10.1093/bioinformatics/btp051 . PMC 2654800. PMID 19223450 .

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