Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Difracción anómala de una sola longitud de onda

La difracción anómala de una sola longitud de onda (SAD) es una técnica utilizada en cristalografía de rayos X que facilita la determinación de la estructura de proteínas u otra...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

La difracción anómala de una sola longitud de onda (SAD) es una técnica utilizada en cristalografía de rayos X que facilita la determinación de la estructura de proteínas u otras macromoléculas biológicas al permitir la solución del problema de fase . A diferencia de la difracción anómala de múltiples longitudes de onda (MAD), la SAD utiliza un único conjunto de datos en una única longitud de onda apropiada.

En comparación con MAD, SAD tiene un poder de fase más débil y requiere modificación de densidad para resolver la ambigüedad de fase. [ 1 ] Esta desventaja no es tan importante como la principal ventaja de SAD: la minimización del tiempo que el cristal permanece en el haz, reduciendo así el daño potencial por radiación a la molécula durante la recolección de datos. SAD también permite una selección más amplia de átomos pesados ​​y puede realizarse sin una línea de luz de sincrotrón. [ 1 ] Hoy en día, selenio-SAD se usa comúnmente para la fase experimental debido al desarrollo de métodos para la incorporación de selenometionina en proteínas recombinantes.

A veces, la SAD se denomina "dispersión anómala de longitud de onda única" , pero en esta técnica no se utilizan diferencias dispersivas, ya que los datos se recopilan en una sola longitud de onda.

Véase también

Referencias

  1. 1 2 "Diccionario de términos comunes utilizados en PHENIX" . phenix-online.org . MAD: [...] Las diferencias en la dispersión anómala alrededor del borde permiten calcular ángulos de fase sin la ambigüedad de fase presente en los experimentos SAD, aunque la modificación de la densidad generalmente seguirá siendo necesaria para obtener un mapa fácilmente interpretable. [...] Aunque muy potente, la fase MAD ha disminuido algo en popularidad en relación con SAD debido a la elección más limitada de átomos pesados, la dificultad de evitar el daño por radiación y el requisito de una línea de luz de sincrotrón. [...] SAD: [...] SAD se realiza a menudo con proteína incorporada con selenometionina, pero se puede utilizar cualquier átomo de dispersión anómala (incluido el azufre, si los datos son de muy alta calidad).

Lecturas adicionales

  • WA Hendrickson (1985). "Análisis de la estructura de proteínas a partir de mediciones de difracción en múltiples longitudes de onda". Trans. ACA Vol 21.
  • J Karle (1980). "Algunos avances en dispersión anómala para la investigación estructural de sistemas macromoleculares en biología". International Journal of Quantum Chemistry: Quantum Biology Symposium 7, 357–367.
  • J. Karle (1989). "Análisis algebraico lineal de estructuras con un tipo predominante de dispersor anómalo". Acta Crystallogr . A45, 303–307.
  • A. Pahler, JL Smith y WA Hendrickson (1990). "Una representación probabilística para la información de fase a partir de la dispersión anómala de múltiples longitudes de onda". Acta Crystallogr . A46, 537–540.
  • TC Terwilliger (1994). "Fase MAD: estimaciones bayesianas de FA" Acta Crystallogr . D50, 11-16.
  • TC Terwilliger (1994). "MAD Phasing: Treatment of Dispersive Differences as Isomorphous Replacement Information" Acta Crystallogr . D50, 17–23.
  • R. Fourme, W. Shepard, R. Kahn, G. l'Hermite e I.L. de La Sierra (1995). "El método de contraste anómalo de solvente de múltiples longitudes de onda (MASC) en cristalografía macroscópica". J. Synchrotron Rad . 2, 36–48.
  • E. de la Fortelle y G. Bricogne (1997) "Refinamiento de parámetros de átomos pesados ​​de máxima verosimilitud para métodos de difracción anómala de reemplazo isomorfo múltiple y de múltiples longitudes de onda". Methods in Enzymology 276, 472–494.
  • WA Hendrickson y CM Ogata (1997) "Determinación de fase a partir de mediciones de difracción anómala de múltiples longitudes de onda". Methods in Enzymology 276, 494–523.
  • J. Bella y MG Rossmann (1998). "Un algoritmo general de fase para datos MAD y MIR múltiples" Acta Crystallogr. D54, 159–174.
  • JM Guss, EA Merritt, RP Phizackerley, B. Hedman, M. Murata, KO Hodgson y HC Freeman (1989). "Determinación de fase mediante difracción de rayos X de longitud de onda múltiple: estructura cristalina de una proteína básica de cobre azul de pepinos". Science 241, 806–811.
  • B. Vijayakumar y D. Velmurugan (2013). "Uso de iones de europio para la determinación de fases SAD de lisozima en la longitud de onda Cu Kα" Acta Crystallogr . F69, 20–24.
  • JP Rose y BC Wang (2016) "Fases del SAD: Historia, impacto actual y oportunidades futuras" Archives Biochem Biophys 602, 80-94.
  • Fases MAD : un tutorial detallado con ejemplos, ilustraciones y referencias.

Programas informáticos

  • El paquete de absorción SSRL — Brennan S, Cowan PL (1992). "Un conjunto de programas para calcular el rendimiento de absorción, reflexión y difracción de rayos X para una variedad de materiales en longitudes de onda arbitrarias" . Rev. Sci. Instrum . 63 (1): 850. Bibcode : 1992RScI...63..850B . doi : 10.1063/1.1142625 .
  • CHOOCH — Evans G, Pettifer RF (2001). "CHOOCH: un programa para derivar factores de dispersión anómala a partir de espectros de fluorescencia de rayos X". J. Appl. Crystallogr . 34 (1): 82– 86. doi : 10.1107/S0021889800014655 .
  • Shake-and-Bake ( SnB ) — Smith GD, Nagar B, Rini JM, Hauptman HA, Blessing RH (1998). "El uso de Snb para determinar una subestructura de dispersión anómala". Acta Crystallogr D . 54 (Pt 5): 799– 804. Bibcode : 1998AcCrD..54..799S . doi : 10.1107/S0907444997018805 . PMID 9757093 . 
  • SHELX — Sheldrick GM (1998). «SHELX: aplicaciones a macromoléculas». En S Fortier (ed.). Métodos directos para resolver estructuras macromoleculares . Dordrecht: Kluwer Academic Publishers. pp. 401–411 . ISBN  0-7923-4949-0.{{cite book}}: CS1 mantenimiento: ubicación del editor ( enlace )

Tutoriales y ejemplos

  • Evans, Gwyndaf (octubre de 1994). "El método de difracción anómala de longitud de onda múltiple mediante radiación sincrotrón a energías de rayos X óptimas: aplicación a la cristalografía de proteínas" . Tesis doctoral . Universidad de Warwick.