Comisionado de las Naciones Unidas para Namibia

El 1 de abril de 1989 —el "Día D" para el plan de paz— las unidades de la UNTAG no se habían desplegado por completo y las que sí lo estaban (en su mayoría civiles y observadores) carecían de equipo para el transporte y las comunicaciones. A pesar de ello, las esperanzas eran altas, ya que un alto el fuego informal se había mantenido durante casi siete meses. Sin embargo, en la madrugada, las SADF informaron que grupos fuertemente armados de militantes del SWAPO , pertenecientes al Ejército Popular de Liberación de Namibia (PLAN), habían comenzado a cruzar la frontera y a establecer posiciones en el norte de Namibia, lo que, de ser cierto, habría constituido una clara violación del acuerdo que estipulaba que debían permanecer confinados en sus bases angoleñas. El SWAPO negó haber violado los términos del acuerdo y afirmó que sus combatientes iban a entregar armas a la UNTAG y que habían sido atacados por las SADF.

El jefe de la UNTAG, Martti Ahtisaari , recibió presiones de la primera ministra británica, Margaret Thatcher , quien se encontraba de visita en el sur de África en ese momento, y del ministro de Asuntos Exteriores sudafricano, Pik Botha , para que permitiera a las fuerzas de la SADF abandonar sus bases y repeler las incursiones de la SWAPO. Ahtisaari decidió rápidamente permitir un despliegue limitado, y más tarde describiría esta decisión como la más difícil. Le dijo a The New York Times :

"Estábamos en una labor de contención, no de liberar tropas, sino de contenerlas. De lo contrario, todo el ejército sudafricano podría haber ido tras la guerrilla namibia , y creo que también podrían haber invadido Angola. Al limitar la represalia sudafricana a media docena de batallones del ejército y unidades policiales, el proceso de transición se salvó en última instancia." ^{[ 7 ]}

A continuación se produjo un período de intensos combates en el que las fuerzas de la SWAPO sufrieron más de 350 bajas mortales. ^{[ 8 ]}

Se llevaron a cabo negociaciones apresuradas y se alcanzó un nuevo acuerdo el 20 de abril de 1989, cuando las fuerzas de la SADF se retiraron a sus bases durante 60 horas, permitiendo así la retirada pacífica de los militantes de la SWAPO. Posteriormente, se les concedieron dos semanas a las SADF para confirmar que la SWAPO había abandonado Namibia y para capturar cualquier depósito de armas descubierto. Ambas partes respetaron este acuerdo, aunque Ahtisaari y el Secretario General de la ONU estaban preocupados por el tiempo que las SADF permanecerían fuera de sus bases e insistieron en que regresaran a sus cuarteles . A pesar de estas reservas, la retirada y la verificación transcurrieron sin incidentes y, al final, la UNTAG estaba casi completamente desplegada, aunque con un mes de retraso.

En octubre de 1989, por orden del Consejo de Seguridad de la ONU , Pretoria se vio obligada a desmovilizar a unos 1600 miembros de Koevoet ( palanca en afrikáans ). El caso de Koevoet había sido uno de los más difíciles a los que se enfrentó el Grupo Asesor Técnico de la ONU (UNTAG). Esta unidad de contrainsurgencia fue formada por Sudáfrica tras la aprobación de la Resolución 435 del Consejo de Seguridad de la ONU y, por lo tanto, no se mencionó en la Propuesta de Acuerdo ni en los documentos relacionados. La ONU consideraba a Koevoet una unidad paramilitar que debía disolverse, pero la unidad continuó desplegándose en el norte en convoyes blindados y fuertemente armados. En junio de 1989, el Representante Especial comunicó al Administrador General que este comportamiento era totalmente incompatible con la Propuesta de Acuerdo , que exigía que la policía estuviera ligeramente armada. Además, la gran mayoría del personal de Koevoet no era apto para seguir trabajando en la Policía del Sudoeste de África ( SWAPOL ). El Consejo de Seguridad, en su resolución 640 (1989) del 29 de agosto, exigió la disolución de Koevoet y el desmantelamiento de sus estructuras de mando. El ministro de Asuntos Exteriores de Sudáfrica, Pik Botha, anunció el 28 de septiembre de 1989 que 1200 exmiembros de Koevoet serían desmovilizados a partir del día siguiente. Otros 400 efectivos fueron desmovilizados el 30 de octubre. Estas desmovilizaciones fueron supervisadas por observadores militares de la UNTAG. ^{[ 9 ]}

El período de transición de 11 meses concluyó con relativa tranquilidad. Se concedió amnistía a los presos políticos, se derogó la legislación discriminatoria, Sudáfrica retiró todas sus fuerzas de Namibia y unos 42.000 refugiados regresaron de forma segura y voluntaria bajo los auspicios de la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR). Casi el 98% de los votantes registrados acudieron a las urnas para elegir a los miembros de la Asamblea Constituyente. Las elecciones de 1989 fueron certificadas como libres y justas por el Representante Especial de la ONU , con el SWAPO obteniendo el 57% de los votos, justo por debajo de los dos tercios necesarios para tener libertad de acción en la revisión de la constitución marco. La Alianza Democrática Turnhalle, de la oposición , recibió el 29% de los votos. La Asamblea Constituyente celebró su primera reunión el 21 de noviembre de 1989 y resolvió por unanimidad utilizar los Principios Constitucionales de 1982 en la nueva constitución de Namibia.

(Según The Guardian del 26 de julio de 1991, Pik Botha declaró en una rueda de prensa que el gobierno sudafricano había pagado más de 20 millones de libras esterlinas a al menos siete partidos políticos de Namibia para oponerse a la SWAPO en el período previo a las elecciones de 1989. Justificó el gasto argumentando que Sudáfrica estaba en guerra con la SWAPO en aquel momento).

El Día de la Independencia, el 21 de marzo de 1990, se celebró en el estadio deportivo de Windhoek , con la asistencia de numerosos representantes internacionales, entre ellos los protagonistas principales: el Secretario General de la ONU , Javier Pérez de Cuéllar , y el Presidente de Sudáfrica , FW de Klerk , quienes otorgaron formalmente la independencia a Namibia. Sam Nujoma juró el cargo como primer Presidente de Namibia ante la mirada de Nelson Mandela (recién liberado de prisión) y representantes de 147 países, incluidos 20 jefes de Estado. ^{[ 10 ]}

El 1 de marzo de 1994, Sudáfrica transfirió a Namibia el enclave costero de Walvis Bay y doce islas cercanas. Esto se produjo tras tres años de negociaciones bilaterales entre ambos gobiernos y el establecimiento, en noviembre de 1992, de una Autoridad Administrativa Conjunta (AAC) transitoria para administrar el territorio ^de  780 km² (300 millas cuadradas). La resolución pacífica de esta disputa territorial fue elogiada por la comunidad internacional, ya que cumplía con lo dispuesto en la Resolución 432 (1978) del Consejo de Seguridad de la ONU, que declaró a Walvis Bay parte integrante de Namibia.