SARS-CoV-2 Theta variant

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  Amino acid mutations of SARS-CoV-2 Theta variant plotted on a genome map of SARS-CoV-2 with a focus on the spike.^[5]

En una secuenciación realizada por instituciones de investigación filipinas a principios de 2021, se observaron un total de 14 sustituciones de aminoácidos en todas las muestras (marcadas en rojo a continuación), incluyendo siete en la proteína de la espícula . Cuatro de estas mutaciones de la espícula — E484K , N501Y , D614G y P681H — ya se habían reportado en variantes de interés . Las tres restantes (E1092K, H1101Y y V1176F) se ubicaron hacia la región C-terminal de la proteína de la espícula . También se encontró una sustitución K2Q en el extremo N-terminal del gen ORF8 en todas las muestras. Se observaron otras tres mutaciones en 32 de las 33 muestras (marcadas en verde ), incluyendo una deleción de tres aminoácidos en las posiciones 141-143 de la proteína de la espícula. Además, se detectaron cinco mutaciones sinónimas (marcadas en gris ) en todos los casos. ^{[ 2 ]}

Mediante el programa de biovigilancia del Centro del Genoma Filipino de la Universidad de Filipinas y los Institutos Nacionales de Salud , junto con el Departamento de Salud (DOH), se identificó por primera vez en Filipinas una variante del SARS-CoV-2 con múltiples mutaciones preocupantes en la región de la proteína de la espícula mediante secuenciación del genoma completo . Las señales iniciales de estas mutaciones se observaron anteriormente durante la vigilancia genómica de rutina, cuando muestras de Visayas Central mostraron la presencia de las mutaciones E484K y N501Y de la proteína de la espícula. ^{[ 2 ]} Estos hallazgos fueron reportados por primera vez por el DOH el 18 de febrero de 2021, señalando que 37 de 50 muestras secuenciadas portaban estas mutaciones, y 29 casos mostraron ambas mutaciones simultáneamente. En ese momento, aún no se había identificado la secuencia completa. ^{[ 7 ]}

Se realizó una caracterización genómica adicional mediante secuenciación de nueva generación . La primera muestra conocida asociada a este linaje emergente se recolectó el 8 de enero de 2021, y la variante se detectó posteriormente en todos los lotes de secuenciación subsiguientes, llegando a un total de casi cien casos confirmados. Una tanda de secuenciación clave realizada el 4 de febrero de 2021 ayudó a consolidar la evidencia de un linaje distinto. ^{[ 2 ]}

Con base en esta evidencia genómica acumulada, la nueva variante fue designada oficialmente como linaje P.3 el 10 de marzo de 2021. ^{[ 2 ]} Esta clasificación fue confirmada posteriormente por el DOH el 13 de marzo de 2021, que también señaló la detección simultánea del linaje P.1 en el país. El departamento informó 98 casos de la variante P.3 hasta el momento. Si bien tanto P.1 como P.3 se originan del linaje más amplio B.1.1.28, las autoridades sanitarias enfatizaron que sus efectos sobre la transmisibilidad y la eficacia de la vacuna aún estaban bajo investigación al momento de su identificación. ^{[ 8 ]} Subrayaron que dada la combinación de mutaciones identificadas en esta variante, se necesita más investigación para evaluar su impacto general en la transmisibilidad, la patogenicidad y la inmunogenicidad . También se observó que la agrupación temporal de casos de P.3 coincidía con un fuerte aumento en las infecciones por COVID-19 en Visayas Central durante el mismo período. ^{[ 2 ]}

La variante Theta se detectó por primera vez a nivel internacional en Japón después de que un viajero asintomático procedente de Filipinas llegara al Aeropuerto Internacional de Narita el 25 de febrero de 2021. El Ministerio de Salud de Japón confirmó el caso el 12 de marzo de 2021, identificando al individuo como un hombre de unos 60 años. ^{[ 9 ] [ 10 ]}

El 17 de marzo de 2021, el Reino Unido confirmó sus dos primeros casos, ^{[ 11 ]} mientras que el 30 de abril de 2021, Malasia detectó sus primeros ocho casos del linaje P.3 en Sarawak . ^{[ 12 ]}