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SHLD1

SHLD1 o subunidad 1 del complejo shieldin es un gen en el cromosoma 20. [ 5 ] El gen C20orf196 codifica un ARNm de 1763 pares de bases y una proteína de 205 aminoácidos. [ 5 ] F...

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SHLD1 o subunidad 1 del complejo shieldin es un gen en el cromosoma 20. [ 5 ] El gen C20orf196 codifica un ARNm de 1763 pares de bases y una proteína de 205 aminoácidos. [ 5 ]

Función

C20orf196 participa en la red de reparación del ADN. Gupta et al. identificaron C20orf196 como parte de un complejo proteico específico de vertebrados llamado shieldin. [ 6 ] Shieldin se recluta a las roturas de doble cadena (DSB) para promover la reparación dependiente de la unión de extremos no homólogos (NHEJ), la recombinación de cambio de clase de inmunoglobulina (CSR) y la fusión de telómeros no protegidos . [ 6 ] El análisis indica una interacción subestequiométrica o una afinidad de interacción más débil de SHLD1 con el complejo shieldin. [ 6 ]

Gene

Lugar

C20orf196 se encuentra en el brazo corto del cromosoma 20 , en 20p12.3, desde los pares de bases 5.750.286 hasta 5.864.407 en la cadena directa. [ 5 ] Contiene 11 exones . [ 7 ]

Alias

Sus alias son RINN3 [ 6 ] y SHLD1.

Expresión

ARNm

Empalme alternativo

C20orf196 produce 9 ARNm diferentes, con 7 variantes de empalme alternativo y 2 formas no empalmadas. [ 7 ] Hay 3 promotores alternativos probables , 3 últimos exones alternativos no superpuestos y 2 sitios de poliadenilación alternativos . [ 7 ] Los ARNm difieren por el truncamiento del extremo 5', el truncamiento del extremo 3', la presencia o ausencia de 2 exones de casete y exones superpuestos con límites diferentes. [ 7 ]

isoformas

C20orf196 tiene seis isoformas de empalme . [ 7 ]

Promotor

La región promotora se encuentra entre las bases 5749286 y 5750555, con un total de 1270 pares de bases. [ 5 ] El sitio de inicio de la transcripción se encuentra entre las bases 5750382 y 5750409, con un total de 28 pares de bases. [ 5 ]

Expresión

Perfil de expresión tisular humana de NCBI GEO para C20orf196.

El análisis de RNA-Seq ha demostrado la expresión ubicua de c20orf196 en 26 tejidos humanos: glándula suprarrenal, apéndice, médula ósea, cerebro, colon, duodeno, endometrio, esófago, grasa, vesícula biliar, corazón, riñón, hígado, pulmón, ganglio linfático, ovario, páncreas, placenta, próstata, glándula salival, piel, intestino delgado, bazo, estómago, testículo, tiroides y vejiga urinaria. [ 5 ] Los niveles más altos de ARNm de C20orf196 se encontraron en el ganglio linfático, amígdala, tiroides, glándula suprarrenal, próstata, faringe, paratiroides, tejido conectivo y médula ósea. [ 8 ]

Se encontró que C20orf196 se expresa en tumores de tejido blando/muscular, linfomas y tumores pancreáticos. [ 9 ] La representación de C20orf196 estaba sesgada hacia la etapa de desarrollo fetal. [ 9 ] Los datos de expresión de EBI mostraron una alta expresión de C20orf196 en el diencéfalo y la corteza cerebral en el cerebro en desarrollo. [ 9 ]

Proteína

Características generales

El transcrito más común codifica una proteína de 205 aminoácidos con una masa molecular de 23 kDa. [ 10 ] Tiene un punto isoeléctrico predicho de 4,72. [ 11 ] Se predice que tiene una vida media de alrededor de 30 horas. [ 12 ] C20orf196 contiene 19 residuos positivos (9,3 %), 32 residuos negativos (15,6 %) y 46 residuos hidrofóbicos (22,4 %). [ 13 ]

Localización celular

Se predice que C20orf196 se localiza en el núcleo . [ 7 ]

Dominios

C20orf196 contiene un dominio, DUF4521, que surgió en Amniote . [ 5 ] DUF4521 abarca desde el aminoácido 3 hasta el 201. [ 5 ] Varias regiones de este dominio se conservan en los ortólogos de c20orf196 que se encuentran en mamíferos, anfibios y peces. Las proteínas de esta familia no han sido caracterizadas funcionalmente.

Modificaciones postraduccionales

Hay muchos sitios de fosforilación dirigidos por quinasas de serina no especificadas . [ 14 ] Se predice que C20orf196 tiene un sitio de SUMOilación en el aminoácido 203 y un sitio de N-glicosilación en el aminoácido 69. [ 15 ] [ 16 ] Se predice que C20orf196 tiene dos sitios de ubiquitinación en los aminoácidos 84 y 139. [ 17 ]

Estructura secundaria

Varios programas de modelado predijeron una estructura secundaria que contiene hélice alfa , lámina beta y regiones de bobina. [ 18 ] [ 19 ] CFSSP ha predicho que la estructura secundaria de C20orf196 es 57,1% hélices alfa, 48,8% hebras beta y 16,6% giros beta. [ 20 ]

Interacciones de proteínas

Varias bases de datos que citan cribados de doble híbrido de levadura han encontrado que C20orf196 interactúa con PRMT1 , QARS , MAD2L2 y CUL3 . [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] C20orf196 interactúa funcionalmente con REV7, SHLD2 y SHLD3 en el complejo shieldin dentro de la red de reparación del ADN . [ 6 ]

Homología y evolución

Ortólogos

Los ortólogos del gen C20orf196 se encuentran en especies que incluyen mamíferos , aves , reptiles y anfibios . [ 6 ] [ 25 ] C20orf196 tiene ortólogos distantes en peces óseos y peces cartilaginosos . [ 6 ] [ 25 ] No hay ortólogos en invertebrados . [ 6 ] Se encuentran ortólogos en 163 organismos. [ 5 ]

Parálogos

No existen parálogos en humanos. [ 5 ]

Figura que ilustra la tasa de evolución de C20orf196 en veinte ortólogos en comparación con la proteína de rápida evolución, el fibrinógeno, y la proteína de lenta evolución, el citocromo C.

Tasa de evolución

C20orf196 presenta una alta tasa de divergencia en su secuencia proteica. Es una proteína de rápida evolución, que evoluciona más rápido que el fibrinógeno , como se observa en la figura de la derecha.

Fenotipo

Los estudios de asociación de genoma completo han identificado SNP encontrados en el gen C20orf196 que están asociados con la longevidad parental, la velocidad de procesamiento de la información y la aparición de carcinoma de mama . [ 26 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000171984 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000044991 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 "C20orf196 cromosoma 20 marco de lectura abierto 196 [ Homo sapiens (humano) ] - Gen - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 5 de febrero de 2018 .
  6. 1 2 3 4 5 6 7 8 Gupta R, Somyajit K, Narita T, Maskey E, Stanlie A, Kremer M, Typas D, Lammers M, Mailand N, Nussenzweig A, Lukas J, Choudhary C (mayo de 2018). "Análisis de la red de reparación del ADN revela a Shieldin como un regulador clave de NHEJ y la sensibilidad a los inhibidores de PARP" . Cell . 173 (4): 972–988.e23. doi : 10.1016/j.cell.2018.03.050 . PMC 8108093. PMID 29656893. S2CID 4886733 .   
  7. 1 2 3 4 5 6 Thierry-Mieg, Danielle; Thierry-Mieg, Jean. "AceView: Gene:C20orf196, una anotación completa de genes humanos, de ratón y de gusano con ARNm o ESTsAceView" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 5 de febrero de 2018 .
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  9. 1 2 3 "El Instituto Europeo de Bioinformática < EMBL-EBI " . 2018.
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