Hispanopedia WikiTM6SF2 es el gen humano de la superfamilia 2 de la proteína transmembrana 6 que codifica una proteína del mismo nombre. Este gen también se conoce como KIAA1926. [ 5 ] Actualmente se desconoce su función exacta.
Ubicación
TM6SF2 se localiza en el cromosoma 19, concretamente en el locus 19p13.3-p12. Está flanqueado por los genes SUGP1 (una proteína que contiene dominios SURP y G-Patch y que se cree que desempeña un papel en el empalme del pre-ARNm [ 5 ] ) y HAPLN4 (una proteína de enlace de hialuronano y proteoglicano 4 que se une al ácido hialurónico y que puede estar implicada en la formación de la matriz extracelular [ 5 ] ), situados aguas arriba y aguas abajo respectivamente. [ 6 ]
Aspectos evolutivos
Ortólogos
TM6SF2 es un gen moderadamente conservado. Existen ortólogos en varios filos tan divergentes como los invertebrados. Se han identificado 82 organismos que poseen ortólogos de este gen. Los ortólogos más distantes de TM6SF2 se encuentran en el pez cebra ( Danio rerio ) y la garrapata del ciervo ( Ixodes scapularis ). [ 6 ] A continuación se muestra una tabla resumen de algunos de los ortólogos del gen obtenidos de la base de datos del NCBI.
Parálogos
TM6SF1 ha sido identificado como un parálogo de TM6SF2 en humanos [ 6 ] sobre el cual se sabe poco.
Dominios homólogos
El dominio de función desconocida DUF2781 está altamente conservado entre homólogos. DUF2781 pertenece a la familia pfam10914 , que comprende proteínas eucariotas no caracterizadas, algunas de las cuales son proteínas de membrana [ 6 ].
ARNm
El producto de ARN tiene 1483 pares de bases de longitud y se empalma alternativamente para producir siete isoformas diferentes (ARNm alternativos a - f, siendo la forma a la más abundante) con combinaciones variables de los 10 exones identificados. [ 7 ] El microARN miR-1343 se une a un sitio 3' UTR llamado 7mer-m8 (como predice TargetScan [ 8 ] ).
Patrones de plegado
Las regiones UTR 5' y 3' del ARNm muestran cierta formación de bucles de tallo para mayor estabilidad. Gran parte de esta química parece tener lugar en la región 5', que tiene tres bucles de tallo en comparación con la región 3', que solo tiene uno. [ 9 ]
Exones e intrones
Hay diez exones diferentes y los que se expresan dependen de cómo se produce el empalme alternativo. Hay cuatro sitios de poliadenilación alternativos presentes. [ 7 ]
Región promotora
El promotor de este gen se encuentra corriente arriba y abarca las bases 19383923 a 19384700 (778 pb de longitud) en la cadena negativa del cromosoma 19. Existen varios factores de transcripción capaces de unirse a esta región promotora, incluyendo la proteína de unión al elemento de respuesta a cAMP , SMAD3 , KLF3 , EGR1 , SOX / SRY , PAX2 / PAX5 [ 10 ] y también se han identificado dos regiones SNP. [ 11 ] Los factores de transcripción predichos para unirse al promotor TM6SF2 sugieren que esta proteína funciona en la regulación del crecimiento y los tumores, así como en la determinación del sexo en menor medida.
Proteína
La proteína TM6SF2 contiene 377 aminoácidos y tiene un tamaño de 42.554 Da con un punto isoeléctrico de aproximadamente 7,7. [ 12 ]
Dominios y motivos
Existe un dominio de función desconocida, DUF2781 (familia pfam10914), que abarca los aminoácidos 218 a 359 en el extremo C-terminal de la proteína. [ 6 ] Esta proteína tiene nueve regiones transmembrana . La primera contiene el péptido señal, que se escinde posteriormente tras la localización de la proteína en el RE. Una secuencia KHHQ terminal es una señal de retención en el retículo endoplasmático. [ 13 ]
Estructura secundaria
La proteína madura forma varias hélices alfa y láminas beta, prediciendo hasta trece hélices (incluidas las hélices transmembrana) y quince láminas beta . [ 14 ]
Estructura de 3° y 4°
Los grupos laterales de esta proteína no necesariamente interactúan de manera que formen estructuras terciarias y cuaternarias. No se prevé que las cisteínas presentes formen enlaces disulfuro estables . [ 15 ]
Modificaciones postraduccionales
Se producen dos modificaciones postraduccionales principales: fosforilación en sitios de tirosina, serina y triptófano, y dos sitios de sumoilación de baja probabilidad. [ 16 ]
Patrones de expresión
En humanos, la expresión de TM6SF2 se ha documentado en la etapa adulta únicamente en el intestino y el hígado en cantidades moderadas, así como en el tejido embrionario y el ovario en niveles bajos. Otras fuentes indican expresión en el cerebro, pulmón, testículo, estómago, corazón, colon, riñón y tejido adiposo. [ 17 ]
Los estudios de localización subcelular de proteínas mediante microscopía confocal demostraron que TM6SF2 se localiza en el retículo endoplasmático y en el compartimento intermedio ER-Golgi de las células hepáticas humanas. [ 18 ]
Interacciones de proteínas
Hasta el momento no se han establecido interacciones proteína-proteína conocidas. [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]
Importancia clínica
En un estudio que utilizó kits prefabricados para predecir el rechazo de aloinjertos cardíacos utilizando únicamente sangre periférica, el rechazo del injerto se asoció con niveles reducidos de expresión de TM6SF2, junto con otros genes. [ 22 ]
Una variante del gen TM6SF2 causa susceptibilidad a la enfermedad del hígado graso no alcohólico debido a una producción deficiente de lipoproteínas de muy baja densidad (VLDL). [ 23 ]
La inhibición de TM6SF2 se asoció con una menor secreción de lipoproteínas ricas en triglicéridos (TRL) y un aumento de la concentración celular de triglicéridos y del contenido de gotas lipídicas, mientras que la sobreexpresión de TM6SF2 redujo la esteatosis de las células hepáticas. TM6SF2 es un regulador del metabolismo de las grasas hepáticas con efectos opuestos sobre la secreción de TRL y el contenido de gotas lipídicas hepáticas. [ 18 ]
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000213996 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000036151 – Ensembl , mayo de 2017
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- Genes en el cromosoma 19 humano
