Articulo de referencia

proteína SMC

Las proteínas SMC representan una gran familia de ATPasas que participan en muchos aspectos de la organización y dinámica cromosómica de orden superior. Las proteínas SMC están ...

Las proteínas SMC representan una gran familia de ATPasas que participan en muchos aspectos de la organización y dinámica cromosómica de orden superior. Las proteínas SMC están ampliamente conservadas en bacterias, arqueas y eucariotas. En eucariotas, funcionan como las subunidades centrales de la ATPasa de grandes complejos proteicos como la condensina, la cohesina y SMC5/6. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]

El término SMC deriva de una cepa mutante de Saccharomyces cerevisiae llamada smc1 (estabilidad de minicromosomas 1), que se identificó por su defecto en el mantenimiento de la estabilidad de los minicromosomas. [ 5 ] Después de que se caracterizó el producto génico de SMC1 , [ 6 ] y se descubrió que las proteínas homólogas eran esenciales para la estructura y la dinámica cromosómica en muchos organismos, el acrónimo SMC se redefinió para significar "Mantenimiento Estructural de los Cromosomas". [ 7 ]

Clasificación

SMC eucariotas

Los eucariotas poseen al menos seis proteínas SMC en cada organismo, las cuales forman tres heterodímeros distintos con funciones especializadas:

  • SMC1-SMC3 : Un par de SMC1 y SMC3 constituyen las subunidades centrales de los complejos de cohesina involucrados en la cohesión de las cromátidas hermanas. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
  • SMC5-SMC6 : Un par de SMC5 y SMC6 funcionan como parte de un complejo aún sin nombre implicado en la reparación del ADN y las respuestas de los puntos de control. [ 14 ]
Figura 1. Evolución de las proteínas SMC: SMC c , SMC canónica; SMC nc , SMC no canónica; SMC 14 , ancestro de SMC1 y SMC4; SMC 23 , ancestro de SMC2 y SMC3; SMC5 56 , ancestro de SMC5 y SMC6.

Los emparejamientos de proteínas SMC en eucariotas, SMC1-SMC3, SMC2-SMC4 y SMC5-SMC6, son altamente específicos e invariables; hasta la fecha no se han reportado excepciones a estas combinaciones. Las comparaciones de secuencias revelan que SMC1 y SMC4, así como SMC2 y SMC3, comparten un alto grado de similitud, mientras que SMC5 y SMC6 forman un clado más distinto (Figura 1). [ 15 ] Se hipotetiza que el último ancestro común eucariota (LECA) poseía las seis proteínas SMC. Si bien SMC1-4 se conservan en todas las especies eucariotas conocidas, algunos linajes (como el ciliado Tetrahymena thermophila ) han perdido SMC5 y SMC6 durante la evolución, [ 16 ] [ 17 ] lo que sugiere que el complejo SMC5/6 puede no ser estrictamente esencial para la viabilidad de la célula eucariota.

Además de los seis subtipos, algunos organismos tienen variantes de proteínas SMC. Por ejemplo, los mamíferos tienen una variante de SMC1 específica de la meiosis , conocida como SMC1β. [ 18 ] El nematodo Caenorhabditis elegans tiene una variante de SMC4 que tiene una función especializada en la compensación de dosis . [ 19 ]

La siguiente tabla muestra los nombres de las proteínas SMC para varios organismos modelo y vertebrados: [ 20 ]

SMC procariotas

El origen evolutivo de las proteínas SMC es antiguo, y los homólogos están ampliamente conservados tanto en bacterias como en arqueas . [ 16 ]

  • SMC (tipo canónico): Muchas bacterias (p. ej., Bacillus subtilis ) y arqueas poseen proteínas SMC canónicas que se asemejan mucho a sus homólogas eucariotas. [ 25 ] Estas SMC bacterianas y arqueales forman homodímeros y se asocian con subunidades reguladoras para formar complejos similares a la condensina , SMC-ScpAB . Se hipotetiza que el ancestro eucariota (muy probablemente la arquea Asgard ) poseía dos tipos de proteínas SMC: una SMC canónica (SMC c ) y una SMC no canónica (SMC nc ). Se cree que las duplicaciones genéticas de estos dos tipos ancestrales dieron origen a las seis subfamilias de SMC presentes en el último ancestro común eucariota (LECA): SMC1-4 evolucionaron a partir del linaje canónico, mientras que SMC5 y SMC6 evolucionaron a partir del linaje no canónico (Figura 1). [ 16 ]
  • MukB : En algunas γ-proteobacterias , incluyendo Escherichia coli , la función SMC es llevada a cabo por una proteína distantemente relacionada llamada MukB. [ 26 ] MukB también forma homodímeros y, junto con subunidades reguladoras, se ensambla en un complejo MukBEF , que realiza funciones similares a las de la condensina en la organización de los cromosomas bacterianos.
  • MksB /JetC/EptC: Un tercer tipo de proteína SMC procariota, conocida como MksB, se ha identificado en ciertas especies bacterianas. Al igual que MukB, MksB forma un complejo similar a la condensina distantemente relacionado , MksBEF. [ 27 ] Más recientemente, se ha demostrado que un complejo variante llamado MksBEFG , que incluye una subunidad nucleasa MksG, funciona en la defensa de plásmidos. [ 28 ] [ 29 ] En otros linajes bacterianos, se han identificado sistemas ortólogos, incluidos JetABCD [ 30 ] [ 31 ] y EptABCD. [ 32 ] Estos sistemas se denominan colectivamente familia Wadjet de complejos similares a SMC.

En un sentido más amplio, varias proteínas con similitudes estructurales con SMC se consideran miembros de la superfamilia SMC.

  • En eucariotas, Rad50 es una proteína relacionada con SMC bien conocida que participa en la reparación de roturas de doble cadena de ADN. [ 33 ]
  • En las bacterias, varias proteínas relacionadas con la reparación del ADN también pertenecen a la familia SMC extendida, incluyendo SbcC , [ 34 ] RecF , [ 35 ] y RecN . [ 36 ]
  • En las arqueas, se ha identificado una subfamilia conocida como proteínas relacionadas con SMC específicas de arqueas ( ASRP ). [ 37 ] Las proteínas arqueales descritas anteriormente, como Sph1/2 [ 38 ] y ClsN (también conocida como coalescina ) [ 39 ] [ 40 ], ahora se consideran miembros de esta subfamilia ASRP.

Composición de subunidades de los complejos proteicos SMC

La composición de subunidades de los complejos proteicos SMC varía entre los distintos dominios de la vida. La tabla que aparece a continuación y las figuras 2 y 3 resumen los complejos representativos que se encuentran en eucariotas y procariotas .

Figura 2. Complejos SMC eucariotas
Figura 3. Complejos SMC procariotas

Todos los dímeros SMC, ya sean de origen eucariota o procariota, se asocian con una subunidad kleisina . En las condensinas y la cohesina , la subunidad kleisina se asocia además con un par de subunidades de repetición HEAT . [ 41 ] Cabe destacar que el complejo eucariota SMC5/6 contiene subunidades "kite" (elementos de hélice alada en tándem que interactúan con la kleisina) [ 42 ] en lugar de subunidades de repetición HEAT , [ 41 ] lo que lo hace estructuralmente más similar a complejos procariotas como SMC-ScpAB, MukBEF y MksBEF. Sin embargo, a diferencia de sus contrapartes procariotas típicamente homodiméricas, tanto las subunidades SMC como las kite en el complejo SMC5/6 son heterodiméricas, lo que resulta en una arquitectura de subunidades más elaborada. El complejo SMC5/6 y el complejo Wadjet (JetABCD) poseen cada uno una subunidad catalítica adicional: la ligasa SUMO Nse2 en SMC5/6, [ 43 ] y la nucleasa JetD en JetABCD. [ 30 ] [ 31 ]

Estructura molecular

Figura 4. Estructura básica de un complejo proteico SMC.

Estructura primaria

Las proteínas SMC tienen una longitud de entre 1.000 y 1.500 aminoácidos. Poseen una estructura modular compuesta por los siguientes dominios:

Estructura secundaria y terciaria

Los dímeros de SMC forman una molécula en forma de V con dos largos brazos de hélice enrollada (Figura 4). [ 44 ] [ 45 ] Para formar esta estructura única, un protómero de SMC se autopliega a través de interacciones de hélice enrollada antiparalelas , formando una molécula en forma de varilla. En un extremo de la molécula, los dominios N-terminal y C-terminal forman un dominio de unión a ATP . El otro extremo se denomina dominio de bisagra. Dos protómeros se dimerizan a través de sus dominios de bisagra y ensamblan un dímero en forma de V. [ 46 ] [ 47 ] La longitud de los brazos de hélice enrollada es de aproximadamente 50  nm. Estas hélices enrolladas "antiparalelas" tan largas son muy raras y se encuentran solo entre las proteínas SMC (y sus parientes como Rad50). El dominio de unión a ATP de las proteínas SMC está estructuralmente relacionado con el de los transportadores ABC , una gran familia de proteínas transmembrana que transportan activamente moléculas pequeñas a través de las membranas celulares. Se cree que el ciclo de unión e hidrólisis del ATP modula el ciclo de apertura y cierre de la molécula en forma de V. Sin embargo, aún quedan por determinar los mecanismos de acción detallados de las proteínas SMC.

Ensamblaje del holocomplejo

La formación de un complejo proteico SMC implica la asociación de un dímero SMC con subunidades no SMC (Figura 4). Primero, el dominio N-terminal de la subunidad kleisina se une a la región del cuello (un segmento de la hélice enrollada cerca del dominio de la cabeza) de una proteína SMC, [ 48 ] [ 49 ] [ 50 ] mientras que su dominio C-terminal se une a la región de la tapa (parte del dominio de la cabeza) de la otra subunidad SMC. [ 51 ] [ 50 ] Estas interacciones dan como resultado la formación de una arquitectura en forma de anillo. Como consecuencia, el trímero SMC-kleisina adopta una configuración asimétrica. Por consiguiente, la subunidad SMC unida al dominio N-terminal de la kleisina se denomina a veces ν-SMC, mientras que la unida al dominio C-terminal se denomina κ-SMC. Finalmente, dos subunidades con repeticiones HEAT (o dos subunidades KITE, según el complejo) se asocian con la región central de la kleisina, completando así el ensamblaje del holocomplejo. MukBEF y JetABC forman estructuras de orden superior mediante dimerización mediada por sus subunidades de kleisina, una configuración que a menudo se denomina "dímero de dímeros" (Figura 3).

Actividades moleculares

Los complejos proteicos SMC participan en una amplia gama de funciones cromosómicas, y se cree que cada complejo posee actividades moleculares distintas, adaptadas a su función específica. Asimismo, basándose en sus orígenes evolutivos y características estructurales conservadas, se ha sugerido que ciertas actividades moleculares podrían ser compartidas por varios complejos SMC.

Por ejemplo, se sabe que varios complejos SMC exhiben actividad de atrapamiento de ADN , en la cual el ADN queda atrapado topológicamente dentro de la estructura anular formada por sus largos brazos de hélice enrollada. Esta actividad se ha demostrado en la cohesina, [ 52 ] [ 53 ] la condensina, [ 54 ] [ 55 ] [ 56 ] y el complejo SMC5/6. [ 57 ]

Estudios más recientes han resaltado la extrusión de bucles de ADN como una actividad molecular conservada compartida por muchos complejos proteicos SMC. Los análisis de molécula única han demostrado que la condensina , [ 58 ] la cohesina , [ 59 ] [ 60 ] el complejo SMC5/6, [ 61 ] y Wadjet [ 62 ] son ​​capaces de extruir bucles de ADN de manera dependiente de ATP. Durante la extrusión de bucles, se cree que el ciclo ATPasa de las subunidades SMC está acoplado con interacciones dinámicas y multivalentes entre varias subunidades y el ADN. Es probable que estas interacciones ocurran de múltiples maneras, lo que hace que el mecanismo molecular de la extrusión de bucles sea altamente complejo y aún no se comprenda completamente. [ 63 ] [ 64 ]

Trastornos genéticos

Diversos trastornos genéticos se han relacionado con mutaciones en genes que codifican componentes o reguladores de los complejos proteicos SMC:

Reuniones internacionales de SMC

La investigación activa sobre las proteínas SMC comenzó en la década de 1990. A medida que aumentó el interés mundial en este campo, desde la década de 2010 se celebran regularmente reuniones internacionales dedicadas a las proteínas SMC. Estas reuniones, que se organizan aproximadamente cada dos años, abarcan una amplia gama de temas que reflejan las diversas funciones de los complejos proteicos SMC, desde la segregación cromosómica bacteriana hasta los trastornos genéticos humanos.

  • La décima reunión internacional de SMC (el 18º Simposio IMCB) "Proteínas SMC: de la molécula a la enfermedad", 29 de noviembre de 2013, Tokio , Japón.
  • La 1ª Reunión Internacional SMC ( Taller EMBO ) "Proteínas SMC: organizadores cromosómicos desde bacterias hasta humanos", 12-15 de mayo de 2015, Viena , Austria .
  • La 2ª reunión internacional SMC [ 75 ] "Proteínas SMC: organizadores cromosómicos desde bacterias hasta humanos", 13-16 de junio de 2017, Nanyo , Yamagata , Japón .
  • La 3ª reunión internacional SMC [ 76 ] ( Taller EMBO ) "Organización de genomas bacterianos y eucariotas por complejos SMC", 10-13 de septiembre de 2019, Viena , Austria .
  • La 4ª reunión internacional de la SMC ( Sociedad Bioquímica del Reino Unido) "Organización del genoma mediante complejos proteicos SMC", del 27 al 30 de septiembre de 2022, Edimburgo , Reino Unido .
  • La 5ª reunión internacional SMC [ 77 ] [ 78 ]( Simposio internacional NIG & RIKEN 2024)"Complejos SMC: orquestando diversas funciones del genoma", 15-18 de octubre de 2024, Numazu , Shizuoka , Japón .
  • La 6ª reunión internacional SMC [ 79 ] ( Taller EMBO ) “Hilos de vida: complejos SMC en la estructura y dinámica de los cromosomas”, del 13 al 18 de diciembre de 2026 (programado), Bengaluru , India .

Véase también

Referencias

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