Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Banco de Medicamentos

{{cite journal |title=DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration|author1-link=David S. Wishart|last=Wishart|first=DS|author2=Knox C |author3...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

La base de datos DrugBank es una base de datos en línea completa y de libre acceso que contiene información sobre fármacos y dianas farmacológicas, creada y mantenida por la Universidad de Alberta y el Centro de Innovación en Metabolómica (TMIC), ubicado en Alberta , Canadá. [ 1 ] Como recurso tanto bioinformático como quimioinformático , DrugBank combina datos detallados de fármacos (es decir, químicos, farmacológicos y farmacéuticos) con información completa sobre dianas farmacológicas (es decir, secuencia, estructura y vía). [ 1 ] [ 2 ] DrugBank ha utilizado contenido de Wikipedia ; [ 3 ] Wikipedia también suele enlazar a DrugBank, lo que plantea posibles problemas de informes circulares . [ 3 ]

El sitio web DrugBank Online es de acceso público y gratuito. Sin embargo, el uso y la redistribución del contenido de DrugBank Online o de los datos subyacentes de DrugBank, ya sea total o parcialmente, y para cualquier fin, requieren una licencia. Los usuarios académicos pueden solicitar una licencia gratuita para ciertos casos de uso, mientras que el resto de usuarios necesitan una licencia de pago.

La última versión de la base de datos (versión 6.0 [ 4 ] ) contiene 11 891 entradas de fármacos, incluyendo 4030 fármacos de molécula pequeña aprobados por la FDA , 1601 fármacos biotecnológicos ( proteínas / péptidos ) aprobados por la FDA, 134 nutracéuticos y 6722 fármacos experimentales . [ 5 ] Además, 4939 secuencias de proteínas no redundantes (es decir, diana farmacológica/ enzima /transportador/portador) están vinculadas a estas entradas de fármacos. Cada entrada de DrugCard contiene más de 200 campos de datos, con la mitad de la información dedicada a datos de fármacos/químicos y la otra mitad a datos de diana farmacológica o proteínas. [ 5 ]

Cuatro bases de datos adicionales, HMDB, [ 6 ] T3DB, [ 7 ] SMPDB [ 8 ] y FooDB también forman parte de un conjunto general de bases de datos metabolómicas / quimioinformáticas . HMDB contiene información equivalente sobre más de 40 000 metabolitos humanos, T3DB contiene información sobre 3100 toxinas comunes y contaminantes ambientales , SMPDB contiene diagramas de vías para casi 700 vías metabólicas humanas y vías de enfermedades, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~28 000 componentes alimentarios y aditivos alimentarios .

Historial de versiones

La primera versión de DrugBank se publicó en 2006. [ 1 ] Esta versión inicial contenía información relativamente modesta sobre 841 fármacos de molécula pequeña aprobados por la FDA y 113 fármacos biotecnológicos. También incluía información sobre 2133 dianas farmacológicas. La segunda versión de DrugBank se publicó en 2009. [ 2 ] Esta versión de la base de datos, mucho más ampliada y mejorada, incluía 1344 fármacos de molécula pequeña aprobados y 123 fármacos biotecnológicos, así como 3037 dianas farmacológicas únicas. La versión 2.0 también incluía, por primera vez, fármacos retirados y drogas ilícitas , extensas interacciones entre alimentos y fármacos y entre fármacos, así como parámetros ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad). La versión 3.0 se publicó en 2011. [ 9 ] Esta versión contenía 1424 fármacos de molécula pequeña aprobados y 132 fármacos biotecnológicos, así como más de 4000 dianas farmacológicas únicas. La versión 3.0 también incluyó datos de transportadores de fármacos, datos de vías de fármacos, precios de fármacos, datos de patentes y fabricación, así como datos sobre más de 5000 fármacos experimentales. La versión 4.0 se publicó en 2014. [ 5 ] Esta versión incluyó 1558 fármacos de molécula pequeña aprobados por la FDA, 155 fármacos biotecnológicos y 4200 dianas farmacológicas únicas. La versión 4.0 también incorporó información extensa sobre metabolitos de fármacos (estructuras y reacciones), taxonomía de fármacos, espectros de fármacos, constantes de unión de fármacos e información de síntesis de fármacos. La versión 5.0 se publicó en 2018. [ 10 ] Esta versión incluyó 2100 fármacos de molécula pequeña aprobados por la FDA, 555 fármacos biotecnológicos y 4563 dianas farmacológicas únicas. La versión 5 también incorporó nuevos tipos de datos que capturan la influencia de los fármacos en los niveles de metabolitos (farmaco-metabolómicos), proteínas (farmaco-proteómicos) y expresión génica (farmaco-transcriptómicos). La versión 5 también añadió compatibilidad con dispositivos móviles, mejores herramientas de búsqueda, datos sobre ensayos clínicos y esfuerzos de reutilización de fármacos y, por primera vez, imágenes de pastillas o medicamentos. La versión 6.0 se publicó en 2024. [ 4 ] Además del número de entradas de fármacos informado anteriormente, el número de fármacos aprobados por la FDA y fármacos en investigación había aumentado en comparación con la versión 5. Hubo un gran aumento en el número de interacciones fármaco-fármaco y fármaco-alimento notificadas. El número de vías metabólicas de fármacos aumentó sustancialmente de 64 en la versión 5 a 2721 con esta última versión. Se añadieron espectros MS/MS experimentales y predichos, espectros RMN, sección transversal de colisión (CCS- para MS), índices de retención (RI, para cromatografía de gases) y tiempo de retención (RT, para cromatografía líquida) para los fármacos de molécula pequeña. La tabla 1 proporciona un resumen estadístico más completo de la historia del desarrollo de DrugBank.

Alcance y acceso

Todos los datos de DrugBank provienen de fuentes públicas no propietarias. Casi todos los datos son completamente rastreables y se referencian explícitamente a su fuente original. Los datos de DrugBank están disponibles a través de una interfaz web pública. [ 11 ]

Véase también

Referencias

  1. 1 2 3 4 Wishart, DS ; Knox C; Guo AC; et  al. (enero de 2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D668-72. doi : 10.1093/nar/gkj067 . PMC 1347430. PMID 16381955 .  
  2. 1 2 Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (enero de 2008). "DrugBank: una base de conocimiento para fármacos, acciones farmacológicas y dianas farmacológicas" . Nucleic Acids Research . 36 (número especial de bases de datos): D901-6. doi : 10.1093 / nar/gkm958 . PMC 2238889. PMID 18048412 .   
  3. 1 2 Harrison, Stephen (7 de marzo de 2019). "El vertiginoso problema de los "hechos" de Wikipedia sin citación que cobran vida propia" . Revista Slate . Recuperado el 9 de noviembre de 2019 .
  4. 1 2 Knox, Craig; Wilson, Mike; Klinger, Christen M.; Franklin, Mark; Oler, Eponine; Wilson, Alex; Pon, Allison; Cox, Jordan; Chin, Na Eun Lucy; Strawbridge, Seth A.; Garcia-Patino, Marysol; Kruger, Ray; Sivakumaran, Aadhavya; Sanford, Selena; Doshi, Rahil (2024-01-05). "DrugBank 6.0: la base de conocimientos de DrugBank para 2024" . Nucleic Acids Research . 52 (D1): D1265– D1275. doi : 10.1093 / nar/gkad976 . ISSN 1362-4962 . PMC 10767804. PMID 37953279 .   
  5. 1 2 3 Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (enero de 2014). "DrugBank 5.0: arrojando nueva luz sobre el metabolismo de los fármacos" . Nucleic Acids Research . 42 (número especial de bases de datos): D1091-7. doi : 10.1093 / nar/gkt1068 . PMC 3965102. PMID 24203711 .  
  6. ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Joven, N; Gautama, B; Hau, DD; Psicólogos, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, yo; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Cal; Sobsey, California; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Colmillo, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clementes, M; Luis, A; De Souza, A; Zúñiga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazirova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, yo (enero de 2009). "HMDB: una base de conocimientos sobre el metaboloma humano" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Número de base de datos): D603-10. doi : 10.1093/nar/ gkn810 . PMC 2686599. PMID 18953024 .  
  7. ↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (enero de 2010). " T3DB: una base de datos exhaustivamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D781-6. doi : 10.1093/nar/gkp934 . PMC 2808899. PMID 19897546 .  
  8. ↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (enero de 2014). "Base de datos de vías de moléculas pequeñas" . Nucleic Acids Research . 42 (número especial de bases de datos): D478-84. doi : 10.1093/nar/gkt1067 . PMC 3965088. PMID 24203708 .   
  9. ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre fármacos" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D1035-41. doi : 10.1093 / nar/gkq1126 . PMC 3013709. PMID 21059682 .  
  10. ^ Wishart, David S.; Feunang, Yannick D.; Guo, An C.; Lo, Elvis J.; Marco, Ana; Grant, Jason R.; Sajed, Tanvir; Johnson, Daniel; Li, Carín; Sayeeda, Zinat; Assempour, Nazanin; Iynkkaran, Ithayavani; Liu, Yifeng; Maciejewski, Adam; Gale, Nicola (4 de enero de 2018). "DrugBank 5.0: una actualización importante de la base de datos de DrugBank para 2018" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D1074– D1082. doi : 10.1093/nar/gkx1037 . ISSN 1362-4962 . PMC 5753335 . PMID 29126136 .   
  11. ↑ Wishart, David S. (2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico" . Nucleic Acids Research . 34 (supl. 1 ): 668–672 . doi : 10.1093/nar/gkj067 . PMC 1347430. PMID 16381955 .  
Obtenido de " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DrugBank&oldid=1360798776 "