virus de ARN

Los virus de ARN se pueden clasificar, según el sentido o la polaridad de su ARN, en virus de ARN de sentido negativo y de sentido positivo , o ambisentido . El ARN viral de sentido positivo es similar al ARNm y, por lo tanto, la célula huésped puede traducirlo inmediatamente . El ARN viral de sentido negativo es complementario al ARNm y, por lo tanto, debe convertirse en ARN de sentido positivo mediante una ARN polimerasa dependiente de ARN antes de la traducción. El ARN purificado de un virus de sentido positivo puede causar infección directamente, aunque puede ser menos infeccioso que la partícula viral completa. Por el contrario, el ARN purificado de un virus de sentido negativo no es infeccioso por sí mismo, ya que necesita transcribirse a ARN de sentido positivo; cada virión puede transcribirse a varios ARN de sentido positivo. Los virus de ARN ambisentido se asemejan a los virus de ARN de sentido negativo, excepto que traducen genes de sus cadenas negativa y positiva. ^{[ 5 ]}

Los virus de ARN de doble cadena (dsRNA) representan un grupo diverso de virus que varían ampliamente en cuanto a su rango de hospedadores (humanos, animales, plantas, ^hongos y bacterias ) , número de segmentos del genoma (de uno a ^{doce )} y organización del virión ( número de triangulación , capas de la cápside , espículas, torretas, etc.). Entre los miembros de este grupo se incluyen los rotavirus , que son la causa más común de gastroenteritis en niños pequeños, y los picobirnavirus , que son los virus más comunes en muestras fecales tanto de humanos como de animales con o sin signos de diarrea. El virus de la lengua azul es un patógeno de importancia económica que infecta al ganado vacuno y ovino. En los últimos años, se han logrado avances en la determinación de estructuras con resolución atómica y subnanométrica de varias proteínas virales clave y cápsides de viriones de varios virus dsRNA, lo que pone de manifiesto los importantes paralelismos en la estructura y los procesos replicativos de muchos de estos virus. ^{[ 2 ]}

Los virus de ARN generalmente tienen tasas de mutación muy altas en comparación con los virus de ADN , ^{[ 7 ]} porque las ARN polimerasas virales carecen de la capacidad de corrección de pruebas de las ADN polimerasas . ^{[ 8 ]} La diversidad genética de los virus de ARN es una razón por la que es difícil hacer vacunas efectivas contra ellos. ^{[ 9 ]} Los retrovirus también tienen una alta tasa de mutación, incluso aunque su intermediario de ADN se integre en el genoma del huésped (y por lo tanto está sujeto a la corrección de pruebas del ADN del huésped una vez integrado), porque los errores durante la transcripción inversa se incorporan en ambas hebras de ADN antes de la integración. ^{[ 10 ]} El VIH mismo tiene la tasa de mutación más alta de cualquier microorganismo conocido hasta ahora, con una tasa de mutación estimada tan alta como 4.1 × 10 ⁻³ sustituciones por par de bases. ^{[ 11 ]} Algunos genes del virus de ARN son importantes para los ciclos de replicación viral y las mutaciones no son toleradas. Por ejemplo, la región del genoma del virus de la hepatitis C que codifica la proteína central está altamente conservada , ^{[ 12 ]} porque contiene una estructura de ARN involucrada en un sitio de entrada interna del ribosoma . ^{[ 13 ]}

En promedio, los virus de ARN bicatenario (dsRNA) muestran una menor redundancia de secuencia en comparación con los virus de ARN monocatenario (ssRNA). Por el contrario, los virus de ADN bicatenario (dsDNA) contienen las secuencias genómicas más redundantes, mientras que los virus de ADN monocatenario (ssDNA) tienen las menos. ^{[ 14 ]} Se ha demostrado que la complejidad de la secuencia de los virus es una característica clave para una clasificación viral precisa sin referencia. ^{[ 14 ]}

Este es el grupo más grande de virus de ARN ^{[ 24 ]} y ha sido organizado por el ICTV en los filos Kitrinoviricota , Lenarviricota y Pisuviricota en el reino Orthornavirae y el reino Riboviria . ^{[ 25 ]}

Los virus de ARN de cadena positiva también se pueden clasificar según la ARN polimerasa dependiente de ARN. Se han reconocido tres grupos: ^{[ 26 ]}

1. Bymovirus, comovirus, nepovirus, nodavirus, picornavirus, potyvirus, sobemovirus y un subconjunto de luteovirus (virus del amarillamiento occidental de la remolacha y virus del enrollamiento de la hoja de la patata): el grupo similar a los picornavirus (Picornavirata).
2. Carmovirus, dianthovirus, flavivirus, pestivirus, statovirus, tombusvirus, bacteriófagos de ARN monocatenario, virus de la hepatitis C y un subconjunto de luteovirus (virus del enanismo amarillo de la cebada): el grupo similar a los flavivirus (Flavivirata).
3. Alfavirus, carlavirus, furovirus, hordeivirus, potexvirus, rubivirus, tobravirus, tricornavirus, tymovirus, virus de la mancha clorótica de la hoja del manzano, virus del amarillamiento de la remolacha y virus de la hepatitis E: el grupo similar a los alfavirus (Rubivirata).

Se ha propuesto una división del supergrupo alfa (similar a Sindbis) sobre la base de un dominio novedoso ubicado cerca de los extremos N de las proteínas involucradas en la replicación viral. ^{[ 27 ]} Los dos grupos propuestos son: el grupo 'altovirus' (alfavirus, furovirus, virus de la hepatitis E, hordeivirus, tobamovirus, tobravirus, tricornavirus y probablemente rubivirus); y el grupo 'typovirus' (virus de la mancha clorótica de la hoja del manzano, carlavirus, potexvirus y tymovirus).

El supergrupo tipo alfa se puede subdividir en tres clados : los virus tipo rubí, tipo tobamo y tipo tymo. ^{[ 28 ]}

Trabajos adicionales han identificado cinco grupos de virus de ARN de cadena positiva que contienen cuatro, tres, tres, tres y un orden(es), respectivamente. ^{[ 29 ]} Estos catorce órdenes contienen 31 familias de virus (incluidas 17 familias de virus de plantas) y 48 géneros (incluidos 30 géneros de virus de plantas). Este análisis sugiere que los alfavirus y flavivirus pueden separarse en dos familias —Togaviridae y Flaviridae, respectivamente— pero sugiere que otras asignaciones taxonómicas, como los pestivirus, el virus de la hepatitis C, los rubivirus, el virus de la hepatitis E y los arterivirus, pueden ser incorrectas. Los coronavirus y torovirus parecen ser familias distintas en órdenes distintos y no géneros distintos de la misma familia como se clasifica actualmente. Los luteovirus parecen ser dos familias en lugar de una, y el virus de la mancha clorótica de la hoja del manzano parece no ser un closterovirus sino un nuevo género de Potexviridae.

Este análisis también sugiere que los virus de ARN bicatenario no están estrechamente relacionados entre sí, sino que pertenecen a cuatro clases adicionales (Birnaviridae, Cystoviridae, Partitiviridae y Reoviridae) y a un orden adicional (Totiviridae) de una de las clases de virus de ARN monocatenario positivo del mismo subfilo que los virus de ARN de cadena positiva.

Un estudio ha sugerido que existen dos grandes clados: uno que incluye las familias Caliciviridae , Flaviviridae y Picornaviridae y un segundo que incluye las familias Alphatetraviridae , Birnaviridae , Cystoviridae , Nodaviridae y Permutotretraviridae . ^{[ 32 ]}

Estos virus poseen múltiples tipos de genoma, que van desde una sola molécula de ARN hasta ocho segmentos. A pesar de su diversidad, parece que se originaron en artrópodos y se diversificaron a partir de ahí. ^{[ 33 ]}

También se conocen varios virus satélite, virus que requieren la ayuda de otro virus para completar su ciclo de vida. Su taxonomía aún no se ha establecido. Se han propuesto los siguientes cuatro géneros para los virus satélite de ARN monocatenario de sentido positivo que infectan plantas: Albetovirus , Aumaivirus , Papanivirus y Virtovirus . ^{[ 34 ]} Se ha propuesto una familia, Sarthroviridae , que incluye el género Macronovirus , para los virus satélite de ARN monocatenario de sentido positivo que infectan artrópodos .