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Clostridioides difficile

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Clostridioides difficile ( sin. Clostridium difficile ) es una bacteria conocida por causar infecciones diarreicas graves y también puede causar cáncer de colon . [ 4 ] [ 5 ] También se le conoce como C. difficile o C. diff ( / siːdɪf / ) , y es unaespecie Gram-positiva de bacterias formadoras de esporas . [ 6 ] Las especies de Clostridioides son bacterias anaerobias , móviles , ubicuas en la naturaleza y especialmente prevalentes en el suelo. Sus células vegetativas tienen forma de bastón, son pleomórficas y se presentan en pares o cadenas cortas. Bajo el microscopio, aparecen como células largas e irregulares (a menudo con forma de baqueta o huso ) con una protuberancia en sus extremos terminales (forma esporas subterminales). Las células de C. difficile muestran un crecimiento óptimo en agar sangre a temperaturas corporales humanas en ausencia de oxígeno . C. difficile es catalasa- y superóxido dismutasa -negativa, y produce hasta tres tipos de toxinas: enterotoxina A , citotoxina B y transferasa de Clostridioides difficile. [ 7 ] En condiciones de estrés, la bacteria produce esporas que toleran condiciones extremas que la bacteria activa no puede tolerar. [ 8 ]

Clostridioides difficile es un patógeno humano importante ; según los CDC , en 2017 hubo 223.900 casos en pacientes hospitalizados y 12.800 muertes en los Estados Unidos. [ 9 ] Aunque C. difficile es conocido como un patógeno asociado a hospitales y antibióticos, como máximo un tercio de las infecciones se pueden rastrear a la transmisión de una persona infectada en hospitales, [ 10 ] y solo un pequeño número de antibióticos están directamente asociados con un riesgo elevado de desarrollar una infección por C. difficile (ICD), a saber, clindamicina , fluoroquinolonas y cefalosporinas . [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] La mayoría de las infecciones se adquieren fuera de los hospitales, y la mayoría de los antibióticos tienen un riesgo elevado de infección similar al de muchos factores de riesgo no antibióticos, como el uso de ablandadores de heces y la administración de un enema . [ 14 ]

Clostridioides difficile puede establecerse en el colon humano sin causar enfermedad. [ 15 ] Aunque las primeras estimaciones indicaban que C. difficile estaba presente en el 2-5% de la población adulta, [ 8 ] investigaciones posteriores indicaron que la colonización está estrechamente asociada con antecedentes de enfermedades diarreicas no relacionadas, como intoxicación alimentaria o abuso de laxantes . [ 16 ] Parece improbable que las personas sin antecedentes de trastornos gastrointestinales se conviertan en portadores asintomáticos. Se cree que estos portadores constituyen un importante reservorio de infección. [ 17 ]

Taxonomía

La especie fue transferida del género Clostridium a Clostridioides en 2016, lo que le dio el nombre binomial Clostridioides difficile . [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] Este nuevo nombre refleja las diferencias taxonómicas entre esta especie y los miembros del género Clostridium , manteniendo el nombre común como C. difficile . [ 19 ] A partir de 2018, la única otra especie de este nuevo género es Clostridioides mangenotii (antes conocido como Clostridium mangenotii ). [ 21 ]

Patógeno humano

Las cepas patógenas de C. difficile producen múltiples toxinas . [ 22 ] Las mejor caracterizadas son la enterotoxina ( toxina A de C. difficile ) y la citotoxina ( toxina B de C. difficile ), las cuales pueden producir diarrea e inflamación en pacientes infectados ( colitis por C. difficile ), aunque sus contribuciones relativas han sido objeto de debate. La diarrea puede variar desde unos pocos días de pérdida de líquido intestinal hasta una colitis pseudomembranosa potencialmente mortal , que se asocia con una inflamación intensa del colon y la formación de pseudomembranas en la superficie de la mucosa intestinal. [ 8 ] Esto puede progresar a megacolon tóxico , una forma grave de distensión colónica que puede poner al paciente en riesgo de perforación de colon, sepsis y shock. Las toxinas A y B son glucosiltransferasas que se dirigen a la familia Rho de GTPasas y las inactivan . La toxina B (citotoxina) induce la despolimerización de la actina mediante un mecanismo correlacionado con una disminución de la ADP-ribosilación de las proteínas Rho de unión a GTP de bajo peso molecular. [ 23 ] Una toxina binaria ( toxina AB ), pero su papel en la enfermedad no se comprende completamente. [ 24 ]

Entre los factores de virulencia adicionales se incluyen un factor de adhesión que media la unión a las células del colon humano y una hialuronidasa . [ 25 ] La bacteria también produce el compuesto químico para -cresol , que inhibe el crecimiento de otros microbios en su proximidad y le permite competir con la flora intestinal humana normal . [ 26 ]

La producción de estas toxinas no es constitutiva, sino que está estrictamente controlada por señales metabólicas y ambientales. CodY es un represor global sensible a los nutrientes que suprime la expresión de genes de toxinas cuando los aminoácidos preferidos, como prolina, glicina, leucina y valina, son abundantes. A medida que estos nutrientes se vuelven limitantes, la represión mediada por CodY se alivia, permitiendo la producción de toxinas. [ 27 ] CcpA vincula la disponibilidad de carbono con la regulación de toxinas, y un alto flujo glucolítico reprime la expresión de tcdA y tcdB . El regulador sensible al redox Rex conecta además la relación NADH/NAD⁺ con la expresión de genes de virulencia. [ 27 ] El estrés nitrosativo generado por las células inmunitarias del huésped en forma de especies reactivas de nitrógeno (RNS) representa una señal ambiental adicional que moldea la producción de toxinas. El regulador transcripcional HcpR media la defensa de C. difficile contra las RNS, y la interrupción de esta defensa se asocia con una producción elevada de toxinas TcdA y TcdB. [ 28 ]

Resistencia a los antibióticos

El tratamiento antibiótico de las infecciones por C. difficile puede ser difícil, debido tanto a la resistencia a los antibióticos como a factores fisiológicos de la bacteria (formación de esporas, efectos protectores de la pseudomembrana). [ 8 ] En 2005 se informó de una cepa altamente tóxica de C. difficile , resistente a los antibióticos fluoroquinolonas , como la ciprofloxacina y la levofloxacina , que se decía que estaba causando brotes geográficamente dispersos en América del Norte. [ 29 ] En 2005, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU. en Atlanta advirtieron sobre una cepa epidémica con mayor virulencia, resistencia a los antibióticos o ambas. [ 30 ] En 2018, se observó resistencia a otros antibióticos como el metronidazol , el fármaco antimicrobiano de primera elección para el tratamiento de la CDI, en hasta el 12 % de los aislados clínicos. Mientras continúa el tratamiento con diversos antibióticos, la resistencia más diversa y fuerte continuará en las poblaciones de C. difficile . [ 31 ]

Las esporas de Clostridioides difficile resisten muchos desinfectantes , [ 32 ] incluyendo altas concentraciones de lejía . [ 33 ]

Un estudio reciente publicado por investigadores en Nature Communications descubrió que una armadura similar a una cota de malla, llamada "la capa S", podría ser la responsable de la aparente inmunidad de C. difficile a los tratamientos antibióticos, la saliva humana, así como a una enzima que las células huésped humanas normalmente utilizan para combatir los virus.

El estudio también reveló que la eliminación de una región de la capa S denominada D2 hacía que las células de C. diff fueran susceptibles a la lisozima, una enzima presente en la saliva que rompe la envoltura de los microbios. Sin esta capa protectora, las bacterias también serían vulnerables a los mecanismos de ataque del virus mencionados anteriormente. [ 34 ]

Persistencia en el intestino

Más allá de la formación de esporas y la secreción de toxinas, un factor de virulencia importante de Clostridioides difficile es su conjunto de proteínas de la superficie celular. [ 35 ] Estas proteínas se localizan en la capa de peptidoglicano bacteriano o más allá de ella e incluyen la capa superficial (S), flagelos, pili y aproximadamente 28 proteínas accesorias de la pared celular (CWP). [ 35 ] Las proteínas de la superficie celular en C. difficile se han asociado con varias funciones, incluyendo la adhesión a las células del huésped, la formación de biopelículas, las interacciones superficiales y la motilidad. [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ]

La capa S es el componente de la superficie celular más abundante y funcionalmente significativo. [ 35 ] [ 36 ] A diferencia de muchos otros procariotas, la capa S de C. difficile es heterodimérica, compuesta por proteínas de la capa S de bajo y alto peso molecular. [ 36 ] La capa S contribuye a mantener la estabilidad de la envoltura celular y se ha implicado en varios procesos relacionados con la virulencia, incluyendo la producción de esporas y toxinas, así como la resistencia a antibióticos y al estrés ambiental. [ 37 ]

Investigación

La eliminación del gen slpA , que codifica la proteína de la capa S en Clostridioides difficile , produce cambios y alteraciones marcadas tanto en la morfología celular como en la de la colonia. [ 37 ] La ​​cepa mutante también muestra una capacidad reducida para resistir el estrés durante la fase estacionaria tardía y presenta aproximadamente el doble de formación de biopelículas en comparación con el tipo silvestre. [ 37 ] Sin embargo, la pérdida de la proteína de la capa S aumenta la susceptibilidad bacteriana al antibiótico vancomicina y al estrés ambiental inducido por Triton X-100. [ 37 ] La ​​ausencia de la capa S disminuye aún más la eficiencia de la esporulación, la liberación de toxinas y la capacidad de adhesión. [ 37 ]

Transmisión

Se ha detectado la presencia de C. difficile teñido con tinción de Gram, entre otros microorganismos, en una suspensión de muestras fecales de pacientes infectados.

Clostridioides difficile se transmite de persona a persona por vía fecal-oral , excretándose en las heces. El organismo forma esporas aerotolerantes termorresistentes que son resistentes a los desinfectantes de manos a base de alcohol o a la limpieza rutinaria de superficies. Las esporas sobreviven en entornos clínicos durante largos períodos. [ 38 ] Cualquier superficie, dispositivo o material (por ejemplo, inodoros, bañeras o termómetros rectales) que se contamine con heces puede servir como reservorio de esporas de C. difficile , que pueden vivir durante largos períodos de tiempo en las superficies. [ 39 ] Debido a esto, la bacteria puede cultivarse a partir de casi cualquier superficie. Una vez ingeridas, las esporas, gracias a su resistencia a los ácidos, atraviesan el estómago sin sufrir daños. Germinan y se multiplican en células vegetativas en el colon al exponerse a los ácidos biliares. En consecuencia, la Organización Mundial de la Salud recomienda el uso de jabón además de soluciones de alcohol para limitar la propagación de las esporas. [ 40 ] Se demostró que la esporulación se redujo significativamente después de la inactivación de la ADN metiltransferasa CamA de C. difficile , [ 41 ] lo que plantea la posibilidad de desarrollar un fármaco que pueda inhibir esta bacteria de manera específica.

La susceptibilidad a la colonización parece desencadenarse por enfermedades diarreicas, como intoxicación alimentaria , enfermedad de Crohn o abuso de laxantes; las personas sin antecedentes de enfermedades diarreicas que se exponen a esporas de C. difficile no necesariamente se convierten en portadoras. [ 16 ] Una vez que las personas son colonizadas por C. difficile , permanecen como portadoras durante períodos de tiempo de un año, pero la abundancia diaria de C. difficile fluctúa considerablemente, pasando de estar por debajo del límite de detección a altos niveles de excreción de un día para otro. Los trastornos gastrointestinales en los portadores parecen desencadenar períodos de mayor excreción que pueden ser un factor importante para la transmisión.

Rango de hospedadores

Clostridioides difficile infecta a cerdos, terneros y humanos, y habita en un reservorio natural que incluye el suelo, las heces de animales domésticos y humanos, las aguas residuales, el tracto intestinal humano y la carne de venta al por menor. [ 42 ]

Un estudio de los CDC de 2015 estimó que C. difficile afectó a casi medio millón de estadounidenses y causó 29 000 muertes en 2011. El estudio estimó que el 40 % de los casos se originaron en residencias de ancianos o centros de salud comunitarios, mientras que el 24 % se produjeron en hospitales. [ 43 ]

Clostridioides difficile es común en el sistema digestivo humano. Sin embargo, otras bacterias suelen competir con él por los nutrientes, lo que limita su propagación. Si la introducción repentina de un antibiótico altera la microbiota, C. difficile puede proliferar, ya que muchos de sus competidores mueren. El período de incubación es de 5 a 10 días, con un rango de 1 día a varias semanas después del tratamiento antibiótico. Además, es común que los niños pequeños porten C. difficile con altos niveles de toxinas, mientras que la enfermedad es rara. La producción de una o incluso ambas toxinas no siempre es suficiente para producir síntomas. [ 44 ]

Signos y síntomas

Los síntomas de la infección por C. difficile incluyen diarrea (al menos tres deposiciones blandas al día), deshidratación, dolor abdominal que puede ser intenso, pérdida del apetito y náuseas. [ 45 ]

Fisiopatología

Clostridioides difficile se transmite por vía fecal-oral y muchos se reproducen mediante esporas. La germinación de las esporas depende de la capacidad de detectar ácidos biliares primarios en el hígado, como el taurocolato , que son detectados por el receptor germinante CspC. Los ácidos biliares secundarios pueden inhibir estos procesos en el colon. Las esporas pueden crecer y colonizar el intestino mediante cambios en la microbiota del huésped inducidos por antibióticos. C. difficile secreta enzimas mucolíticas como CWp84 para degradar la mucosa colónica. Estas esporas pueden adherirse a las células del colon. Además, C. difficile es móvil y puede alternar entre fases móviles y sésiles, un proceso regulado por el c-di-GMP. C. difficile también es capaz de formar biopelículas y señalización célula a célula. [ 46 ] C. difficile se transmite frecuentemente a través de las manos del personal sanitario o del entorno hospitalario en general y se adquiere por ingestión del patógeno. Las esporas resisten la acidez estomacal y germinan en su forma vegetativa en el intestino delgado. C. difficile puede presentar un amplio espectro de manifestaciones clínicas, desde asintomáticas hasta colitis grave y muerte. [ 47 ] C. difficile es la infección más frecuente en el ámbito sanitario de EE. UU., lo que supone graves riesgos para la salud y costes sanitarios sustanciales. [ 48 ]

Respuesta inmune

Las toxinas secretadas por C. difficile A ( TcdA ) y B ( TcdB ) contienen antígenos inmunogénicos que son reconocidos por anticuerpos y células T. Sin embargo, los niveles de anticuerpos IgG anti-TcdA y -TcdB no han podido discriminar individuos sanos de pacientes con infección por C. difficile , lo que significa que tienen un uso clínico limitado. [ 49 ] [ 50 ] Trabajos recientes han demostrado que estas toxinas también son reconocidas por células T CD4+ auxiliares, predominantemente por las células auxiliares Th17 , que son importantes para mantener un ambiente intestinal saludable, aunque en pacientes con infección grave estas células están afectadas. [ 51 ] Curiosamente, los individuos con infección grave por C. difficile tenían significativamente más células T específicas de toxinas en comparación con aquellos con infección leve, lo que indica que las células T están desempeñando un papel clave en la lucha contra esta infección. Esta respuesta inmune puede desregular aún más la expresión de microARN . [ 52 ] Esto se evidencia aún más por la recuperación de las células Th17 específicas de la toxina y la expresión de microARN después del trasplante de microbiota fecal de pacientes con enfermedad grave. [ 52 ] [ 53 ] Nuevos hallazgos muestran que la pérdida de la interleucina-10 se corresponde con niveles más altos de interleucina-22 , que se ha encontrado que es importante en la respuesta de un huésped a una infección por C. difficile . Por lo tanto, la deficiencia de IL-10 puede aumentar la defensa de un huésped contra el patógeno. Esto podría ser de particular interés en futuras investigaciones para tratamientos. [ 54 ]

Posible papel en el cáncer de colon

Los estudios indican que la infección por C. difficile puede contribuir al desarrollo del cáncer colorrectal a través de mecanismos como la inflamación crónica y la alteración de la barrera epitelial. [ 34 ] Se ha demostrado que las cepas toxigénicas de C. difficile aisladas de tumores de colon humanos impulsan la tumorigénesis colónica en ratones, con un crecimiento tumoral que requiere TcdB y está acompañado por la activación de la señalización Wnt/β-catenina y respuestas inmunitarias inflamatorias. [ 55 ] Las toxinas de C. difficile también pueden inducir la senescencia celular ; las células senescentes desencadenadas por TcdB pueden promover la transformación neoplásica a través del fenotipo secretor asociado a la senescencia . [ 56 ] Además, C. difficile libera vesículas de membrana que estimulan directamente la transición epitelio-mesenquimal en las células epiteliales del colon, como lo demuestra la regulación positiva de β-catenina y marcadores mesenquimales con pérdida de E-cadherina tanto en cultivos celulares como en modelos de ratón , creando así un microambiente protumoral en el colon. [ 57 ]

Diagnóstico

Una infección por C. difficile suele manifestarse con diarrea maloliente; un tratamiento activo o reciente con antibióticos también puede indicar diarrea asociada a Clostridium difficile (DACD). Sin embargo, el diagnóstico clínico requiere la presencia de las principales toxinas en las heces o el cultivo directo de C. difficile . Para confirmar una CDI, un ensayo de citotoxina detecta la citotoxicidad de la toxina B (ToxB) de la célula en el eluido fecal. La presencia de la toxina de C. difficile se confirma mediante la neutralización del efecto citotóxico por los anticuerpos antitoxina. Las cepas de C. difficile también pueden cultivarse antes de realizar un ensayo de citotoxina. Estos cultivos detectan la cepa de C. difficile que puede producir toxinas. [ 58 ] Los inmunoensayos enzimáticos son más utilizados debido a su rapidez, bajo costo y simplicidad, a pesar de mostrar menor sensibilidad que los cultivos de heces toxigénicos. Los ensayos de PCR tienen un tiempo de respuesta más corto y un rango de sensibilidad más alto que el cultivo de heces toxigénico, y su uso ayuda a evitar la detección de pacientes asintomáticos. [ 47 ]

Tratamiento

Los pacientes que reciben tratamiento con antibióticos al inicio de los síntomas deben suspenderlos, si es posible. Esta interrupción en la terapia antibiótica a veces puede conducir a la resolución espontánea de los síntomas. Los pacientes que no responden a la suspensión de los antibióticos de amplio espectro deberán ser tratados con antibióticos capaces de eliminar las esporas de C. difficile . Las infecciones primarias se tratan típicamente con vancomicina, con una dosis habitual de 125  mg cada 6 horas. [ 59 ] El régimen de vancomicina ha reemplazado el uso tradicional de metronidazol debido a su mayor eficacia, perfil de seguridad y menores tasas de recurrencia. En pacientes que no toleran la vancomicina, la fidaxomicina es una opción aceptable con una eficacia similar e incluso menores tasas de recurrencia que la vancomicina. [ 60 ] En casos de CDI fulminante, se sugiere la terapia adyuvante con metronidazol parenteral más vancomicina oral o fidaxomicina. [ 61 ]

Aproximadamente entre el 15 % y el 30 % [ 62 ] de los pacientes que completan con éxito el tratamiento de la infección primaria con metronidazol o vancomicina experimentarán una recaída . Alrededor del 40 % de estos pacientes continuarán presentando infecciones recurrentes por C. difficile . La primera recaída de C. difficile generalmente se trata con el mismo antibiótico utilizado para tratar la infección primaria. Las infecciones posteriores no deben tratarse con metronidazol. En ocasiones, un tratamiento estándar de 10 días con vancomicina oral no será efectivo. En estos casos, la reducción gradual de la dosis de vancomicina es el tratamiento de elección. Los pacientes toman dosis decrecientes de vancomicina durante un período de hasta 3 meses, según la gravedad de la infección. [ 45 ]

Cada recaída posterior de C. difficile tiende a ser más grave que las infecciones previas. El tratamiento a largo plazo con una pauta descendente de vancomicina complementada con probióticos, especialmente Saccharomyces boulardii , se asocia con una mayor tasa de éxito. [ 63 ]

Después de tres recaídas, los pacientes pueden ser tratados con fidaxomicina oral , un antibiótico de espectro reducido. La dosis habitual es de 200  mg dos veces al día por vía oral durante 10 días. La fidaxomicina se considera superior a la vancomicina para la CDI grave. [ 64 ] La principal desventaja del tratamiento con fidaxomicina es el costo del medicamento. Un ciclo de 10 días puede costar hasta US$3,500. Cuando un paciente se deteriora o progresa a una enfermedad grave y complicada, la adición de tigeciclina intravenosa merece ser considerada. [ 65 ] [ 66 ] Los pacientes con alto riesgo de recaída también pueden beneficiarse de la adición del anticuerpo monoclonal bezlotoxumab al tratamiento estándar. [ 67 ]

Los pacientes que no responden a la terapia antibiótica tradicional pueden ser candidatos para un trasplante de microbiota fecal (TMF). Los profesionales sanitarios pueden transferir heces de una persona sana al colon de un paciente con CDI recurrente. Este proceso es el tratamiento más exitoso para la CDI grave, con una tasa de curación de alrededor del 93 %. Los trasplantes de materia fecal también han demostrado ser una opción de tratamiento eficaz y segura para niños y adultos jóvenes. [ 68 ] Las tasas de recurrencia de la CDI en pacientes tratados con un TMF son generalmente bajas, alrededor del 19 %, lo que lo hace muy eficaz para tratar casos de CDI crónica. Sin embargo, en algunos casos, los brotes de enfermedad inflamatoria intestinal son un posible efecto secundario del tratamiento. [ 69 ] El estado del sistema inmunitario del huésped es importante al considerar el éxito de  los tratamientos basados ​​en la microbiota para eliminar la infección. [ 70 ] Se desconocen los efectos a largo plazo del TMF, ya que el procedimiento solo ha sido aprobado por la FDA para la CDI recurrente desde 2013 y se han realizado relativamente pocos procedimientos. Si el trasplante no es una opción, la extirpación de la parte infectada del colon puede curar la CDI. [ 64 ] [ 45 ]

En abril de 2023, la FDA aprobó el primer tratamiento terapéutico oral basado en el microbioma, VOWST, para el tratamiento de la infección recurrente por Clostridium difficile (ICD).

La predicción de la recurrencia de C. difficile ha sido de gran interés, pero no ha habido consenso sobre los factores de riesgo significativamente asociados. [ 71 ]

Además, con el aumento de los estudios sobre el modelado metabólico a escala genómica, se han identificado o hipotetizado nuevos tratamientos para diversas enfermedades mediante el estudio de genes esenciales para las vías metabólicas de un microorganismo. C. difficile no es una excepción, ya que se pueden descubrir nuevos tratamientos modelando y eliminando genes para analizar su esencialidad [ 72 ] . Por ejemplo, se puede acceder a un modelo metabólico a escala genómica prefabricado de la cepa 630 de C. difficile , una cepa virulenta y multirresistente, a través de BiGG Models (específicamente el modelo iCN900) [ 73 ] y utilizarlo para realizar un análisis de esencialidad por eliminación de genes. Este análisis consiste en eliminar cada gen del modelo una vez y luego optimizar su crecimiento para obtener una tasa de crecimiento. Cualquier gen cuya eliminación cause menos del 1% del crecimiento del organismo con el gen presente se etiqueta como esencial. Tras realizar este análisis, se obtiene una lista de 70 genes esenciales (de un total de 900). Estos genes pueden luego ser referenciados con DrugBank para determinar qué compuestos actúan sobre las proteínas que codifican dichos genes. Como ejemplo específico, uno de estos genes esenciales es CD630_00470, que codifica la proteína 2-C-metil-D-eritritol 4-fosfato citidililtransferasa [ 74 ] . Al utilizar DrugBank para buscar compuestos que actúen sobre esta proteína, se pueden encontrar varios compuestos, uno de los cuales es la cadaverina [ 75 ] . La cadaverina es un producto conocido de un microbioma intestinal humano sano, lo que concuerda con la prevalencia de C. difficile en microbiomas intestinales alterados, y se ha observado que reduce la agresividad en ciertos cánceres de mama. Si bien se desconoce el efecto de la cadaverina sobre C. difficile , este análisis sugiere que justifica un estudio más profundo, ya que si inhibe la 2-C-metil-D-eritritol 4-fosfato citidililtransferasa, podría ser prometedora como una nueva terapia para las infecciones por C. difficile .

Prevención

La infección por C. difficile se transmite por vía fecal-oral mediante la ingestión y esporas resistentes a los ácidos. La higiene de manos adecuada del personal sanitario es fundamental para eliminar las esporas, lo que incluye lavarse bien las manos con agua y jabón. Además, el aislamiento de pacientes con diarrea aguda puede prevenir la propagación de esporas dentro del hospital. [ 76 ] Otra forma de prevenir las infecciones por C. difficile es el uso de equipo de protección personal al interactuar con pacientes con esta infección. Asimismo, la transmisión de la infección por C. difficile puede prevenirse mediante la desinfección ambiental diaria con esporicidas en las habitaciones de los pacientes. Además, reducir la duración del tratamiento antibiótico disminuye las tasas de infección por C. difficile en los hospitales. [ 77 ]

Los desinfectantes de manos a base de alcohol no eliminan eficazmente las esporas de Clostridioides difficile de las manos; solo el lavado mecánico con agua y jabón ha demostrado eliminarlas. [ 78 ]

Presiones

En 2005, el análisis molecular permitió identificar la cepa de C. difficile caracterizada como grupo BI mediante análisis de endonucleasas de restricción , como tipo NAP1 de campo pulsado norteamericano mediante electroforesis en gel de campo pulsado y como ribotipo 027; la terminología diversa refleja las técnicas predominantes utilizadas para la tipificación epidemiológica. Esta cepa se denomina C. difficile BI/NAP1/027. [ 58 ]

En 2016, la cepa NAP1 fue reemplazada por cepas nuevas en algunas zonas de la Columbia Británica. Estas cepas nuevas incluyen NAP2 y NAP4, y algunas cepas que no tienen una designación NAP. La frecuencia de estas cepas nuevas aumentó entre 2008 y 2013 en una región estudiada, desplazando a la bacteria NAP1, originalmente más común y reconocible. [ 79 ]

Dos cepas, los ribotipos RT078 y RT027, pueden vivir en bajas concentraciones del azúcar trehalosa ; ambas cepas se volvieron más comunes después de que la trehalosa se introdujera como aditivo alimentario a principios de la década de 2000, lo que aumentó la ingesta dietética de trehalosa. [ 80 ]

genoma

La primera secuencia genómica completa de una cepa de C. difficile fue publicada en 2005 por el Instituto Sanger en el Reino Unido. [ 81 ] Esta correspondía a la cepa 630, una cepa virulenta y multirresistente a los fármacos aislada en Suiza en 1982. Para 2010, los científicos del Instituto Sanger habían secuenciado los genomas de aproximadamente 30 aislamientos de C. difficile utilizando tecnologías de secuenciación de nueva generación de 454 Life Sciences e Illumina . [ 82 ]

Investigadores de la Universidad McGill en Montreal secuenciaron el genoma de la cepa altamente virulenta de C. difficile de Quebec en 2005 utilizando tecnología de secuenciación de ultra alto rendimiento. Las pruebas consistieron en realizar 400.000 reacciones de secuenciación paralela de ADN del genoma de la bacteria, que había sido fragmentado para su secuenciación. Estas secuencias se ensamblaron computacionalmente para formar una secuencia genómica completa. [ 29 ] [ 83 ]

En 2012, científicos de la Universidad de Oxford secuenciaron genomas de C. difficile de 486 casos surgidos durante cuatro años en Oxfordshire utilizando tecnologías de secuenciación de próxima generación de Illumina. [ 84 ]

Epigenoma

Clostridioides difficile posee un epigenoma muy diverso, con 17 motivos de metilación de alta calidad reportados hasta la fecha, la mayoría pertenecientes al tipo 6mA. Se ha demostrado que la metilación en uno de estos motivos, CAAAA A, influye en la esporulación, un paso clave en la transmisión de la enfermedad por C. difficile , así como en la longitud celular, la formación de biopelículas y la colonización del huésped. [ 41 ]

Bacteriófago

Se han aislado al menos ocho bacteriófagos, principalmente templados, de C. difficile , con un tamaño de genoma que oscila entre aproximadamente 30 y 60 kbp . [ 85 ] Tanto las cepas de C. difficile de origen ambiental como las de origen clínico portan un conjunto diverso y prevalente de profagos . [ 85 ]

Etimología y pronunciación

Referencias

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