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Articulo de referencia

motivo de reconocimiento de ARN

Arquitectura típica de un dominio RRM, con una lámina beta antiparalela de cuatro hebras, apilada sobre dos hélices alfa. El motivo de reconocimiento de ARN, RNP-1, es un domini...

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Arquitectura típica de un dominio RRM, con una lámina beta antiparalela de cuatro hebras, apilada sobre dos hélices alfa.

El motivo de reconocimiento de ARN, RNP-1, es un dominio putativo de unión a ARN de aproximadamente 90 aminoácidos que se sabe que se une a ARN monocatenarios. Se ha encontrado en muchas proteínas eucariotas . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]

El grupo más grande de proteínas de unión a ARN monocatenario es la familia de motivos de reconocimiento de ARN eucariotas (RRM), que contiene una secuencia consenso RNP-1 de ocho aminoácidos. [ 4 ] [ 5 ]

Las proteínas RRM tienen una variedad de preferencias de unión al ARN y funciones, e incluyen ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas ( hnRNP ), proteínas implicadas en la regulación del empalme alternativo (SR, U2AF2 , Sxl ), componentes proteicos de ribonucleoproteínas nucleares pequeñas (U1 y U2 snRNP ) y proteínas que regulan la estabilidad y traducción del ARN ( PABP , La, Hu). [ 2 ] [ 3 ] [ 5 ] El RRM en el factor auxiliar U2 snRNP del factor de empalme heterodimérico parece tener dos dominios similares a RRM con características especializadas para el reconocimiento de proteínas. [ 6 ] El motivo también aparece en algunas proteínas de unión a ADN monocatenario.

El RRM típico consta de cuatro hebras beta antiparalelas y dos hélices alfa dispuestas en un plegamiento beta-alfa-beta-beta-alfa-beta con cadenas laterales que se apilan con las bases del ARN. En algunos casos, durante la unión al ARN, se observa una tercera hélice. [ 7 ] El RRM se revisa en varias publicaciones. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]

Proteínas humanas que contienen este dominio

A2BP1 ; ACF ; BOLL ; BRUNOL4 ; BRUNOL5 ; BRUNOL6 ; CCBL2 ; CGI-96 ; CIRBP ; CNOT4 ; CPEB2 ; CPEB3 ; CPEB4 ; CPSF7 ; CSTF2 ; CSTF2T ; CUGBP1 ; CUGBP2 ; D10S102 ; DAZ1 ; DAZ2 ; DAZ3 ; DAZ4 ; DAZAP1 ; DAZL ; DNAJC17 ; DND1 ; EIF3S4 ; EIF3S9 ; EIF4B ; EIF4H ; ELAVL1 ; ELAVL2 ; ELAVL3 ; ELAVL4 ; ENOX1 ; ENOX2 ; EWSR1 ; FUS ; FUSIP1 ; G3BP ; G3BP1 ; G3BP2 ; GRSF1 ; HNRNPL ; HNRPA0 ; HNRPA1 ; HNRPA2B1 ; HNRPA3 ; HNRPAB ; HNRPC ; HNRPCL1 ; HNRPD ; HNRPDL ; HNRPF ; HNRPH1 ; HNRPH2 ; HNRPH3 ; HNRPL ; HNRPLL ; HNRPM ; HNRPR ; HRNBP1 ; HSU53209 ; HTATSF1 ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; LARP7 ; MKI67IP ; MSI1 ; MSI2 ; MSSP-2 ; MTHFSD ; MIEF2 ; NCBP2 ; NCL ; NOL8 ; NONO ; P14 ; PABPC1; PABPC1L ; PABPC3 ; PABPC4 ; PABPC5 ; PABPN1 ; POLDIP3 ; PPARGC1 ; PPARGC1A ; PPARGC1B ; PPIE ; PPIL4 ; PPRC1 ; PSPC1 ; PTBP1 ; PTBP2 ; PUF60 ; RALY ; RALILO ; RAVER1 ; RAVER2 ; RBM10 ; RBM11 ; RBM12 ; RBM12B ; RBM14 ; RBM15 ; RBM15B ; RBM16 ; RBM17 ; RBM18 ; RBM19 ; RBM22 ; RBM23 ; RBM24 ; RBM25 ; RBM26 ; RBM27 ; RBM28 ; RBM3 ; RBM32B ; RBM33 ; RBM34 ; RBM35A ; RBM35B ; RBM38 ; RBM39 ; RBM4 ; RBM41 ; RBM42 ; RBM44 ; RBM45 ; RBM46 ; RBM47 ; RBM4B ; RBM5 ; RBM7 ; RBM8A ; RBM9 ; RBMS1 ; RBMS2 ; RBMS3 ; RBMX ; RBMX2 ; RBMXL2 ; RBMY1A1 ; RBMY1B ; RBMY1E ; RBMY1F ; RBMY2FP ; RBPMS ; RBPMS2 ; RDBP ; RNPC3 ; RNPC4 ; RNPS1 ; ROD1 ; SAFB ; SAFB2 ; SART3 ; SETD1A ; SF3B6 ; SF3B4 ; SFPQ ; SFRS1 ; SFRS10 ; SFRS11 ; SFRS12 ; SFRS15 ; SRSF2 ; SFRS2B ; SFRS3 ; SFRS4 ; SFRS5 ; SFRS6 ; SFRS7 ; SFRS9 ; SLIRP ; SLTM ; SNRP70 ; SNRPA ; SNRPB2 ; SPEN ; SR140 ; ​​SRRP35 ; SSB ; SYNCRIP ; TAF15 ; TARDBP ; THOC4 ; TIA1 ; TIAL1 ; TNRC4 ; TNRC6C ; TRA2A ; TRSPAP1 ; TUT1 ; U1SNRNPBP ; U2AF1 ; U2AF2 ; UHMK1 ; ZCRB1 ; ZNF638 ; ZRSR1 ; ZRSR2 ;

Referencias

  1. ↑ Swanson MS, Dreyfuss G, Pinol-Roma S (1988). "Partículas heterogéneas de ribonucleoproteínas nucleares y la vía de formación del ARNm". Trends Biochem. Sci . 13 (3): 86– 91. doi : 10.1016/0968-0004(88)90046-1 . PMID 3072706 . 
  2. 1 2 Keene JD, Chambers JC, Kenan D, Martin BJ (1988). "Estructura genómica y dominios de secuencia de aminoácidos del autoantígeno La humano" . J. Biol. Chem . 263 (34): 18043– 51. doi : 10.1016/S0021-9258(19)81321-2 . PMID 3192525 . 
  3. 1 2 Davis RW, Sachs AB, Kornberg RD (1987). "Un solo dominio de la proteína de unión a poli(A) de levadura es necesario y suficiente para la unión al ARN y la viabilidad celular" . Mol . Cell. Biol . 7 (9): 3268– 76. doi : 10.1128/mcb.7.9.3268 . PMC 367964. PMID 3313012 .  
  4. ↑ Bandziulis RJ, Swanson MS, Dreyfuss G (1989). "Proteínas de unión a ARN como reguladores del desarrollo" . Genes Dev . 3 (4): 431– 437. doi : 10.1101/gad.3.4.431 . PMID 2470643 . 
  5. 1 2 Keene JD, Query CC, Bentley RC (1989). "Un motivo común de reconocimiento de ARN identificado dentro de un dominio de unión al ARN U1 definido de la proteína snRNP U1 de 70K". Cell . 57 (1): 89– 101. doi : 10.1016 / 0092-8674(89)90175-X . PMID 2467746. S2CID 22127152 .  
  6. ↑ Green MR, Kielkopf CL, Lucke S (2004). "Motivos de homología U2AF: reconocimiento de proteínas en el mundo RRM" . Genes Dev . 18 (13): 1513– 1526. doi : 10.1101/gad.1206204 . PMC 2043112. PMID 15231733 .  
  7. ↑ Kumar S, Birney E, Krainer AR (1993). "Análisis del motivo de reconocimiento de ARN y los dominios RS y RGG: conservación en factores de empalme de pre-ARNm de metazoos" . Nucleic Acids Res . 21 (25): 5803– 5816. doi : 10.1093 / nar/21.25.5803 . PMC 310458. PMID 8290338 .  
  8. ↑ Keene JD, Kenan DJ, Query CC (1991). "Reconocimiento de ARN: hacia la identificación de determinantes de especificidad". Trends Biochem. Sci . 16 (6): 214– 20. doi : 10.1016/0968-0004(91)90088-d . PMID 1716386 . 
  9. ↑ Allain FH, Dominguez C, Maris C (2005). "El motivo de reconocimiento de ARN, una plataforma plástica de unión al ARN para regular la expresión génica postranscripcional". FEBS J. 272 ​​( 9): 2118–31 . doi : 10.1111/j.1742-4658.2005.04653.x . PMID 15853797. S2CID 46680279 .  
  10. ↑ Teplova M, Yuan YR, Patel DJ, Malinina L, Teplov A, Phan AT, Ilin S (2006). "Base estructural para el reconocimiento y secuestro de los extremos 3' UUU(OH) de los transcritos nacientes de la ARN polimerasa III por La, un autoantígeno de la enfermedad reumática" . Mol . Cell . 21 (1): 75–85 . doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.027 . PMC 4689297. PMID 16387655 .  
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